世界最先端の科学実験施設が終結した「アカデミア島」。その中核を成す「科学アカデミア」には、世界中から選ばれた優秀な若者たちが集い、恵まれた環境で研究を続けていた。「科学アカデミア」のプロジェクトの中でも、最も大規模なものが、巨大宇宙衛星・スペースアカデミア号の建造計画。若者たちは皆、このスペースアカデミア号の搭乗員となることを夢見ていたのだ。しかし、衛星打ち上げの日、「科学アカデミア」は謎の敵から襲撃を受け、スペースアカデミア号も破壊されてしまう―。

謎の敵の正体は、武装頭脳軍ボルトであった。その幹部となっていたのは、かつて「科学アカデミア」の学生だった月形剣史たち３人。ボルトはついに、世界征服計画を実行に移したのである。だが、この最悪の事態を前に、果敢に立ち上がった若者たちがいた。彼らこそ、生きとし生けるものを守る戦士・超獣戦隊ライブマンだ！

ケンプやマゼンダすらも戦慄した、尾村豪の恐るべき実験計画。さすがの大教授ビアスも、この計画に高い評価を与えた。深夜の町に現れるウイルスヅノー。若者たちが次々と襲われていく。この暴挙を食い止めようとする勇介とめぐみだったが、豪の優しい一面を知っている丈は―。

マゼンダは、人間とそっくりな「ダミーマン」を日本各地に送り込み、社会を混乱させるという作戦を実行に移した。まんまと成功するかに思われたが…。

２年前に亡くなった矢野卓二の弟・武志が、勇介に会いに来た。卓二が遺していた設計図を基に、未来車を完成させてほしいというのだ。武志の熱い思いを受け取る勇介。だが、そのころ、ボルトは「車社会」を根底から揺るがす、恐るべき計画を企んでいた。

時間と空間を操る頭脳獣・タイムヅノーが誕生した。タイムヅノーは７０００万年前へとタイムスリップし、一匹の子ども恐竜を現代へと連れ帰る。だが、その恐竜は健一少年に発見され、かくまわれた。やがて、ゴンと名づけられた恐竜と健一少年は心を通わせていく―。

タイムズノーが連れ帰った一匹の子どもの恐竜、ゴン。健一少年と心を通わせ、大人しい恐竜だったが、オブラーはガッシュを使って、ゴンを巨大化して町で暴れさせてしまう。過去に戻ることもできず、自分を抑えることもできないゴンを待ち受ける運命は―。

ケンプは、自らが下等生物だと見下している「人間」の弱点を突く作戦を考え出した。それは「人間」が持つマイナスの感情を、頭脳獣のエネルギーに変えるというものだ。しかし、「人間」としての煩悩を捨て去ったはずのケンプにも「怒り」の感情が残っており、皮肉にも、その「怒り」までも頭脳獣のエネルギーとなってしまう。

めぐみの友達・ゆかりの結婚式に出席した３人。しかし、新郎の俊介が、こともあろうに新婦を捨て、謎の美女の虜になってしまう。実は、美女の正体はマゼンダ。俊介の様子がおかしくなったは、「ラブトワレ」という香水のせいだったのだが―。

大原丈は真也という少年から「おっさん」呼ばわりされるが、真也の姉・陽子の笑顔に惹かれ、姉妹が営むピザ屋を手伝うことにする。「スケボーでピザを配達する」という丈のアイデアが早速、実行に移されたが、新たな頭脳獣メイロヅノーが出現し、街中が迷路と化してしまった。当然、丈は指定の時間内にピザを届けられず…。

歓楽街にヒヒヅノーが現れた。その使命は、人間を猿人化すること。オブラーの作戦は成功するかに思われたが、凶暴極まりないニューマフィアのボス・毒島嵐の出現によって、様相が一変する。なんと嵐はヒヒヅノーを自らの手下にしてしまったのだ。頭脳獣よりも強い、この男の正体はいったい何者か？

人間でありながら頭脳獣よりも強いニューマフィアのボス・毒島嵐は、ビアスの教えを受けてボルトの４人目の幹部であるドクター・アシュラとなった！ドクター・アシュラは自らの天才を証明するために学者をさらっていく。誰よりも強く、凶悪な天才の出現に、ケンプたちも気が気ではなく―。