34のスーパー戦隊が、宇宙帝国ザンギャックを撃退した「レジェンド大戦」から数年後…。再び、ザンギャックが地球侵攻を開始!その最中、とんでもない5人が地球にやってきた。その名は海賊戦隊ゴーカイジャー!宇宙最大のお宝を探す5人の冒険が、今、始まる!!

ザンギャックに関わってしまった海賊たち。面倒が増える前にお宝を探そうと、手がかりとなる「黒い服を着た人間」を捜索開始。そんな5人の前に、お宝のことを知る黒い学生服の少年が現れる。マーベラスは、少年に隙をつかれてレンジャーキーを盗まれてしまう。

攻撃を受け、無人島に不時着するゴーカイガレオン。敵の攻撃で森の中に吹き飛ばされたマーベラスとハカセの前に黒いローブを着た謎の青年が現れる。宇宙最大のお宝の在り処を知りたければ俺を捕まえてみな、と挑発する青年を追う2人だったが…。

ジョーとアイムは、街を破壊するゾドマスを発見。戦いを挑むジョーだが、ゾドマスの剣攻撃を受け、負傷してしまう。それでもジョーは、単独で打倒ゾドマスの特訓を開始。仲間に頼らないジョーのことが理解できないアイムは、特訓を止めようとするが…。

お宝の手がかりを求めて、警察署へ向かう海賊たち。しかし署内で宇宙警察のジャスミンに発見され、マーベラスは海賊行為の疑いで手錠をかけられる。5人は隙を突いて退散するが、マーベラスは宇宙警察のボス、ドギー・クルーガーに行く手を阻まれる!

大金持ちの春日井親子と知り合ったルカ。父の高蔵に気に入られ、ルカは高額な報酬と引き換えに屋敷で働き始める。だが、汚れたぬいぐるみを捨てようとして、娘の小牧に嫌われてしまう。その矢先、屋敷内にある「金のなる木」を狙って、ナノナノダが現れた!

ナビィの占いで「虎の子」を探すゴーカイジャー。そんな中、宇宙拳法を使うパチャカマック13世が出現!5人が応戦するが、宇宙拳法で武器を奪われて動揺するグリーンとピンク。動じることなく臨機応変に戦う仲間たちを前にして、ふたりは自己嫌悪に陥る。

海賊たちの目的を調査するため、ザンギャックは、潜入が得意なスニークブラザースを招集!ゴーカイジャーが知らない間に、ゴーカイガレオンへの潜入に成功する。一方のゴーカイジャーは、姿を消したナビィを捜すために、偶然にも船内をチェックし始める。

お宝探しの手がかり「空とぶ島」を発見したゴーカイジャー。早速、島に上陸するが、同様にお宝を狙うザンギャックのバウザーと鉢合わせに。島の静寂を破る戦いが始まる中、巨大なライオンが出現!5人はライオンの攻撃を受けて、大空へ飛ばされてしまった!

5人が船内でカードを楽しむ最中、ザンギャック艦隊が出現!マジゴーカイオーで応戦するが、敵艦隊には星を消滅させる威力をもつ「ギガロリウム砲」を載せた戦艦があった。うかつに攻撃できない海賊たちは、ひとまず退却。「ギガロリウム砲」の燃料奪取作戦を開始する!

マーベラスたちは、大いなる力の手がかり「サムルァーイ」を求め、高校の剣道部を訪れる。部員の稽古を見たジョーの心に、かつて自分に剣を教えてくれた先輩・シドのことが思い浮かぶ。そんな折「侍」を名乗る姫・志葉薫が5人の前に現れた!薫の目的とは!?

シド先輩が記憶を奪われ、特務仕官・バリゾーグに改造されたと知ったジョー。シドの記憶を取り戻してもらおうとするが、ジョーの気持ちはバリゾーグに届かない…。一方、ジョーの帰りを待つマーベラスは、仲間と薫たちに、ジョーとの出会いを語るのだった。