金沢から大黒市へと引っ越してきたヤサコこと小此木優子と妹の京子。ヤサコは謎の電脳生物を追いかける京子と電脳ペットのデンスケとはぐれてしまった。電 脳メガネでデンスケを見つけたのはいいが、なんとデンスケはヤサコの目の前で、謎の電脳生物と共に壁の中へと消えてしまった! ヤサコはたまたま出会った 自称コイル探偵局員の女の子・フミエと共にデンスケ捜索を開始する!

サッチーの攻撃をなんとかかいくぐり、デンスケの救出に成功したヤサコとフミエ。しかしなんとデンスケは謎の電脳ウイルス「イリーガル」に感染していた! 戸惑うヤサコを助けたのは、フミエの親玉にしてヤサコの祖母「メガばあ」だった。メガばあは様々な電脳グッズを駆使してデンスケの治療を試みるのだった。 一方、謎の少女イサコがデンスケを狙って、手下の電脳生物モジョを差し向けてようとしていた・・・。

大騒動の翌日、ヤサコは転校初日を迎えた。留守の間に、メガばあの応戦も空しく、モジョによってデンスケが誘拐されてしまう!再びデンスケ救出に向かうヤ サコとフミエ。モジョの反撃を受けながらも必死の追跡を続ける二人の前にサッチーが立ちはだかる!! 混乱のさなか、一旦は助けたデンスケをイサコに奪わ れてしまう。果たしてデンスケを無事取り戻せるのか?そして謎の少女イサコの狙いとは一体!?

ヤサコに続いて6年3組にやって来た第二の転校生、それはなんと昨日デンスケを誘拐したイサコこと天沢勇子だった。イサコは、ダイチがリーダーの「大黒黒 客」へと勧誘されたが、これを冷ややかに断ったことで、ダイチたちに目をつけられてしまう。ヤサコはイサコと友達になろうと話しかけるのだが、イサコはヤ サコにひどく冷たい言葉を投げ返す。放課後、ダイチたちはイサコに電脳アイテムで攻撃を仕掛けるのだが…!!

この街のどこかにメタバグが大量に埋まっているという噂を聞きつけたダイチたち。そんなダイチたちに「在りかを知っている」と近づいて来たのは、なんとイ サコだった。メタバグ探索に向かうイサコたちの後をつけるヤサコとフミエ、そしてイリーガルの研究をしているという「生物部」の部長ハラケン。ダイチたち が辿りついた先は、電脳霧がたちこめる「バスの墓場」だった!イサコはダイチたちにバスの床を掘るように命じる。果たしてイサコの目的とは何か!?

ヤサコたちのピンチに、襲いかかるサッチーに命令をして停止させたのは、なんとハラケンだった。サッチーはハラケンのペットだったのだ!ハラケンの正体を 探ろうとするフミエとヤサコは、まずは生物部らしくサッチーの生態を探ることから始めるのだった。しかしハラケンの行動を知るうち、二人はハラケンの意外 な過去を知ることになるのだった…。

ヤサコとフミエはコイル探偵局メンバーとしてメガばあに緊急招集される。依頼は電脳ペット「マンタ」の捜索だった。一旦は断ろうとするヤサコたちだった が、報酬を聞いて目の色が変わる。その報酬とはメタバグの30倍もの値がつくといわれているキラキラ輝くキラバグだったのだ…!目撃情報を元にヤサコたち は廃工場へと向かうが、そこには偶然、イリーガルを捕まえようと、イサコが様々な罠を張り巡らしていた。イサコの暗号式に足を踏み入れたヤサコは、なんと イサコと一緒に密室に閉じ込められてしまった!

一学期最後の終業式の日。すっかり黒客を支配下におさめたイサコがダイチたちにある命令を下す。イリーガル探索になにかと邪魔となるフミエたちに果たし合 いを申し込み、これに勝利してフミエたちから電脳メガネを取り上げろというものだった。ケンカばかりしているが、実はフミエに片想いだったダイチ。夏祭り の雰囲気に飲まれたせいか、なかなかフミエに果し合いを言い出せない。黒客と恋心に揺れるダイチの男心は、果たしてどんな結論を導き出すのか?

ついに黒客とフミエたちの果たしあいの日がやって来た! 生物部の合宿、深夜の学校で肝試しを行い、負けた方はメガネを捨てなければならないのだ!ダイチ やヤサコたちは競い合って校舎内のあちこちに電脳トラップを仕掛けていく。そこへ現れたのは学校を調査すべく、サッチーと一緒に潜入してきたオバちゃん だった。すべては学校内に逃げ込んだイリーガルを捕まえようとするイサコの陽動作戦だった!

なんとヤサコの目の前でキラバグを体に吸収し、イサコはサッチーを倒してしまった!「残りも私が手に入れる」と、オバちゃんに宣戦布告をするのだった…。 イサコによって黒客から追放されてしまったダイチはデンパと共に「元祖黒客」を旗揚げする。一方、ヤサコとフミエはハラケンに協力して、ハラケンが手に入 れた道順を辿る事に!!そこで、ヤサコは遠い昔の記憶を思い出す。それは「4423」と名乗る謎の少年との想い出だった…。

イリーガルを捕まえて、メタバグを稼いでやる! ダイチが苦難の末に見つけたのは、小さな金魚のイリーガルだった。がっぽりメタバグを稼ぐため、ダイチは 金魚を育てることにした。ところが、金魚はひたすら巨大化を続け、ついにダイチの家から飛び出してしまった!! 巨大化した金魚は街をどんどん水浸しにし ていく。事態を収拾するため、結集するヤサコたちコイル探偵局メンバー!果たして、ヤサコたちは街を救うことができるのか!?

懲りないダイチはイリーガル捕獲を企むが、いっこうに見つかる気配がない。そんなある日、ダイチが電話で「ボッサボサ」という謎の言葉を残して姿を消して しまう。心配するヤサコたちの前に現れたダイチの顔には電脳ヒゲがびっしりと生えていた。しかもヒゲは、強い感染力を持っていて、男女の区別もお構いなし に、ヤサコたちにも次々と伝染、一同は大パニックに陥ってしまう !! このピンチにメガばあが作ったのは、なぜか翻訳機。ダメもとでヒゲたちの声を翻訳してみると…。