1000年後。かつて茨城と呼ばれていた地域の南端に広がる人口3000人ほどの町・神栖66町。和貴園と呼ばれる小学校に通っていた早季は、潜在的に人間に備わった超能力“呪力”の発現のため、利根川上流の隠れ寺・清浄寺での神聖な儀式に臨む。

全人学級では、何事もなかったかのように平穏な日々が続いていた。突然姿を消した麗子など、最初から存在しなかったかのように…。//それから１か月後、学校の恒例行事である“搬球トーナメント”の時期が近づいてくる。それは、ふたつの班が搬球側と妨害側に別れて競う、呪力を使った球技大会。搬球側は大きな大理石の球を転がしてゴールの穴を目指し、妨害側はそれを阻止するという競技だ。早季、瞬、覚、真理亜、守の５人は、学園生活を満喫しながら準備を進めた。

全人学級最大のイベント“夏季キャンプ”が始まった。これは、キャンプを張りながら７日をかけてカヌーで利根川を遡り、自分たちの力だけで自然を探索するという野外実習。班ごとに日程がずらされているため、同じ班のメンバー以外とは誰にも会わないという、いやが上にも冒険心をかき立てるものだった。

夏季キャンプに出掛けた早季たちは、霞ヶ浦のさらに奥の山中で、悪魔のミノシロと恐れられる未確認生物・ミノシロモドキと遭遇する。しかしそれは、生き物ではなく、自らを“図書館”と名乗る旧時代の遺物だった。早季たちは戸惑いながらも、現在では閲覧が禁止されている書物を網羅しているその情報端末から、“悪鬼”や“業魔”の本当の意味を引き出す。そこには、人類がたどってきた血塗られた歴史が刻み込まれていた。

霞ヶ浦奥の山中でミノシロモドキを発見し、人類の真実の歴史を聞いてしまった早季たちは、清浄寺の僧侶・離塵によって拘束される。そして、規定に反すると知りながら情報を引き出した罰として、その場で呪力を凍結されてしまう。ところが、清浄寺へ引っ立てられる道中で、外来種と思われるバケネズミの一団と遭遇。戦闘状態に陥り、離塵は風船犬の爆発に巻き込まれて消し飛んでしまった。

外来種のバケネズミから逃れ、人間に従順な塩屋虻コロニーにかくまわれた早季と覚だったが、命の危機は続いていた。塩屋虻の奏上役スクィーラが呪力を使おうとしない早季たちに疑念を抱いている様子を垣間見せている上、土蜘蛛と呼ばれる外来種のバケネズミの追撃もやんだわけではなかった。その悪い予感は的中し、早季たちが身を寄せる塩屋虻コロニーは、土蜘蛛の毒ガス攻撃によって大混乱に陥ったのだった。

早季の機転によって覚の呪力が戻り、土蜘蛛に対する反撃が始まった。しかし、同じバケネズミとは思えない異様な変異種たちと、張り巡らされた様々な罠を前に、孤軍奮闘する覚は次第に消耗していく。そして、呪力を凍結されたままの早季と疲労困ぱいの覚の前に、3000匹を超えようかという土蜘蛛の大部隊が立ちはだかる。

壮絶な冒険旅行となった夏季キャンプから町に戻った５人。離塵によって凍結されていた呪力も、早季の機転によって回復し、大人たちを完全に出し抜いたと安堵していた。そして、何事もなかったかのように元の生活へと戻っていったのだった。//それから２年。早季たちは14歳になっていた。全人学級での平和な日々。しかし、２年という月日は、大人への過渡期にある彼らの関係に、微妙な変化をもたらしていた。早季と真理亜、覚と瞬。同性同士の友情を超えた繋がりを結んだ２組のカップルを、周囲も公然のものとして認めていた。ただ、早季だけは、瞬への淡い想いにとらわれ、やり場のない葛藤に身もだえているのだった。

「夏季キャンプ以来、僕らはずっと監視されていた。単に処分を保留されていたに過ぎない」。瞬は、早季に意味深な警告を残して学校から消えた。それから４日がたち、居ても立ってもいられなくなった早季、覚、真理亜、守の４人は、瞬の行方を捜すべく動き始める。

真理亜から大人たちが瞬を"処分"しようと準備を進めていると聞いた早季は、真相を確かめようと一人、松風の郷へと向かう。暗闇の中、瞬の行方を捜していた早季だったが、その背後から音もなく巨大な猫の化け物・不浄猫が迫っていた。

冬。全人学級では、ひとつの恒例行事を迎えようとしていた。建前上は、“当番委員の振り分け”という名目の、日直をはじめとする様々な作業のペア分け。しかし、男女が互いに相手を指名することで成り立つ制度のため、実際は大人たちが管理する“公的な恋人選びの場”であった。

早季、覚、真理亜の３人は、突如として倫理委員会の議長である朝比奈富子から呼び出しを受ける。１人ずつの面談で真っ先に話をすることになった早季は、そこで思い掛けない構想を聞く。早季をいずれは自分の後継ぎ、つまり倫理委員会の議長にしたいというのだ。考えもしなかった話にあっけにとられる早季だったが、富子は本気だった。“これまでの経緯”を全て知った上で、早季には指導者の素質があると判断したというのだ。