地球の平和を守ってきたセーラー戦士だったが、現実世界ではすでに中学3年生。高校受験も目前に迫っていた。うさぎたちはレイの家に集まって、戦いで遅れた勉強をがんばっていた。しかし、霊感の強いレイは悪夢に悩まされていた。怖ろしい沈黙が世界を包み込もうとしている。そしてその予感は現実のものとなってしまった。レイは火川神社で謎の怪人ダイモーンに襲われ、ピュアな心を奪われてしまったのだ。

新たな敵ダイモーンのために輝きを失ってしまった銀水晶。落ち込むうさぎを、衛は捨てられたネコたちがひっそりと暮らす洋館へ誘った。そこでうさぎは、ネコたちにエサをあげる少女と出会い、ちょっとだけ元気をもらう。しかし、その少女がダイモーンに襲われてしまった。少女から奪われるピュアな心。ふたたび出現した謎の2人の戦士によって少女の心の結晶は取り戻せたが、ダイモーンは復活。タキシード仮面に襲いかかった。

うさぎと美奈子は、レイの家での勉強会をサボってゲーセンで遊んでいた。そこで2人は天王はるかと海王みちるという美しいカップルに出会う。どうしてもはるかの秘密を知りたい美奈子とうさぎは、2人の後を追って、とある町工場へやってきた。だが、その工場にもダイモーンが現われ、エンジニアから心の結晶を奪ってしまった。そして、ついに2人の謎の戦士が正体を現した。なんと、その戦士はセーラー戦士だったのだ。

うさぎは愛する衛のために、花嫁修業を宣言するがレイたちに相手にしてもらえない。ひとりで落ち込むうさぎは、公園でバイオリンを演奏しているみちるを見かける。才能豊かなバイオリニストで有名な画家でもあるみちると比べて、なんの取り柄もない自分に落ち込むうさぎ。そんなうさぎにみちるは優しく語りかけ、バイオリン・リサイタルのチケットを渡す。しかし、そのリサイタルには、すでにダイモーンの卵が送り込まれていた。

うさぎは、元基の妹の宇奈月に衛とキスしたことがあるか聞かれてドキドキ。そんな宇奈月は、ファーストキスを夢見るピュアな乙女心をうさぎに語る。しかし、ダイモーンは、そのピュアな心を狙って宇奈月を襲った。そこへウラヌスとネプチューンが現われて、宇奈月のピュアな心の結晶を巡って争いはじめる。その頃、ピュアな心を失った宇奈月は、助けに来たうさぎたちにキスを迫る。うさぎは、心の結晶を求めて町へ飛び出していった。

最近、うまくいっていない海野となるの仲を取り持つため、十番街に開園する「恋人公園」の愛情コンテストに2人を出場させようとする。そしてコンテスト当日、会場にははるかとみちるの姿もあった。まるで恋人のようにコンテストの難問をクリアしていくはるかたちに引き替え、うさぎたちの声援もむなしく、いつものようにドジばかりの海野。しかし、その会場には、すでにカオリナイトがダイモーンの卵を植え付けていたのだった。

まことは、はるかのカッコよさに憧れていた。そんなピュアな心に目を付けたカオリナイトは、まことがはるかから受け取ったスカーフにダイモーンのタネを植え付けてしまう。一方、まことがダイモーンに狙われていることを知ったはるかたちも、まことを監視して、ピュアな心の結晶が出現するのを待つことにした。港で憧れのはるかと幸せなひとときを過ごすまこと。そこへダイモーンが現われて、まことから心の結晶を奪った。

亜美は、自分が勉強しか取り柄のない少女ではないのかと悩んでいた。それゆえに自分に自信を持てない亜美は、プールでみちるに勝負を挑まれても、全力を出し切れずにいた。さらに、うさぎの不用意な一言が、さらに亜美を傷つけてしまう。ひとり落ち込む亜美。そんな亜美に、みちるが再試合を挑んできた。ふたたびプールでみちると勝負する亜美は、今度は全力で泳いだ。悩みを吹っ切った亜美だったが、そこにダイモーンが現われて・・・。

モトクロスレースで負けた腹いせに、他のレーサーから襲撃を受け、うさぎとはるかは山中に取り残されてしまう。その頃、レーサーの山田がダイモーンに襲われてしまった。駆けつけたネプチューンが心の結晶を取り戻すが、じつはカオリナイトがネプチューンたちをおびき出すためのワナだったのだ。ネプチューンを助けに来たウラヌスだが、セーラームーンと手錠につながれてしまい、やむなくその場から逃げ出すはめになり。

レイは、世界に沈黙が訪れるという悪夢の正体を突き止めようとして祈祷を続けていた。雄一郎は、そんなレイの役に立ちたいと思うが、自分の無力さに気づかされるばかり。ある日、はるかと一緒にいるレイを目にした雄一郎は、勘違いしてはるかに勝負を挑んでしまう。はるかに負け、レイからもなじられてしまった雄一郎は、火川神社を去ることを決意する。うさぎの説得でレイは雄一郎を追いかけたが、そこにダイモーンが現われた。

美奈子はセーラーVとして、ほかのセーラー戦士よりも長く戦ってきた。ふつうの女の子らしい生活を送ることができない人生に疑問を感じ、美奈子なりに悩んでいたのだ。そんな時、バレー部の浅井から、昔バレー部に所属していた美奈子に憧れていたと告白されてしまった。動揺する美奈子は、自分の気持ちを確かめるため、放課後の体育館にやってきたが、そこで浅井とマネージャーの女の子とのキスを目撃してしまう。

6月30日はうさぎの誕生日。しかし、レイたちはなぜかよそよそしい。落ち込むうさぎは、気を取り直して衛に誕生日プレゼントのガラスの靴をおねだりするが、衛は今日がうさぎの誕生日だということに気づかない。さらに落ち込んでしまったうさぎだが、レイの家に着くとみんながビックリパーティでうさぎの誕生日を祝ってくれた。そして衛も、うさぎが欲しがっていたガラスの靴を持って、うさぎのもとへ急いでいたのだが・・・。