人々が突然不気味な木になる事件が頻発し渋谷のスクランブル交差点に森が出現してしまう。中学生の犬山まなが半信半疑で妖怪ポストに手紙を出すと、カランコロンと鬼太郎がやってきた!鬼太郎と目玉のおやじは、何百年も昔に封印されたはずの妖怪の後を追う。

ねずみ男が立ち上げた芸能事務所の人気アイドルグループのコンサートで、来場者5万人が消えた!鬼太郎たちが駆けつけると、そこには見上げ入道が・・・!

子供たちが次々に失踪してしまう。古に封じられてた妖怪城が力を取り戻したのだった。さらわれたまなたちを救うために鬼太郎たちが立ち上がるのだった。

小学生の裕太がゲゲゲの森に来てしまった。鬼太郎はしぶしぶ森の中を案内するが、妖怪が好きな裕太は大喜び。ところが、山じじいの木の実を摘んでしまい…。

ねずみ男が妖怪・かみなりの能力に目をつけて電気会社を立ち上げたところ大当たり!しかし、かみなりのコントロールがだんだんきかなくなって…!?

とある青年から「山奥の村にひとりで暮らす母が妖怪に取り憑かれた」という手紙が届き、鬼太郎がやってきた。しかし母親は息子の言うことを否定して…?

ある企業の社長が、深夜の不思議な臨時列車に乗り込んだ。彼は奇妙な乗客と出会い、やがて取り返しのつかないことをしてしまったことに気がつく…。

社会科見学でとある村を訪れたまなは、うっかり古い石碑を倒してしまう。その日から、鏡の中にまなを見つめる妖怪・鏡爺の姿が現れ、まなは鏡の中へ…。

全国的なキュウリ不足が発生!ねずみ男が河童たちをIT企業に集めて働かせており、キュウリを買い占めているのだ。始めは待遇に満足していた河童たちだが…。

まながねこ娘に「最近学校で奇妙なことが起こっている」と相談する。ねこ娘たちは昔なじみのトイレの花子や二宮金次郎に会いに行くが、どこにも見当たらない。

突然夜空に第二の月が現れ、四国の八百八たぬき軍団が日本政府乗っ取りを宣言!月の中からは巨大な怪物・妖怪獣が出現し、鬼太郎はたぬきに会いに地下へ…。

太郎が石に変えられ、日本はたぬきに政権を乗っ取られてしまった。反たぬき派の人たちが次々に捕まっていく中、まなやねこ娘たちは再び地下へ向かう。