姉と共に不承島で暮らす青年・鑢七花。彼こそは刀を使わぬ一子相伝の剣術、虚刀流の七代目当主である。とはいえ七花にその剣術を活かす機会はない。体の弱い姉を気遣いつつ、平穏な島での日々が続いていくのみだった。そんな彼のもとに、奇策士を自称するとがめという女性が訪ねてくる。彼女は七花に、伝説の刀鍛冶・四季崎記紀が造りし十二本の完成形変体刀の収集を依頼する。さらにとがめを追って、完成形変体刀の一本、絶刀・鉋を携えた真庭蝙蝠が不承島に侵入してきた。こうして十二本の刀をめぐる物語が幕を開ける・・・。

とがめと七花の、変体刀蒐集の旅が始まった。まず蒐集しようとしたのは、居合い抜きの達人・宇練銀閣が所持する、比類のない切れ味を持つという斬刀・鈍。二人は、宇練銀閣が立てこもる下酷城をめざし、鳥取藩全土を飲み込んだ日本唯一の砂漠、因幡砂漠を進む。

この度向かう先は、神々の集う地とされる出雲は三途神社。寸分違わぬ千本もの刀、千本で一本の千刀・ツルギが目当てである。ツルギの持ち主は三途神社の長、敦賀迷彩。迷彩は、完成形変体刀を賭けた勝負に応じる条件として、とがめにある申し出をする。

かつてとがめから薄刀・針の回収を命じられながらも、その刀の魅力に取り憑かれて裏切った剣士・錆白兵。七花は日本最強と呼ばれるその錆と、巌流島にて勝負をすることとなる。一方そのころ、七花の姉である七実をねらう魔の手が、不承島へと迫っていた。

薩摩は濁音港の元締めである鎧海賊団の船長、校倉必。西洋甲冑に似た形の、防御に特化した賊刀・鎧の持ち主だ。闘技場で客寄せの賭け事を行っている彼は、鎧を賭けて勝負を挑もうとする七花に対し、なんと賭け金としてとがめを要求してくるのだった。

豪雪のため、尾張幕府指定の壱級災害指定地域である蝦夷の踊山。そこに住む凍空一族に伝わるという双刀・鎚を探すとがめと七花だったが、激しい吹雪に危うく遭難しかけてしまう。そこを救ってくれたのは、凍空一族の少女、こなゆきだった。

悪刀・鐚が祀られていた陸奥の死霊山が何者かに襲われて壊滅し、鐚も奪われていたという。その何者かの行方を追って、とがめと七花は、四国にある剣士たちの聖地・清涼院護剣寺にたどり着く。だがそこでは、意外な人物が二人を待ち構えているのだった。

とがめと敵対する否定姫からもたらされた情報により、次なる刀は不要湖にあることがわかった。否定姫の懐刀である左右田右衛門左衛門によれば、不要湖はあらゆる生命活動が停止している場所だという。そこに居た微刀・釵の持ち主は、思いも寄らぬ“存在”だった。

元来、将棋と剣術で栄えてきたものの、天下泰平の世において剣が廃れてしまった出羽の将棋村。そこに唯一残っていた剣術道場、心王一鞘流の当主である汽口慚愧が、王刀・鋸の所有者だった。しかし思わぬ方向に話が転がり、七花は心王一鞘流に弟子入りする運びとなる。

十本目の変体刀、誠刀・銓。そのありかは、過去を捨てたとがめにとっての因縁の地だった。そして銓の所有者は、仙人と呼ばれる彼我木輪廻。彼我木はとがめに対し、七花の手を借りずにひとりで、地中に埋まった銓を探すように言い渡す。

残る刀も、あと二本を残すのみ。そのうちの毒刀・鍍を手にした真庭鳳凰が、真庭の隠れ里に向かったことをとがめと七花は知る。鳳凰を追って旅路を急ぐ二人だったが、しかしついに鳳凰に追いついたとき、彼の身には大きな変化が起きていた。

十二ヶ月かけて集められた変体刀は、尾張幕府に献上されていた。時の将軍、家鳴匡綱との謁見は、変体刀蒐集を成し遂げた褒美として与えられる、とがめの悲願だったのだが・・・・・・。尾張城を舞台に、最後の戦いの火花が散る！