殺人カルト教団の教祖ベンジャミン・メルヴァは信者であるFBI捜査官メドウズの手引きで逃亡、リードとガルシアとテオもさらわれた。逃亡時の防犯カメラ映像を見ていたシモンズとアルヴェスはリードのハンドサインに気付き、「ベンの信者」というメッセージの意味を探る。また、メドウズの職務記録から彼女が10年前から舌骨を奪う殺人を隠蔽していたことが判明。その被害者は299人にものぼることが分かり……。

サウスカロライナの山奥の古い一軒家を買ったカップルが遺体を発見。殺害時期は20年前で、壁や床下に隠された7つの遺体にはミイラのような処置が施されていた。元の住人エルジン夫妻の夫はすでに死亡、妻は介護ホームにいるが認知症だった。八方ふさがりの中、さらに同じ現場で1年以内に殺害された遺体が2体見つかる。ルイスとリードは、妻ドロシーの記憶を呼び起こそうと介護ホームを訪れるが、動揺した彼女は……。

ワシントンDCで6人の女性に宅配便で男性の体の一部が届けられる。送られた6人は年齢にも職業にも接点が見つからない。遺体には筋弛緩剤が使われており、その使い方や切断の手際のよさから、犯人は高度な医療訓練を受けていると推理された。また、ガルシアは新たな被害者の殺害映像がネットに流れているのを見つける。IPアドレスをたどり、宅配業者の営業所長の自宅を突き止めたBAUは、SWATと突入するが……。

フロリダ州タラハシーの森で専業主婦のメリッサ・ウォレスが撲殺され、手口が儀式的なことからBAUに捜査の協力依頼が届く。夫婦間の問題が疑われたが、夫ダニーは事件発生当時、ハイウエーの監視カメラに車を運転する姿を捉えられておりアリバイがあった。また、アーリントンから転居してきたウォレス一家が通い始めた教会のホリス牧師は、何かを隠している様子。そんな折、メリッサの姉ローラが殺害される……。

JJの故郷、ペンシルベニア州イーストアレゲニーで、パーティーに出掛けたはずの女子高生チェルシー、ベサニー、アリーが森で拉致されるという事件が発生。ひとり逃げ出して保護されたアリーは「背高男(のっぽ男)に捕まった」と語る。「背高男」の怪談はJJが少女時代にも耳にしていたものだった。JJは少女たちの学校での様子を調べるために、ハイスクール時代の恩師で、今は出世して校長を務めているイーサンを訪ね……。

アルヴェスはついにリサと完全同居をスタート。そんな折、3日間で3人が、漂白剤を飲まされた後に後頭部を銃で2発撃たれて殺されるという事件が発生する。そしてBAUが捜査に乗り出した早々、4人目の被害者が出た。アルヴェスは、これがメキシコの麻薬カルテルに雇われた殺し屋ラモスの手口だったことを思い出す。5年前にFBIと麻薬取締局とメキシコ警察が共同で逮捕した彼は、3年服役したのちに脱獄していて……。

ワシントンDCのK通りで緑のジャケットを着た黒人男性にパク・チソンという男性がナタで切りつけられる事件が発生。実はDCでは、30分ごとに通行人がナタで襲われるという事件が発生していた。DC支局と連携して捜査に当たるBAUは、どの現場も人通りが多いことから、犯人が誰かにメッセージを送っているのではと考える。また犯行直前に自ら通報し、犯行の間隔が計ったように正確であることが分かり……。

アルヴェスは前回の事件での貢献が認められ、肩書きと権限が回復しそうな兆し。しかし、正式な手続きが済むまではガルシアを手伝うように命じられる。そんな中、ニューハンプシャー州のプリマスで、夫婦が自宅で射殺され8歳の娘がさらわれる事件が連続して発生する。2つの家族につながりはなかったが、どちらも娘が養女だったことが判明。犯行動機は、問題のある保護者から養女を守るという使命感の可能性が浮上し……。

カリフォルニア州の大学で講義を行なったルイスを別れた夫のダリル・ライトが訪ねてくる。2人は15年前、薬物に溺れたダリルの暴力が原因で離婚したのだ。そのダリルが、薬物依存症治療中の患者たちがオピエートを過剰摂取させられ、殺されていると言う。直近の被害者7人は、退院後1日以内に亡くなっていた。そこへ新たな被害者と思われるボニーの情報が入るが、遺体からオピエートは検出されなかった。

メリーランド州で2人の男が相次いで殺される。どちらも全身の骨を砕かれ、心臓を抜き取られていた。その後、会社経営者デニス・カークウッドが同様の遺体で発見される。カークウッドは3年前に、婚約者がいながら交際していた若い女性ロビンの殺害容疑を掛けられていたが、今回の事件で先に被害者となった2人が彼のアリバイを証明したために証拠不十分で不起訴、ロビンは事故死とされた。BAUはロビンの母に事情を聞くが……。

深夜、オレゴン州ポートランドの民家にトランクス姿の男が助けを求めに来た。住人が玄関のドアを開けるべきか迷っている間に、男は何者かに連れ去られてしまう。BAUは、この事件と先週起きたメンデルバウム夫妻殺害事件を関連付けて捜査を始める。夫妻は顔にヤケドを負わされた上にナイフで刺されていた。リードは、拉致された男の目にも焼かれた痕があることに気付き、プレンティスは犯人の標的がよそ者であると推理するが…。

アイオワ州のウェッサーという町でひと晩に3人の10歳児が姿を消す。公園の防犯カメラの映像には、自主的に集まり車に乗り込む子どもたちの姿が写っていた。3人の子どもたちには学校でも課外活動でも接点は見つからない。さらに、事件を警戒した親が玄関にバリケードを作っていた家庭の2階の窓から、少女が飛び降りて姿を消した。その後、地元の新聞社に送られてきた映像には「どんな気持ちだ?」という犯人の声が……。