父親に殺されかけて記憶をなくしたキム・スヒョンは、殺し屋パーベルに育てられて腕利きのキラーに成長する。やがて認知症を煩ったパーベルのミスによりスヒョンはロシアマフィアに追われる身に。そんな中、相棒のフィリップを通じて、一人始末するごとにスヒョンの過去にかかわる手がかりを提供するという、謎めいた殺人依頼が舞い込む。

スヒョンは依頼どおりユ・デホンを殺害する。一方、志願配属により事件の捜査チームに合流したト・ヒョンジンは、本件が過去の連続殺人と関連すると睨み、唯一の目撃者の少女を探そうと独自捜査を続ける。そんな中、過って猫をひいたヒョンジンは慌てて飛び込んだ動物病院で、殺害現場近くで遭った獣医のスヒョンと再会する。

スヒョンたちが住むビルにヒョンジンが引越してくる。引越し早々、大家の女子高生スルギを遺産目当ての親戚から救い出したヒョンジンは、調査過程でスルギの過去を知り、余計な詮索をするなとスヒョンに釘を刺される。一方、ヒョンジンの父のト会長は殺された3人に19年前に殺したはずのコ・ヒョヌの影を感じて苛立っていた。

ユ・デボン殺害の証拠を怪しむヒョンジンは仕事中に母に呼び出され、亡き娘の代わりにト家に来た日のことを思い出して苦しむ。そんな中、捜査チームはロシアマフィアが絡む国際的な人身売買組織を追うことに。遂に組織のアジトに乗り込んだヒョンジンは、カリモフ二世と対峙し、間一髪のところを覆面をした謎の男に救われる。

ある雨の日、「子ども時代の友達の誕生日を祝いたい」とケーキを持って訪ねてきたヒョンジンとの会話から、スヒョンは幼い頃の記憶をたどる手がかりである紙飛行機との不思議なつながりを感じる。スヒョンの過去にも関わる19年前、成功のため手段を選ばないト会長は、秘密を知り会社を離れた研究員コ・ヒョヌの殺害を企てていたのだった。

19年前に殺害したコ・ヒョヌを、一家心中の逃亡犯に仕立て上げたト会長とチョ院長は、事件にかかわった３人が殺害されたことを把握し、殺したつもりだったコ・ヒョヌの生存を確信する。一方、スヒョンはスルギを襲ったカリモフ二世を追い詰めて始末するが、ショックを受けたスルギは９年前に祖父が殺され、スヒョンに助けられた日のことを思い出していた。

９年前、スルギの祖父とミン記者に続いてパーベルに殺されかけたスルギを、自分が面倒を見ると言い助けていた人物はスヒョンだった。一方、ト会長はソ議員から、ハンソル養護施設から消えた88番の子どもの行方をネタにゆすられ憮然とする。そんななか、ヒョンジンの上司として、検察庁から風変りなユン検事がやってくる。

次の殺しの標的であるソ議員の書斎でハンソル養護施設の児童名簿を発見したスヒョンは、88番の子どもの記録を目にし、フィリップが調べた古い事件記事を頼りに養護施設に向かう。一方、カリモフ二世の死と未解決事件のつながりが見えてきたヒョンジンもまた、ユン検事がくれた資料を見てハンソル養護施設に赴く。

過去にハンソル養護施設にいたことや紙飛行機の少女イ・ヨンウンのことを思い出したスヒョンは、施設跡地の秘密の場所でヒョンジンの姿を見つけ驚く。スヒョンの素性を怪しむヒョンジンもまたスヒョンたちを自宅に招いて反応を見るのだった。ハンソル養護施設隠ぺいに躍起になるト会長はソ議員の手下のパク・テスに関係者を消せと命ずる。

コ・ヒョヌが、スヒョン以外に事件から生き残った保育士とスルギの存在を知った頃、保育士から連絡を受けたスヒョンが道を急ぐも一足遅く保育士はテスにより殺害されてしまう。一方、スヒョンに自分がハンソル養護施設出身であることや、88番の子どもへの思いを明かしたヒョンジンは、情報屋が提供した写真からスルギが唯一の目撃者だと確信する。

9年前のことが知りたいとスルギに詰め寄るヒョンジンを制止したスヒョンは、出掛けたヒョンジンの跡をつけ、パーベルが殺したミン記者と彼女の関係を知る。期日の夜、ソ議員殺害を中止したスヒョンはフィリップにキラーでいることに飽きたと告げる。一方、ヒョヌは自分の依頼が遂行されなかったことに憤りスヒョンへの制裁をジヘに告げる。

ト会長は、ソ議員が第二のハンソル養護施設を探していることを知り、テスに殺害を指示する。スヒョンはある写真を手掛かりに過去のことを思い出し、ヒョンジンたちを守るため「詮索すれば母娘を殺す」という依頼人と戦うことを決める。そんな中、ヒョンジンはモンタージュを見てスヒョンへの疑いを新たにし、動物病院へ向かう。