トンネルの工事中に洞窟が発見された。毎日新報カメラマン・江戸川由利子は星川航空パイロット・万城目淳、助手の戸川一平と共に現場に向かう。洞窟内からは怪獣ゴメスが出現し、さらに巨大な楕円形の化石も発見され……。

伊豆淡島に巨大猿ゴローが出現。青葉くるみを食べてホルモンバランスを崩し、巨大化したらしい。そんなゴローに以前と変わらぬ愛情をそそぐ孤独な青年・五郎だが、巨大化したゴローの食料のために盗みを働いてしまい……。

火星探査に向かったロケットが、何者かの手によって送り返されて来た。中にあったのは謎の金色の球体。しかしそれが金塊と間違われ盗まれてしまう。球体は物凄い速度で巨大化し、中からは怪獣ナメゴンが現れた！

原因不明の地震が頻発し、地中から巨大な植物の根が人々を襲う事件が起きた。やがて、ビルを突き破って巨大な花・マンモスフラワーが開花、毒花粉を撒き散らし始める。ビルに閉じ込められた一平たちが危ない！

万城目は南極基地へ向かう船に同乗していた。基地に着いた万城目たちを待っていたのは－１００℃という異常な寒波と４トンの雪上車が空中へ舞い上がるという怪現象。３年前に失踪した隊員の手帳には「ペギラ」という文字が……。

学校の授業などそっちのけで今日もカメの飼育に夢中の太郎少年。彼の夢は大きく育ったカメに竜宮城へ連れて行ってもらうことだ。ところがある日、学校の近くで強盗事件を起こしたギャングが、太郎のカメを連れて逃げてしまう！

富士山が噴火の兆候を見せている。しかし付近住民の避難は一向に進まず、樹海に住む野生児のタケルにも話が通じないらしい。タケルを探しに樹海へ入った由利子たちは池の中から巨大な岩が飛び出す瞬間を目撃した！

農事試験場では生物を巨大化させるハニーゼリオンという物質が研究されていた。その作用で巨大化してしまったモグラが、近くの農村に出現。試験場の管理ミスと思われていたこの事件は、やがて思わぬ一面を見せることに……。

とある灯台で、巨大なクモが職員を襲っていた。一方、夜霧で道に迷った万城目たちは、微かに見えた明かりを頼りに洋館を見つけるが、中にはクモの巣だらけで誰もいない。洋館の明かりに見えたのは近くの灯台の光のようで……。

新東京駅から初運転を始めた地底超特急いなずま号。最初のうちこそ順調に走行していたが、様々な偶然が重なり持ち込まれた人工生命体によって、先頭車両が制御不能になってしまった！

土星ロケットが連れてきてしまった、風船のような生物・バルンガ。それは周囲のあらゆる動力を吸収し無限に膨らんでいった。機能が止まった都市の中で、人々は接近中の台風がバルンガを吹き飛ばしてくれることを期待したが……。

動物園の飼育員が「鳥を見た」と言い遺し謎の死を遂げ、動物たちが一頭残らずいなくなる事件が発生。同じ頃、漁村に謎の船が漂着。村の少年・三郎は船から飛んできた小鳥と出会い、交流を深めていた……。