異形の追手に追われる少女・ミカ。その前に立ちはだかり、彼女を救ったのは、巨大な二挺拳銃を構えた巨漢だった。男の名はビヨンド・ザ・グレイヴ。その銃撃の前に一掃される刺客たち。一方、報告を受けた組織のボス・ハリーは「生きていたのか、ブランドン」と呟くのだった。謎の男・グレイヴの正体は…？

スラム街の一角。若きブランドンとハリーは友人たちとグループを作り、チンピラ暮らしをしていたが、ひょんなことから彼らはディード率いる一派との抗争に巻き込まれてしまう。そんなブランドンを心配そうに見守るマリア。一方、ハリーに手を焼くディードの前に、組織の一員である兄・ラッドが現れ…

仲間の一人・ジョリスをラッドに殺されたブランドンたちは、ディード一派に追われることになりスラム街に身を隠す。ブランドンの身を案ずるマリアの姿を見た養父のジェスターは、彼らに薬と食料を渡しにいくが、巻き添えを食ってラッドに撃たれてしまう。ブランドンたちを皆殺しにしようとするラッド。が、そこに組織のスイーパー、ベア・ウォーケンが現れ…

ディードへの復讐を果たしたハリーとブランドンは、スラム街で怖れられる一方で、顔役のデカルトに目をつけられる。一方、養父を亡くしたマリアの前に、ビッグダディと呼ばれる初老の男が現れ、後見人となろうと提案する。ジェスターの墓参りに出かける一行は、そこでハリーとブランドンに会うが、デカルトの手下が二人を殺そうと襲いかかる。/ダディの側近ランディに命を救われた二人は…

組織の力の強大さを思い知ったハリーとブランドンは、ランディの口利きで、シティで組織の末端として仕事を始めることになる。リーやボブたちと出会い、権力への野望に燃えるハリー。いっぽう、ブランドンは次第に組織のスイーパーとしての仕事を手がけるようになる。そんなある日、ハリーがブランドンにマリアの居所を教えに来るが…

ミレニオンの大ボス、ビッグダディの山荘へと連れていかれたブランドン。そこには、なに不自由なく生活するマリアの姿があった。3人で過ごす束の間の平和な昼下がり。そんなある日、ダディは財界のパーティに出席することに。ブランドンもマリアとともに出席することになるが、会場には対抗組織・ライトニングの刺客が、ダディの命を狙って潜入しようとしていた。いっぽう、ボブの情報でライトニングの企みを知ったハリーは…。

５年後。ハリーとブランドンはリーやボブたちとともに、ミレニオンのニューフェイスとしてめきめき頭角を現していた。さらに組織の上へと登りつめようと野望に燃えるハリー。そして対照的に、スイーパーとして黙々と仕事をこなすブランドン。彼らの真の仕事を知らないマリアは、そんなブランドンにとまどいを感じるようになる。そんなある日、敵対勢力の雇った殺し屋・九頭文治が、ハリーの命を狙って現れるが…

念願かなって組織のファミリーとして迎えられることになったハリー、そしてブランドンの二人は、ビッグダディの催すファミリーの園遊会で幹部たちに紹介される。幹部たちの中にベアの旧友、シド・ガラルデの姿があった。再会を喜ぶベアとシド。いっぽう、ベアの娘シェリーは、ひと目でハリーに心を奪われてしまう。/数日後、組織の客人を殺した犯人が判明するが、それはなんとシドの息子・エディだった。/苦悩のすえ、息子を逃がしてしまうシド。その前に現れたベアは…。

殺し屋ブラッドが荒野の刑務所から出所してきた。かつての兄弟分・カノンは/ブラッドに自分の組織・ライトニングで密かに進められている研究を見せる。それは死者を再生し、無敵の死人兵士として利用しようという計画だった。その脅威に触れたブラッドは、自分の組織を離れて、カノンと共にミレニオンに戦争を仕掛けることにする…。

ライトニングの攻撃が始まった。あちこちで襲撃を受けるミレニオンのメンバーたち。予想外の惨事に対し、ビッグダディは組織に警戒体制を敷く。ハリーは大規模な増援を送りこむが、迎撃にあたった部下たちから次々と全滅の報告が入る。いぶかるハリーを横目に、ブランドンは文治を引き連れ、敵の本拠地へ乗りこんでいく…。

ネクロライズ化され、不死身となったブラッドの部下たちを相手に、絶望的な戦いを挑むブランドンと文治。だが、撃たれても撃たれても立ちあがってきた敵の刺客たちは、なぜか突然に次々とその場にくずおれていくのだった。一方、ハリーはライトニングと通じていたリーを追い詰め、死人を兵士として再生するネクロライズ計画を知るのだった…。

時は流れ、ブランドンは自らのチーム「トゥルー・グレイヴ」を率いる組織のスイーパーとして、ベアを凌ぐほどの評判を得るまでになっていた。組織のスイーパーに徹するため、マリアへの想いを断ち切ろうとするブランドン。いっぽう、組織内での勢力を着実に伸ばしてきたハリーは、ベアの娘・シェリーと恋仲になる。そんな彼らを見ながらビッグダディは、マリアにある決心を打ち明けるが…。