常磐ソウゴは、ごく普通の高校三年生。少し変わっているのは、夢が「王様になる！」であること。そんなある日、いきなり現れた不思議な青年が予言のようにこう告げた。「おめでとう。今日は君にとって特別な一日」そして、青年の言葉どおり、ソウゴは巨大な赤いロボットに襲われる。そのロボットはなんとタイムマシーンで、ソウゴは様々な時代に飛ばされて――。//２０００年、平成ライダーと同じ年生まれの運命の少年、ソウゴの戦いが今、始まる―――！

ソウゴに襲いかかる未来人ゲイツ。同じく未来から来たという少女ツクヨミが、また助けてくれる。ソウゴにとっては、一体何が何だか。ウォズと名乗るあやしい予言者も、ソウゴにつきまとう。怪人、アナザービルド。倒すキーワードは「仮面ライダービルド」戦兎たちに会おうと、Nasitaに向かったソウゴが見たものは・・・？

未来から来たというゲイツ、ツクヨミとの不思議な同居生活が始まった。彼らはしっかり学校にまで付いてくる。学校では「誰もクリアできないゲーム」が流行っていた。謎を追ううちに、出てきた「天才ゲーマー『M』」のうわさ。ソウゴたちが出会うのは・・・？新タイムジャッカー、オーラも登場！

天才ゲーマー『M』＝宝生永夢が仮面ライダーエグゼイドに変身した！だが倒したアナザーライダーがよみがえると、永夢はエグゼイドであった記憶がなくなってしまうのだった。協力を頼むソウゴたち。だが、永夢の態度は冷たい。彼は独自で「やるべきこと」を抱えているようだった・・・？

ゲイツとツクヨミが女子生徒連続失踪事件を追って、天の川学園高校へ向かった。ソウゴも一緒について行く。アナザーライダーが事件に関わっているのではないかとの疑いだった。学校内で、やはり現れたアナザーライダー。変身して戦うソウゴたちに、歓声を上げる生徒。なんと、この高校には「仮面ライダー部」があるという・・・！

アナザーフォーゼの身体の中から、別の姿、アナザーファイズが現れた・・・？草加雅人を止めに来た男、乾巧はソウゴ達の家にまで現れる。ソウゴ＆巧の奇妙なコンビが事件を追うが・・・。ターゲットの少女、山吹カリンの謎、そして、キーワードとなる『流れ星』とは？

マジックショーが近所の芝居小屋で大人気と聞き、出かけてみるソウゴ達。それは手品というより、まるで魔法のようだった。かつて魔法を使う仮面ライダー、ウィザードがいたことを思い出すゲイツ。問答無用で、マジシャンに向かっていくゲイツに、ソウゴは・・・。

早瀬の変身した“アナザーウィザード”の攻撃によってツクヨミが、昏睡状態に陥ってしまった。当初から早瀬を警戒していたゲイツは、ソウゴの甘さが招いた事態だとソウゴを責め、独力でツクヨミを救おうと動き出す。そんなゲイツの前に、仁藤攻介の姿が・・・。一方、ソウゴはウォズの知恵を借りて、事態を打開しようとする。

大ニュース！　大企業である檀ファウンデーションが日本からの独立宣言をしたという。王を宣言した社長の檀黎斗を見たソウゴは興味を抱く。その王様は、国を独立しただけにとどまらず、アナザーオーズに変身した。ゲイツは、オーズの年代を特定し、倒すべく向かうが、ソウゴは別行動を取り・・・。

檀黎斗王に捕らえられていた国会議員は、火野映司と名乗った。比奈と協力して、脱出を試みるが、阻むのはソウゴ！ソウゴの真意は？映司の語る未来とは？一方ゲイツは、やはりソウゴは魔王の道を歩むという確信を深め・・・。

戦うジオウ　鎧武アーマー・・・！？ウォズも高らかに祝うが、いつソウゴは鎧武ライドウォッチを手に入れたのか。時は静かに遡る・・・。人気ダンスチームのメンバーが相次いで行方不明になる事件が起こっていた。アナザーライダーによるものでは、と推理するソウゴ。そのソウゴは何だかいつもと違って・・・。

なぜ2人のソウゴが存在するのか？ツクヨミとウォズに叱られているソウゴ（×２）。もう1人のソウゴは少し先の未来からやって来たのだという。ゲイツを助けるために。ゲイツ救出に反対するウォズはスウォルツのところに出向き・・・。