服役囚のティルマンが脱獄した。連邦保安官補のチャーリーは「脱獄犯1人を捕まえるごとに刑期を1ヵ月減らす」という条件で優秀な囚人の協力を借り、脱獄者の逮捕に乗り出す。逃走しながら次々と殺人を犯すティルマンに捜査チームは翻弄されるが、集められた囚人たちがそれぞれの能力を発揮し、徐々にティルマンを追い詰めていく。とうとう逮捕目前までいくが、ティルマンの手には爆弾の起爆装置が握られているのだった。

服役囚のザビエルが脱獄した。フィリーに代わり、新たにエリカを迎えたチームはザビエルの行方を追う。捜査が進むにつれて彼が全国各地で女性を誘拐し、監禁していた事実が明らかになる。彼は女性たちを自分の大切な“コレクション”にして、楽しんでいたのだ。ようやくザビエルを追い詰めたレイは彼を追って家の中へ入る。しかし死を覚悟したザビエルはレイを巻き添えにしようと家に火を放っていた。

フォックスリバー刑務所に収監されていたティーバッグが脱獄した。逃走しながら次々と殺人を重ねていくティーバッグ。その残忍かつ大胆な殺害方法に捜査チームは戸惑いと恐怖を感じずにはいられない。特にロイドは怪奇な行動を繰り返すティーバッグに興味津々だ。当初、ティーバッグは恋人に会うために脱獄したとチームは考えていたが、捜査を進めるうちに彼が脱獄した本当の理由が明らかになっていく。

児童に対する性犯罪で服役していたジョセフ・ラムジーが脱獄した。脱獄犯の捜索を始めたチームだが、エリカは面会予定だった娘に会えずイライラが募るばかり。チャーリーも妻との間で意見が合わず、ギクシャクする。一方、ラムジーは自分の裁判に関わり、彼を有罪へと追い込んだ人たちの元を次々と訪れるが、復讐にかられて彼らを傷つけるようなことは一切しない。そして捜査が進むにつれて思わぬ真実が明らかになるのだった。

服役囚のライラが脱獄した。何人もの男を利用して逃亡を続ける彼女に捜査チームは翻弄される。ロイドは刑務所内でポーカーに負けた分の金が払えず、囚人に殺すと脅されてしまう。何とか金を工面しようとするが、うまくいかず、捜査にも集中できない。レイの元には彼の誕生日を祝いに娘のテレサがやってくる。一方、とうとう逃げ切れないと悟ったライラは息子を連れて思いがけない行動に走る。

服役囚のクリスチャン・ボーモントが脱獄した。愛国主義者で反政府団体に所属する彼は次々と政府関連の施設を標的に選んでいく。同じように政府を恨む父親のエリスも息子の行動を支持している。捜査が進む一方で、警官に恨みを持つボーモントはチャーリーの妻であるマリソルにも危害を加えようと画策する。そして、ついにボーモントの隠れ家を見つけたチームだったが、そこにも爆弾が仕掛けられていた。

服役囚のマーズが面会に来た母親を殺し、さらに人質を取って刑務所から脱獄した。だが、その人質は彼を脱獄させるために協力したマーズの恋人スターラだった。次々と殺人を犯すマーズとスターラだったが、罪を重ねるうちに2人の本当の関係が見えてくるのだった。一方、チーム内ではレイのことが気になるジュリアンが積極的にアプローチすべきかロイドに相談。シェイとチャーリーは事あるごとに意見が対立してしまう。

服役囚のデイとマッキャンの2人が脱獄した。レイはシェイたちの士気を高めるために、最も捜査に貢献した者にステーキのディナーを約束する。ロイドはステーキ目当てに、デイとマッキャンが刑務所でやり取りするために使っていた暗号の解読に必死になる。シェイとエリカもステーキを目指して手柄を狙う。ようやく脱獄犯2人を追い詰めたチャーリーだったが、銃撃戦の最中、脚を撃たれてしまう。

服役囚のアンドレ・ブレナンが脱獄した。国際的な窃盗集団「バッド・エルビス」のメンバーであるアンドレを捕まえるため、チャーリーたちは捜査に乗り出す。恋人とゆっくり会う時間がないことにいらだつシェイは捜査の最中にレイたちの目を盗んで恋人と密会するが、ジュリアンに感づかれてしまう。脱獄したアンドレは仲間を連れて、まんまと町の宝石店に忍び込み、ダイヤを盗んで逃げてしまう。

収監されていた殺し屋のバージルが脱獄し、次々と殺人を重ねる。富豪の息子、ナイジェリアの王族、バーテンダーなど被害者は様々で彼らに共通点は見当たらない。一方、シェイはチャーリーとレイが2人だけでしていた話を偶然、聞いてしまい、レイが実は連邦保安官の地位を剥奪されていることを知る。自分たちと同じ罪人なのに今まで保安官だと嘘をついてきたレイに対し、シェイたち囚人の怒りが爆発する。

収監されていた精神障害者のベネットが脱走した。チームのオフィスではチャーリーの大切な腕時計がなくなり、ロイドたち3人の囚人の誰かが盗んだのではないかと疑われる。脱走したベネットは子供番組のホストである女性を誘拐し、故郷の山の中へ連れていく。冬山での捜索は難しいと考えたチームは、山に詳しい男の協力を得ることにする。そこで呼ばれたのは、かつてナイフを盗もうとしてチームから外されたガンダーソンだった。

アッティカ刑務所から5人が同時に脱獄した。チームのオフィスには新しく長官となったウェンデルが現れ、チームの中から誰かを外したいとチャーリーに告げる。それを知ったチームのメンバーは自分が外されるのではないかと動揺する。脱獄犯は1人ずつ逮捕され、捜査は順調のように思われたが、その裏には脱獄の首謀者であるバーンズの思惑が隠されていた。そしてとうとうウェンデルがチームから外される者の名前を発表する。