海村に住む先島 光は、それまで通っていた波路中学が廃校になったため、幼馴染の向井戸まなか、比良平ちさき、伊佐木 要らと一緒に、地上にある美濱中学校に通うことに。光の提案で全員波中の制服を着ていく約束をしていたが、まなかだけは「反感買っちゃうかも」と濱中の制服を着ていた。/それを見た光に怒られ、一度着替えに戻ったまなかだったが、皆の元に戻る途中、突如、頭上からふってきた網に捕らえられてしまう。釣り上げられた彼女の目の前には、まなかを不思議そうに見つめる木原 紡がいた――。

うろこ様の呪いでまなかの膝にできた"魚面そ"。/翌日ようやく消えたが、紡に、魚面その鱗と自分を綺麗だと言ってもらえたので、少し残念に思っていた。一方、学校で紡とまなかが話している姿を見つけた光は、「地上の奴らが、海村に関わるな」と突っかかる。/だがその後、不本意ながらも紡、まなか、ちさき、要たちと"おじょしさま"と呼ばれる木彫りの人形を作ることに。/文句を言いつつ放課後まで作業していた光は、他の三人と家に帰る途中、光の姉、あかりが地上の男といるところを目撃してしまう。

海村の大人たちに腕をつかまれ連れられるあかり。それを止めようとする光たちだったが、"地上の人間と付き合うと、海村を追放される"という海村の掟を初めて聞かされる。血気盛んな光はちさきたちの制止も聞かず、要と男だけの作戦会議を始める。追い出されたまなかとちさき。すると、まなかがお腹の赤いウミウシを見つける。誰にも言えない気持ちを伝えると教えてくれるという赤いウミウシ。そのとき、ちさきはまなかにたずねる、「紡君のこと好きなの?」と……。

あかりの彼氏が、あかりや自分に時々ちょっかいを出していた潮留美海の父、至であることを知った光。その事実に動揺するも、二人を別れさせるのに協力してと頼む美海に、邪魔をするのは嫌いだと告げる。/翌日、家庭科の授業で、普段から家事をしている光は、鮮やかな手つきで料理を作っていく。楽しそうにする一同だったが、試食時には海村の班は孤立していた。まなかは勇気を出して他の班に料理を勧めるが、ぞんざいにあしらわれてしまう。それを見た光は思わず立ち上がろうとするが……。

うろこ様と灯るに、至への想い、そして自分の気持ちを打ち明けたあかりは少し笑顔を取り戻していた。そんな姉を見てホッとした光は学校へと向かう。いつもの通学路、ひとり遅れたちさきは浮かない顔でウミウシを眺め、まなかの言葉を思い出していた。「私の気持ち、なんとかしなくちゃ……」と思っていた時、漁の手伝いで遅れていた紡とばったり出会う。そして自分の心を見通されたかのように、自分の気持ちを問いかけられたちさきは、僅かに震えつつ想いを口にする。だが視線の先にはまなかが立っていた……。

プールの授業で女子のスクール水着姿に一喜一憂する男子生徒たち。まだ地上の学校に慣れていないまなかたちも、どうにかクラスメイトたちと仲良くやれるようになってきた。「今日はタイム測るぞ」という先生のひと言に生徒たちから不満の声があがる中、光は紡にライバル心を燃やす。しかし海とは違う感覚、また紡が予想以上に速かったことに動揺した光は、焦って足先を飛び込み台の壁にぶつけて爪を剥がしてしまう。光の動きが突然乱れたことに気がついたまなかは、水中を漂う一筋の血を見た瞬間、プールに飛び込んでいた。

放課後、木工室ではクラスメイトたちが集まり"おじょしさま"完成に向けてラストスパートをかけていた。「できたぁ～っ!!」という声とともに、湧き上がる生徒たち。完成した"おじょしさま"を中心に飾りや付属物が並ぶ光景に、先生も目を輝かせていた。そんな中紡から、昔のように海も地上も総出でやっていた「おふねひき」を出来ないかと提案があり、まなかやクラスメイトたちもそれに賛同。それを見た光は、海村の説得を自分からすすんで引き受け、紡に地上の村と全体をまとめるよう声をかける。

地上で至と共に生きていくことを決めたあかりと、姉と一緒に家を出ると宣言した光。2人は引きとめようとするうろこ様の術を振り切り、なんとか地上へとたどり着いた。至の家に姉と居候することになった光は、美海があかりに、本当は好きという気持ちを伝えたいと知り、まなかたちと一緒に姉へのプレゼントを街に買いに行こうと提案。そんな光に少し驚きながらも美海の表情は明るくなっていった。買い物当日、まなか、ちさき、要を加えた5人は慣れない券売機で右往左往。そこに手を差し伸べたのは街へ向かう紡だった。

薄く積もった"ぬくみ雪"を集めて雪ウミウシを作って遊ぶ美海とあかり。そんな2人を眺めながら光は、海村とひとり残った父・灯のことを考えていた。その頃、海村では男衆が公会堂に集まり、神妙な顔つきでうろこ様に目を向けていた。宮司である灯が声をかけると、うろこ様は小さく息を吐き、真剣な表情でこの先訪れる禍事についての話を始めた……。翌日、まなかのひと言から、中止になった「おふねひきを」を、自分たちの手で最後までちゃんとやるために、教師やクラスメイトは、準備のために奔走するのだった。

うろこ様から、海神様の力がかつてとは比べようもない程弱く小さいこと、海にも地上にもぬくみ雪が降り積もり、世界はどんどん灰色に冷たく凍えていくこと、エナを持つ者が凍える世界から逃れるには、眠ること以外に術はないことが告げられる。いきなりの事に半信半疑の光は、地上のことを心配するが、灯に「あいつらにはエナはない。何も言う必要はない」と突き放される。諦めきれない光は、海神様の力を取り戻すため何が何でも「おふねひき」を実行するんだと、まなかたちを引き連れうろこ様に直談判に行くのだが……。

もう、傍観者でいるのに飽きたんだ」「俺、ちさきのことが好きなんだよね。かなり前から」。突然要にそう告げられたちさきは、その言葉をうまく受け入れられずにいた。そして光やまなかも"ぬくみ雪"の脅威から逃れるための冬眠、海神様に力を取り戻してもらうための「おふねひき」などの準備に追われ、幼馴染のまま、いつまでもいつまでも続くと思っていた彼らの関係は、いつしか大きな変化の時を迎えていた……。冬眠につく日と「おふねひき」が奇しくも同日と決まり、徐々に時間が迫る中、あかりは皆にひとつの想いを打ち明ける。

おじょしさまの代わりに自分が船に乗り、「おふねひき」が終わったら海神様に嫁いでいく気持ちで、至のもとへ嫁ぎたいと告げたあかり。それは最初の「おふねひき」を目指して、もう一度動き出した瞬間だった。そんなあかりにブーケを作るため空地で花を摘むことにした美海とさゆは、そこで地上に出てきた灯と出会う。初めて見る灯に驚く少女たちだったが、光やあかりの父であることを知った美海は、光たちが海で冬眠するよう伝えてほしいと願い出る。だが逆に灯から「地上で生きたほうが幸せなのかもしれない」と告げられるのだった。