「私の使命は、歌で、みんなを幸せにすること」//史上初の自律人型AIとして生み出され、複合テーマパーク”ニーアランド”で活動するヴィヴィ。「歌でみんなを幸せにする」という使命を与えられたヴィヴィは、ステージで歌っている最中、マツモトと名乗るAIの接触を受ける。困惑するヴィヴィに、マツモトは「共に歴史を修正し、100年後に起こるAIと人間の戦争を止めてほしい」と協力を求め――。

「ここから、あなたの100年の旅が始まるんです」//100年後に起こるAIと人間との戦争、その原因の一つである政治家・相川議員の死。その悲劇を回避するために動くヴィヴィとマツモトは、相川議員を急襲する、反AI思想を持つテロリスト集団「トァク」と対峙することとなる。しかし、歌うために作られたヴィヴィに対抗手段は少なく、トァクの猛攻に次第に追い込まれることとなり――。

「どうかご安心して、心行くまで星たちとの歓談を」//相川議員を取り巻く事件から時が経過し、ヴィヴィのステージには以前と比べて聴衆が足を止めるようになっていた。そんなある日、再びヴィヴィの前に現れたマツモトは、次なる歴史の修正点として宇宙ホテル”サンライズ”への乗船を要請する。ヴィヴィは自身の本来の使命とのギャップに葛藤しながらも、マツモトと共に宇宙へ上がる――。

「この子は絶対に、無事に地球へ帰す」//宇宙ホテル”サンライズ”を地上へ落とすとされるAI・エステラ。/しかし、ヴィヴィはエステラと接していく中で、マツモトの情報と彼女の印象との違いに疑問を抱くようになる。そんな折、マツモトの想定よりも大幅に早くサンライズのコントロールが失われてしまう。/混乱の中、ヴィヴィは乗客やモモカの妹・ユズカを救うため、原因究明に動き出す――。

「あなたの笑顔も守りたい。あなたはAIを愛してくれているから」//『サンライズ』の事件以降、ヴィヴィのステージは日増しに観客を増やしていた。/そんなある日、ヴィヴィの前に再び現れるマツモト。彼はAIの発展が正史よりも加速していると告げ、その流れを阻止するべく、海上無人プラント『メタルフロート』の機能停止を新たな任務に設定。/二体はプラントの建設に関わった研究者の元へ向かう。

「謹んでお受けします。末永くよろしくお願いします」//冴木博士から預かった停止プログラムを用い、『メタルフロート』の機能を停止させようとしたヴィヴィとマツモト。/しかし、プログラムは施設のAIの暴走を招き、島に攻め込もうとしていたトァクを迎撃――「AIによる人間への攻撃」の事実が生まれてしまう。ヴィヴィたちは攻撃されたトァクのメンバーを助け、暴走を止めるべく島の中枢へ走る。

「いつものように、完璧にこなすわ。――歌で、皆を幸せにするためにね」//連日メインステージを満席で埋め、ニーアランド“不動の歌姫”の地位を確固たるものとするAI、ディーヴァ。世界中の歌姫型AIを集めた祭典、『ゾディアック・サインズ・フェス』への出場が決まったディーヴァだったが、リハーサルの最中、トラブルに見舞われる彼女の前に見覚えのないキューブ型のAIが現れて――。

「大事なのは、最高の歌を……生まれてきた使命を果たせる、そんな歌を」//人類とAIとの戦争を回避する。――マツモトから聞かされた”ヴィヴィ”の使命に驚かされるディーヴァは、今回の彼の目的が「オフィーリア」の自殺を阻止することだと知る。リハーサルで圧巻のパフォーマンスを披露した歌姫AI、オフィーリア。自壊を禁じられたAIの自殺を阻止するため、ディーヴァはオフィーリアに接近する。

「――ねぇ、聴こえる？私、今、とってもいい歌を歌えてるでしょう？」//オフィーリアの身に起こる悲劇、その真相は彼女のサポートAIであるアントニオによる駆体の乗っ取りという残酷な真実だった。正体を知られたアントニオは、オフィーリアの真実を隠すためにマツモトへと攻撃を仕掛ける。/一方、ディーヴァを捕らえた垣谷は、AIへの憎しみを語りながら、ディーヴァの内に眠ったヴィヴィを無理やり引きずり出そうとする。はたして二体は、このシンギュラリティポイントを無事解決できるのか――。

「――約束は果たしましたよ、ディーヴァ」//歌姫”ディーヴァ”がいなくなり、”ヴィヴィ”が戻って五年。/AI博物館で展示業務に従事するヴィヴィは、歌えなくなった自らの欠陥と向き合わされていた。/そんな折、ヴィヴィの下に再びマツモトが現れる。歌う使命を果たせないヴィヴィは、シンギュラリティ計画の遂行に希望を見出すが、そんな彼女にマツモトが告げたのは計画完了の報告だった。

「……あいつは、最後、どうしてたんだ？」//博物館での長い眠りから目覚めたヴィヴィの前に広がっていたのは、AIが人間を殺して回る凄惨な光景――「人間とAIの戦争」が始まってしまった世界だった。/混乱の渦巻く中、マツモトと合流したヴィヴィはシンギュラリティ計画の失敗を理解し、状況の打開を求めて100年の旅の立案者、松本博士の下へと走り出す――。

「――アナタにとって、心とはなんですか？」//「私たちの目的は、現在の人類を滅ぼすことです」。AI集合データベース”アーカイブ”の演算により、滅びの危機に瀕した人類。人類滅亡のカウントダウンが進む中、ヴィヴィとマツモトは仇敵であったトァクと協力し、アーカイブの中枢が存在する”アラヤシキ”へと乗り込む作戦を計画する。しかし、アーカイブからの接触を受けたヴィヴィには、マツモトしか気付けない一つの選択肢が提示されていた。