宇宙世紀0096年――。ネオ・ジオン軍と地球連邦軍が戦火を交えた『シャアの反乱』から3年。工業コロニー、インダストリアル7に住む少年バナージ・リンクスは、オードリー・バーンと名乗る謎の少女と出会う。

戦争の火種となる『ラプラスの箱』の取引を止めるため、ビスト財団当主のカーディアスに会おうとするオードリー。協力するバナージ。だが、地球連邦軍と『袖付き』の間で戦闘が起き、コロニーは戦場と化してしまう。

『ラプラスの箱』を巡る戦闘でインダストリアル7は戦場と化してしまう。オードリーを探して戦火を走り抜けるバナージは、『箱』の鍵となる純白のモビルスーツ、ユニコーンガンダムと運命的な出会いを果たす。

クシャトリヤを退け、戦闘後に気を失ったバナージは収容されたネェル・アーガマで、オードリーと再会する。だが、そこへネオ・ジオン残党軍『袖付き』の首魁、フル・フロンタルが駆るシナンジュに襲撃してきた。

オードリーを救うため、バナージはアナハイム社の重役アルベルトの力を借りて出撃した。赤い彗星の再来と呼ばれるフル・フロンタルの駆るシナンジュと激突したユニコーンガンダムはデストロイモードに変身するが…。

ネオ・ジオン残党軍『袖付き』の拠点、資源衛星パラオ。そこで待ち受けていたのは仮面を外して素顔を見せるフル・フロンタルだった。一方、ネェル・アーガマでは、エコーズのダグザが指揮するある作戦が実行される。

地球連邦軍ロンド・ベルのネェル・アーガマと特殊部隊エコーズが、バナージとユニコーンガンダムの奪還作戦を開始した。ネオ・ジオン残党軍『袖付き』の拠点、資源衛星パラオは新たな戦場と化す。混乱の中でバナージと再会したミネバは、リディの父の力を借りるため地球へ行くと伝える。一方、フロンタルは強化人間のマリーダを使って『ラプラスの箱』の鍵であるユニコーンガンダムのNT－D(ニュータイプ・デストロイヤー)の発動を促そうとする。ユニコーンガンダムには『箱』への道を開示するプログラムが仕組まれていた。クシャトリヤを駆るマリーダと戦ったバナージは、ニュータイプ同士の感応により彼女の過去と心の痛みを知るのだった。

連邦側の捕虜になったマリーダは、バナージに「それでも」と言い続けろ、ユニコーンガンダムに眠るもうひとつのシステムを呼び覚ます力になる、と助言する。そのマリーダは地球へ移されることになる。サイアムの孫娘で現ビスト財団当主代行マーサ・カーバインの指示だ。アルベルトに財団の命綱である『ラプラスの箱』の開放阻止を命じたのもマーサだった。一方、バナージはパラオでラプラス・プログラムが新たに示した座標、宇宙世紀元年にテロで爆破された首相官邸ラプラスの跡地へ向かう。ダグザに強制され、一度は反発したバナージだが、オットーからバナージ救出作戦を主導したのがダグザだと知らされ、ユニコーンガンダムを出撃させたのだ。

ラプラスの跡地に着いたユニコーンガンダムはプログラムの封印が解け、96年前に地球連邦政府初代首相リカルド・マーセナスが行った演説を流し始めた。ジオン根絶のための殺戮マシーンではない何かが組み込まれていることに気付いたダグザは、バナージに「それを制御するのは生身の心だ」と教える。だが、アンジェロの親衛隊と共に急襲したフロンタルのシナンジュによってダグザは殺された。バナージの怒りに反応したユニコーンガンダムはNT－Dを発動させデストロイモードに変身し、シナンジュを圧倒するが、盾となったギルボア機を撃墜してしまう。地球へ落ちていくユニコーンガンダム。その光芒を地球に降りたミネバは目撃するのだった。

地球に落ちたユニコーンガンダムとバナージを助けたガランシェールが西サハラ砂漠に不時着した。地球潜伏のジオン残党軍は地球連邦の首都ダカールを襲撃する陽動作戦を展開。連邦政府の中心人物ローナンはブライト・ノアにガランシェール探索を命じる。リディと共に地球に降りたミネバは自分が政治利用されるのを怖れてマーセナス家から姿を消すが、地球生まれの老人が語る「宇宙移民を実行した人々の善意」という言葉でなすべきことに気づき、追っ手の者達に身を預ける。同じ頃、アルベルトの叔母マーサは強化人間のマリーダを手駒とするべく再調整を施す。一方、ジンネマンはジオン残党軍と接触するためバナージを連れて砂漠の横断を敢行する。

砂漠を旅したバナージは連邦軍に家族を殺されたジンネマン達の悲しい過去を知り、『ラプラスの箱』をより良く使う方法を探るべく新たな情報が開示される場所、トリントン基地へ向かうことを決意する。そのトリントン基地への攻撃をフロンタルに進言するロニ。彼女は地球連邦首都ダカールを襲撃したシャンブロのパイロットだった。一方、リディはデルタプラスでブライト艦長が指揮するラー・カイラムに合流する。そのラー・カイラムにトリントン基地が襲われたとの報が入る。ジオン残党軍がカークスの呼びかけで結集したのだ。シドニー新湾に現れたシャンブロは無差別に市街地を破壊しながら進撃。ジオン残党の怨念がロニを殺戮に駆り立てていた。

コロニーが墜ちた地、オーストラリアのトリントン基地で開示される『箱』への座標を得るため戦いを引き起こすジオン残党軍。その戦いを止めたいバナージは、立ち塞がるジンネマンを退けてユニコーンガンダムで出撃する。一方、ラー・カイラムのMS部隊トライスターは、ロニの親代わりだったカークスを迎撃して撃破。ロニは怒りと悲しみでシャンブロでの殺戮を続けるが、亡くなったカークスの思いが彼女に人の心を取り戻させる。しかし、ジオン残党の怨念は強くシャンブロは再び暴走する。リディはユニコーンガンダムのビーム・マグナムを奪うとシャンブロを撃破。ロニの死に呆然となるバナージの前に黒いユニコーンガンダムが接近する。