飛世ユウマは、怪獣災害の防止、調査、事後処理などを目的とする怪獣防災科学調査所、通称「SKIP」の新人所員である。/「みんなを守りたい」の想いを込めユウマが日々の業務に追われるなか、地球防衛隊から石堂シュウという人物が「SKIP」にやってくる…。/彼らは怪獣シャゴンの動向を追いかけるが、危険な状況に陥ってしまう！？　その時！ユウマの前に現れたのは…！！

森を拓いてマンションを建設中の工事現場で古代遺跡と思われる遺物が発見される！/だが工事現場長の息子であるハヤトは、工事の危険性を必死にユウマに訴えかける。ハヤトが信じる森の伝説の真相とは！？　そしてユウマはハヤトの想いにどう応えるのか！？

星元市に現れる恐怖の宇宙怪獣！？/人類に味方する謎の光の巨人！？/ユウマに伝えられた父の言葉の意味…！？/繰り返される終わらない悪夢に立ち尽くすユウマは、強く信じる気持ちを胸に走り出す！！　

リン行きつけの人情あふれる商店街で異変が発生。/その痕跡からネズミの仕業と想定されるが、どうやらただのネズミではなさそうだ！/推測される原因を探るうち、リンたちは恐るべき事態に巻き込まれる…！！　それぞれの想いが交錯する中、想像力でアークが応える！

『恐竜博士』として子供たちの憧れの存在である牧野博士が星元市にやってきた！　峠で見つかった新種の化石の調査のためらしい。/ユウマは自分も憧れていた博士にあえると喜ぶのだが、ヒロシは複雑な表情を浮かべる。実は博士はヒロシの恩師だった！　そんな中、一夜にして化石のあった場所が湖と化す現象が発生し…。

怪獣出現の兆候調査に赴いたユウマたちは、山あいにある古びた旅館「あけぼの荘」で不思議な番頭さんと出会う。/過去に宇宙人騒動があった土地ということもあり、いつもよりも鋭い目を向けるシュウに、ユウマとリンはタジタジ…。/そして、旅館に隠された秘密にたどり着いた時、シュウの判断は一体！？

うだるような暑さにSKIP所員たちは我慢の限界！でもそんな時に怪獣が出現し、ガスを吸収し始めた。/アークのエネルギーをも吸収してしまう怪獣に為す術もない。しかも怪獣大爆発の可能性も出てきて星元市は消滅の危機に！！/謎の少女の言葉を胸に立ち向かおうとするユウマ…。だが、怪獣は一体なぜ現れたのだろうか？　

今度は星元市の経済危機！？/どうやら、最近星元市で流行している電子通貨「ホシペイ」がデジタル怪獣に食べられてしまっているらしい！/SKIP出動！…ってデジタル怪獣にどうやって対処すればいいの！？　「ホシペイ」開発者の力を借り、ユウマとアークは星元市を救うため立ち上がる！！

SKIP本部所属の怪獣分析班・山神と共同作戦を実施する星元市分所のメンバーたち。実は山神とリンはSKIP入所前からの知り合いらしく、久しぶりの再会に懐かしい想いを抱くリン。しかし、実は山神には怪獣細胞横流しの疑いが持たれており、リンは山神を探る秘密の捜査に協力することになるが…。

ユウマの同級生・カズオはアマチュア無線愛好家であり、鬱屈とした日常の中で夜な夜な無線で「フィオ」と名乗る人物と交信することが唯一の幸せな時間だった。/だが、その「フィオ」との交信の電波に誘われ、宇宙からノイズラーが飛来してしまう！/隠された「フィオ」の真実が発覚する時、ユウマはカズオを守ることが出来るのか！？

宇宙から突然巨大ロボットがやってきた！？/謎の音とフレーズを繰り返す機械巨像＝ギヴァスは、果たして敵なのか、味方なのか？/ギヴァスの行動から意思があると信じるユウマは諦めずに対話の道を探る。その姿に仲間たちも感化されていくのだが、厳しい現実が立ちふさがる……！？

ギヴァスの言葉に愕然とするユウマ…。さらにはシュウにも咄嗟に冷たい言葉をかけてしまい自戒の念に打ちひしがれる。/それを救ったのは、ユウマに救われたあの人物だった！？/ギヴァスへの総攻撃を目前に、ユウマは最後の手段としてギヴァスの内部に潜入するのだが、そこで驚愕の真実と向き合うことになる！！