1964年、精神障害者を収容する施設ブライヤークリフは、信心深く厳格なシスター・ジュードが支配していた。彼女をインタビューする名目で施設を訪れた新聞記者のラナ・ウィンターズは、罪を犯し精神を病んだ患者たちの異様な光景を目にする。そこへ3人の女性を殺してその皮膚を剥いだ残忍な連続殺人犯ブラッディ・フェイスが移送されてくる。ラナの本当の目的はブラッディ・フェイスの取材たった。その頃、施設内で患者が姿を消す事態が頻発し、ジュードはアーデン医師に疑いの目を向けていた。

ジュードは、反抗的なラナを服従させるため、仕方なくアーデンの協力を求め電気ショック療法を施す。ブラッディ・フェイスとして移送されてきたキットは、施設を訪れた公選の精神科医オリバー・スレッドソンとの最初のカウンセリングに臨む。一方、ある夫婦が17歳の息子を連れてブライヤークリフを訪れる。人格が豹変し邪悪な言葉を発して大暴れする少年に悪魔払いをすることになるが、少年に過去を暴かれたジュードは激しく動揺する。そして、壮絶な儀式の後に少年は力尽きてしまうのだが…。

従順で温和だったユーニスは、邪悪で淫らな修道女へと変貌を遂げていた。ジュードはユーニスの策略により過去の罪を暴かれたと思い込み、酒に手を出してしまう。泥酔したジュードを見たラナは、嵐が近づく映画鑑賞会の夜、グレース、キット、シェリーと逃亡を図るが、得体のしれない化け物に行く手を阻まれ脱走は失敗に終わる。守衛の気をひいて3人を逃がしたシェリーは、アーデンに捕えられ恐ろしい実験の犠牲となってしまう。一方、アーデンはキットの首から奇妙な物体を見つける。

反ユダヤ的な発言をした男性に暴力をふるった女性が、ブライヤークリフに入所してくる。アンネ・フランクだと名乗る彼女は、アーデンの顔を見た途端、彼をアウシュビッツにいたナチスであると非難する。スレッドソン医師は、キットにブラッディ・フェイスの犯罪を事細かに話して聞かせる。記憶が全くないキットは、自分が恐ろしい殺人を犯したかもしれないと思い始める。ラナの性的志向を矯正するため、スレッドソンは屈辱的な治療を施す。一方、ジュードのもとへ刑事が訪ねてくる。

アンネを名乗る女性の言葉を信じ、アーデンへの疑惑を深めたジュードは、アーデンの過去を内密に調べるため、ある男の家を訪れる。アンネは、アーデンの診察室で見たことを必死に訴えるが、誰にも信じてもらえず、夫の元に連れ戻される。一方、キットはスレッドソンの助言で、彼から聞かされたブラッディ・フェイスによる犯行の一部始終をテープに録音して、スレッドソンに有利な証言をしてもらうよう約束する。ラナは、スレッドソンの手引きでブライヤークリフからの脱走を試みるのだが…。

ある母親が7歳の娘ジェニーをブライヤークリフに連れて来た。その子には残忍な兆候があり、友達を殺したかもしれないという。悲惨な姿のシェリーが見つかり、ハワード司祭が面会に行く。アーデンへの疑惑を勘違いだと思い直していたジュードは、彼がやはりナチス残党かもしれない、そしてそれを証明するためには指紋が必要だと連絡を受けるが、ハワード司祭からブライヤークリフを去るよう通告される。一方スレッドソンの自宅に連れて行かれたラナは、恐るべき事実を知るのだった。

大量出血したグレースは瀕死の状態になるが、その時黒く大きな羽を持つ死の天使を目にする。さらに、患者の一人が自殺を図った後も彼女は現れる。死の天使がキスをすると死にゆく者は死を受け入れたことになるのだ。彼女と対面したユーニスは、自分たちが邪悪な同類であることを確認する。そのユーニスは施設内で権力を強め、アーデンをも支配するようになっていた。スレッドソン宅で疲れ切っているラナの前にも死の天使が現れキスしようとするが、我に返ったラナは、意を決し再び脱出を試みる。

ジュードはユーニスに宿った悪魔と戦うためブライヤークリフへ戻ってくる。だが、ユーニスはジュードに恨みを持つ患者エマーソンを利用してジュードを陥れようとする。この男はサンタ姿で大量殺人を犯した凶悪犯だった。乗り込んだ車で運悪く事故にあったラナは、目覚めると再びブライヤークリフに戻されていた。そして再会したキットに彼の無実を証明できると話すが、その後スレッドソンが姿を見せる。一方、アーデンはグレースの遺体を始末しようとするが激しい閃光の後、遺体は消えていた。

ユーニスとアーデンの策略によって無実の罪を着せられたジュードは、かつて自分が支配していた病棟に患者として戻ることになる。病棟ではジュディと呼ばれるようになったジュードはラナに再会すると謝罪し、彼女をここから脱出させることを誓う。ラナは自分の体に起こったあることと葛藤していた。しかし、そのことを利用してスレッドソンに対抗しようと決意する。アーデンは、トンネルに宇宙人らしき足跡を見つけ、キットが最初からずっと真実を言っていたのかもしれないと思い始める。

ユーニスに正規採用されたスレッドソンは、ラナとキットの前に平然と現れる。ジュディ(ジュード)は、ユーニスに挑戦的な態度をとったことにより、アーデンから電気ショック療法を繰り返し受ける。気丈だった彼女の精神は次第に病んでいき、自分の名前すら定かでなくなっていく。ハワード司祭がすっかり変わり果てたジュードに詫びると、彼女はもうろうとしながらも、あることを依頼する。ハワード司祭は、自分を辱めたユーニスに再び立ち向かうが、その時、死の天使が再び現れる。

ジュディ(ジュード)から頼まれたマザー・クラウディアの力を借りて、ラナは自らが受けた残虐行為の証拠となるファイルを持ってブライヤークリフを脱出する。そして、スレッドソンの自宅で彼を待ち伏せし、再び彼と対面する。その後、ジュードを助けるためにブライヤークリフに戻るが、ハワード司祭から彼女が自殺したと告げられる。一方、無実が証明されたキットは、ブライヤークリフから解放され、グレースと息子と共に以前暮らしていた愛しの我が家に戻る。

1967年、キットはグレース、アルマ、そして子供二人の5人で同居していた。幸せに暮らしているかに見えたが、ある日グレースとアルマに亀裂が生じ、キットは信じられない光景を目撃してしまう。1968年、ジュディ(ジュード)は、名前をベティと変えられブライヤークリフでまだ生きていたが、精神状態はますます悪化していた。1969年、ラナは「マニアック:ある女性の生還の記録」という自伝小説でベストセラー作家となっていた。ある日、ラナのサイン会にキットが現れ、ジュードが生きていることを伝える。