古来より地球の平和を守り続けていた疾風流忍者の里、忍び谷に恐怖の忍者集団、宇宙忍群ジャカンジャが現れた! この大ピンチに、忍者養成学校「忍風館」の落ちこぼれ三人組、椎名鷹介・野乃七海・尾藤吼太が疾風流伝説の後継者となって立ち向かう!

ジャカンジャの第一次攻撃をしのいだが、忍び谷が消滅してしまったため、街に降り「人を忍び世を忍び」仕事をしながら待機することとなったハリケンジャー。仕事に精を出す三人だが、七海と吼太はハリケンジャイロを外してしまう。そこにジシャックモが出現!

演歌歌手としてデビューした七海だが、地味な仕事ばかり。そんな時、テレビ局で性格が激変した人が続出しているとの情報が。ハムスター館長に潜入捜査を命じられた3人。潜り込んでみると、人気絶頂のアイドルグループのメンバーオーデションの真っ最中で……。

ジャカンジャ地下鉄開通のため、トンネルを掘りまくるモグドラゴ。現場を押さえたハリケンジャーだが、吼太が慎重になりすぎ取り逃がす。二人に責められる吼太……。自分が育てられた養護施設に久々に顔を出す吼太。妹・鳴子との一年振りの再会だが……。

闇にまぎれ何かを埋めるマゲラッパ。現場を押さえたハリケンジャーだが、中忍ハナサッカ道士は逃げる。追いかけようとする3人に、ハムスター館長から「周りの土を持ってこい」と指令が。研究所に戻った3人に、「銭湯でバイトしろ」という命令が……。

黒澤山の石像を取ってくるようハムスター館長から指令を与えられた七海は肩を落とす。その頃、フラビージョとウェンディーヌはハリケンブルーを倒すためのゲームを思いつく。さらに街ではシラーンスが人々の縁を切って回り大混乱。ハリケンジャーの運命は……。

「稲妻とともに最強の戦士、残りの二本槍が現れるら～」とのマンマルバの予言。しかし他の七本槍は相手にしない。街では中忍・フタブタ坊が次元と次元、空間と空間を繋いで回り大混乱。そこに2年生に進級して意気の上がるハリケンジャーが颯爽と参上する。

謎の忍者二人組は迅雷流の生き残りで、伝説の覇者・ゴウライジャーを名乗った。おぼろもハムスター館長も「いったい、なぜ……」と考え込む。一方、ジャカンジャも驚きを隠せない。一刻も早く地球を腐らせなければとガマジャクシを出撃させるのだが……。

ついにゴウライジャーとジャカンジャが手を結んだ!「なんで同じ地球人なのにジャカンジャの仲間になるんだよ!」とおぼろ研究所で鷹介は七海・吼太を問い詰めるが、二人がわかるはずがない。そして、鷹介は迅雷の谷にゴウライジャーを探しにいくのだが……。

ジャカンジャの、そしてゴウライジャーの目的「あれ」とは? 3人は封印の洞窟を探るべく、迅雷流の本拠地、迅雷の谷に潜入することになった。一方、ジャカンジャもゴウライジャーの情報を手に入れるべく、サーガインとフラビージョが迅雷の谷に忍び込んだ。

ゴウライジャーに完全に敗北したハリケンジャー。命だけは助かったもののゴウライジャーの悪夢にうなされる。一方、邪魔者がいなくなったジャカンジャはユメバクー師に出撃を命じ、子供たちを甘い夢のなかに閉じ込め、石にしてしまおうとしていた。

ハリケンジャーとテッコツメーバとの激突! 復活したハリケンジャーの攻撃は超強力、巨大化再生が出来ないくらい粉々にする。ハリケンジャーとおぼろ博士は喜ぶが、ハムスター館長だけは厳しい態度。その上、おぼろに轟雷神の秘密が掴めないことを非難めく。