深夜の恐竜博物館に巨大な侵入者が現れた。恐竜ティラノサウルスが超進化を遂げた爆竜ティラノサウルスだ。時を同じくして、地下鉄に爆竜トリケラトプスが、高層レストランに爆竜プテラノドンが出現し、次々と都市を破壊し始める。アスカは爆竜たちの暴走を止めるために地球へやって来たが、彼の声は爆竜には届かず……。

誕生したばかりのアバレンジャーに新たなるピンチが……。アバレブルーになった幸人がアバレンジャーをやめると言い出したのだ。凌駕、らんる、竜人、アスカ、そしてパートナー爆竜トリケラトプスの懸命の説得も届かない。そこに再び巨大要塞生命体の攻撃が始まる。2人きりになったアバレンジャーに勝機はあるのか……?

「恐竜や」に集まったアバレンジャー。そこに凌駕が小さな女の子、舞ちゃんを連れてきた。驚くみんなを残し、幼稚園の父親参観に出かけていくふたり。ところが、凌駕に敵出現の連絡が入り舞ちゃんは一人ぼっちに…。一方、エヴォリアンでは創造の使徒・ミケラの手により、恐ろしい合成獣が生まれようとしていた。

スケさんデザインのユニホームも出来上がり、いよいよ本格的に「恐竜や」で働くことになったアバレンジャー。そんな時、らんるは同級生からからかわれている少年・孝明と出会う。イジメられても抵抗しない孝明に苛立つらんる。一方、新たなるトリノイド・ハッカラスナイパーが現れ、人々を襲い始める。

突如現れた謎の男に連れられて、幸人は大きな洋館を訪れた。幸人を待っていたのは車椅子の美女・さやか。彼女は元F4レーサー。かつてレース中の事故で歩けなくなったが、幸人の治療を受けて完全に回復したはずだった。しかし、再び歩けなくなったという。さやかはその原因が幸人の治療にあると言うが……。

巷で大人気のスター・リリアン。凌駕もリリアンに夢中になっている。そのリリアンをらんるがよく知っているという。らんるはかつてアイドルだったことがあり、リリアンはその時の同級生だったおいうのだ。どうしてもサインが欲しいという凌駕を連れ、らんるはリリアンのもとを訪れるが……。

激しい攻撃からなんとか守った爆竜の卵。だが、アスカの思いも届かずなかなか卵は孵らない。しかし、凌駕が手をかざすと卵に亀裂が入り、ついに爆竜バキケロナグルスが姿を現した。爆竜の赤ちゃんであるバキケロナグルスはそのかわいらしい姿から「バキちゃん」と名付けられる。

ようやくアバレブラックにチェンジできたが、本来の力が出せないアスカ。思うようにいかない苛立ちから、らんるたちにまであたってしまう。一方、人気テレビ番組のヒーロー「ギャラクシアン・イグレック」が実際に現れ世間を驚かせる。イグレックの大ファンの舞ちゃんは大盛り上がりだが、そこに新たな事件が起こり……。

凌駕はトリノイド第8号・キンモクセイカミカクシの匂いを嗅いだ途端、見たこともない山奥に飛ばされてしまう。ティラノとも連絡が取れなくなってしまった凌駕、そして、パワーを使いすぎた反動で眠り続けるアスカ……。果たして幸人とらんるはキンモクセイカミカクシを倒すことが出来るのか!?

トリノイド第9号・バンクマッシュルームが現れ、人々の髪型をマッシュルームにしてしまう技で人々を襲い始めた。そこへ出動してきたアバレンジャーは、大リーグで大人気のホームラン王、バンズに出会う。怪我に苦しむバンズは、カリスマ整体士の幸人にぜひアメリカに来てほしいと頼み込む。幸人が下した決断とは?

いつも元気一杯の笑里が何か思い詰めた様子。理由を尋ねると親友の若菜の様子がおかしいという。「超能力みたいなのを使うところを見た」というのだ。そこで、アバレンジャー3人は若菜が通う「大天才予備校」に潜入、完璧な変装で、若菜の秘密を暴こうとしたのだが……。

京都で建物が切断されるという事件が連続して発生。京都に急行した凌駕たちは爆竜捜索を忘れ、映画村で遊んでしまう……。そこに突如、巨大なノコギリを持つ爆竜ディメノコドンが出現。さらに時間を操ることができるギガノイド・時計も現れ、アバレンジャーは窮地に追い込まれる。