殺しの依頼をこなしつつ、シェアハウスでのんびり暮らしていたちさと（髙石あかり）とまひろ（伊澤彩織）。ある日、殺し屋協会で一大プロジェクトを背負う男・夏目敬（草川拓弥）をまひろが返り討ちにしてしまい‥。

ちさと（髙石あかり）とまひろ（伊澤彩織）は夏目敬（草川拓弥）に命じられて、店員たちが詐欺を働いて資金洗浄をしているという居酒屋にバイトとして潜入することに。慣れないバイトに奮闘する２人は…。

宮内（中井友望）から「ぬい活」を教わったまひろ（伊澤彩織）。雑貨屋で見つけたぬいぐるみに心を打ちぬかれ、カルビイカと命名して楽しいぬい活ライフを送っていたが、道中でカバンごとひったくられてしまい‥。

伝説の殺し屋・宮原（本田博太郎）が率いる合宿に強制参加することになったちさと（髙石あかり）とまひろ（伊澤彩織）。プロジェクトマネージャーの夏目（草川拓弥）のほか、個性的な面々との集団生活が始まる―。

宮原(本田博太郎)が楽しみにしていた老舗名店の「釜めし弁当」が届かないことが発覚。何とか釜めし弁当を再現するためにちさと(髙石あかり)やまひろ(伊澤彩織)ら合宿のチームメンバーは奮闘するのだが...。

ちさと（髙石あかり）とまひろ（伊澤彩織）らが招集された殺しの一大プロジェクトの作戦実行日。伝説の殺し屋・宮原（本田博太郎）はゆっくりとターゲットに近づき銃口を向ける…。前半戦「風林火山」篇ついに完結！

ちさと（髙石あかり）の実家へ一緒に帰省したまひろ（伊澤彩織）は個性豊かな杉本家と久しぶりの再会を果たす。ちさとの家族と日頃の殺しの疲れを癒やしながら、つかの間の “普通の幸せ”を満喫する2人。

猫カフェを訪れて休日を謳歌するちさと（髙石あかり）とまひろ（伊澤彩織）。このあと、２人をジョブローテーションという名のコンビ解消が待ち構えているとも知らず…。

ジョブローテーションによりまひろ（伊澤彩織）はミスした殺し屋を殺す「粛清さん」の日野（柄本時生）とコンビを組むことに。一方、ちさと（髙石あかり）は営業部に配属され慣れないデスクワークに奮闘する。

誰にも言えない秘密の任務を抱えるまひろ（伊澤彩織）と、慣れないオフィスワークに孤軍奮闘するちさと（髙石あかり）。それぞれの悩みを抱えて戦う日々の中で、２人の関係にも変化が…？

まひろ（伊澤彩織）はバディである日野（柄本時生）を粛清する任務に向かい、ちさと（髙石あかり）は営業部の規格外な指導に怒りをあらわにする。それぞれの悩みを抱えた二人がついに動き出す――！

ちさと（髙石あかり）とまひろ（伊澤彩織）は、初めて「殺し屋」という職業に立ち向かう。日野（柄本時生）に救われ、二人が最後に辿り着いた答えとは―？「ベイビーわるきゅーれ エブリデイ！」ついに完結！