売れないお笑い芸人の飛電或人（高橋文哉）は、今日も遊園地で芸を披露するものの全く笑いをとれない。その一方で、祖父の会社・飛電インテリジェンスが開発したお笑い芸人型のＡＩロボ＝ヒューマギアはバカウケ。或人は、支配人の根津（金田明夫）からクビを言い渡されてしまう。落ち込む或人の前に、飛電インテリジェンスの社長秘書というヒューマギアのイズ（鶴嶋乃愛）が現れるのだが・・・。

飛電インテリジェンス代表取締役社長として出社した或人（高橋文哉）。しかし、いきなり対人工知能特務機関・エイムズの唯阿（井桁弘恵）と諫（岡田龍太郎）の事情聴取を受けるハメに。いったい何の目的で！？一方、滅亡迅雷.netも新たな行動を開始。迅（中川大輔）は、にこやかに配達員ヒューマギアに近付くとゼツメライザーを装着させて・・・。

或人（高橋文哉）は、イズ（鶴嶋乃愛）とともに寿司職人型ヒューマギア・一貫ニギロー（内野謙太）を売り込みに「まごころ寿司」へ。しかし、頑固職人の主人・魚住（渡辺哲）は「ロボットに寿司は握れない」と興味を示さない。困り果てる或人だったが、そこへエイムズの唯阿（井桁弘恵）が現れた。思わず身構える或人だったが、意外にも唯阿は或人の売り込みを後押しするようなヒューマギアの良さを認めるコメントを。驚きつつも喜ぶ或人だが・・・。そのころ滅亡迅雷.netも新たな活動を開始。迅（中川大輔）は、一体のヒューマギアに近付くとゼツメライザーを装着させて・・・！

バスガイドヒューマギア・アンナ（大久保聡美）の職場視察のため、或人（高橋文哉）とイズ（鶴嶋乃愛）は、中学生を乗せた観光バスに同乗。のどかな景色に心癒される或人だったが、１２年前の爆発事故現場にやってくると表情を硬くする。今ではデイブレイクタウンと名付けられ、事故現場は負の遺産となっていた。アンナの説明に生徒たちは、爆発は郷（山田日向）の父親のせいだとはやし立てる。郷の父親はデイブレイクタウンにあった工場の責任者だったらしい。その時、突如バスが爆発！バス運転手型ヒューマギアのバースが、マギアへと変貌し生徒たちに襲い掛かった！

或人（高橋文哉）は、イズ（鶴嶋乃愛）を連れて大人気漫画家・石墨超一郎（勝矢）のアトリエへ。子供のころから石墨作品を愛読している或人は石墨との対面に大興奮だったが、森筆ジーペン（徳角浩太郎）らアシスタントのヒューマギアを道具のように扱う石墨に失望してしまう。そんなジーペンに滅亡迅雷.netの迅（中川大輔）が接近。或人の目の前でジーペンにゼツメライズキーを装着させて・・・！

或人（高橋文哉）とイズ（鶴嶋乃愛）は、エイムズの諫（岡田龍太郎）の捜査の立会いでアニメの録音スタジオへ。声優ヒューマギア、セイネ（美山加恋）の事務所社長・多澤（おかやまはじめ）にある容疑がかかっているというのだが・・・。一方、滅亡迅雷.netのアジトでは、滅（砂川脩弥）が迅（中川大輔）にある指令を出す。「迅、許可する。ゼロワンのプログライズキーを狙え！」

麗華中学のバスケ部顧問、教師型ヒューマギアのコービー（海東健）をリセットして欲しいという依頼が入った。或人（高橋文哉）とイズ（鶴嶋乃愛）が中学校へ行くと、あまりに熱心に指導するため練習時間をオーバー。高校進学を心配する保護者からクレームが入っているという。教育委員会からもクレームが入ったと諫（岡田龍太郎）までが割り込んでくるが、部員たちとの関係も良好な熱血教師コービーを或人も簡単にリセット出来ず・・・。そのころ、滅亡迅雷.netの滅（砂川脩弥）は、捕獲した一体のヒューマギアに恐ろしい指令を与える。「ゼロワンを狙え！」

白衣の天使ましろちゃん（大後寿々花）など、多くのヒューマギアが働く病院で定期健康診断を受ける或人（高橋文哉）。イズ（鶴嶋乃愛）によると、患者の個人情報を扱う医療ヒューマギアのセキュリティは万全だという。その病院でのヒューマギアのハッキングに失敗した滅（砂川脩弥）は、セキュリティを強制突破する戦力が必要と迅（中川大輔）らに指令を出す。「次の標的はエイムズの一員。刃唯阿」唯阿（井桁弘恵）に魔の手が迫る！

仮面ライダー滅の強烈なライダーキックを浴び変身を解除、意識不明の重体となった諫（岡田龍太郎）は病院へ搬送。諫が嫌うヒューマギアの医師Dr.オミゴト（高橋光宏）が診断するが、あえて唯阿（井桁弘恵）は諫を託す。国立医電病院の医療ヒューマギアの暴走が社会問題化。飛電インテリジェンスは窮地に陥り、或人（高橋文哉）は福添（児嶋一哉）らから究極の選択を迫られる。社長としての或人の決断は・・・！？

或人（高橋文哉）ら飛電インテリジェンスは、初の俳優型ヒューマギアのエンジ（崎本大海）とベテラン俳優の大和田伸也（大和田伸也）が共演するドラマプロジェクトを企画。諫（岡田龍太郎）らエイムズも撮影所の警備で協力する。その諫は、イズ（鶴嶋乃愛）から暗殺ヒューマギア（松村龍之介）の映像をリークしたのが唯阿（井桁弘恵）だったことを知らされ、にわかに動揺。そのとき迅（中川大輔）と暗殺ヒューマギアが撮影所に現れたという連絡が入り・・・！

大和田伸也（大和田伸也）が飛電インテリジェンスのドラマプロジェクトから降板すると言い出した。理由は、俳優型ヒューマギア・エンジ（崎本大海）の芝居に厚みが感じられない、から。そんな大和田を或人（高橋文哉）は必死で説得する。一方、滅亡迅雷.netは暗殺ヒューマギア（松村龍之介）を新たに復活させると、滅（砂川脩弥）は暗殺の標的を「大和田伸也」と命令する。そして、自らはゼツメライザー、ゼツメライズキーを手に、控室にいるエンジに近づいて・・・！

俳優・大和田伸也（大和田伸也）を銃撃した犯人捜査に余念がない警察。エイムズ・唯阿（井桁弘恵）の助言を受け、飛電インテリジェンス社長室のラボを立ち入り調査することになった。ラボでは犯人のヒューマギアに対抗する新装備のため、新たなプログライズキーを製作中。警察といえど、ラボに入れるわけにはいかない。刑事たちを前に激しく動揺する或人（高橋文哉）は窮地に追い込まれる。そんな或人らの前にワズ（辻本耕志）と名乗る探偵型ヒューマギアが現れて・・・！？