帝都で一旗上げようと、タツミは田舎から上京し、軍へ仕官しようとするが、簡単には入隊できずにいた。そんな時、場末の酒場で巨乳のお姉ちゃんと出会い、士官のため、その彼女に全財産を預けることにするが、当然のごとく騙され、一文無しに。街で野宿をしようとしていると、護衛を従えたアリアが、そんな窮状を見兼ねて、家に泊まるよう誘ってくれた。アリアの家で彼女のお付をしながら、仕官を夢見るタツミは、ある夜、殺し屋集団ナイトレイドと剣を交えることになる。

ナイトレイドに連行されてしまったタツミ。殺しの素質を認められ、仲間にならないかと誘われるが、なかなか決心できずにいた。他のメンバーと接し、彼らの思いを知り、悪を退治するために、ナイトレイドの一員に加わる決意をする。そんな時、権力を悪用し、私服を肥やす帝都警備隊のオーガと油屋のガマルに天罰を下すミッションが。タツミは、オーガを抹殺すべく、色街へ向かう。

ナイトレイドのアジトに侵入者あり。殺し屋集団ナイトレイドは敵を何時も簡単に駆逐した。はじめてナイトレイドの凄さを肌で感じ、興奮が冷めないタツミ。そんなタツミの教育係になったマインは、タツミを連れまわし帝都を偵察していた。そんな時、新しい任務が。標的は、悪政を司り、帝都腐敗の元凶とも言えるオネスト大臣の遠縁にあたる、イヲカル。大臣の名を利用し、数々の悪行を働いていた。タツミとマインは彼を抹殺すべく、帝都の闇に紛れていく。

今回の標的は、帝都で噂の連続通り魔、「首斬りザンク」。彼はナイトレイドと同じように帝具使いだった。これまで以上の敵に一層気が引き締まるナイトレイド。タツミが受け持つ区画でザンクの出現を待っていると、まるでタツミを狙うかのようにザンクが現れた。帝具を持たぬタツミは圧倒的に不利。そんな時、月光を背負いアカメがザンクの前に立ち塞がった。

アジトで唯一、役割を持たない天然ボケのシェーレがタツミをトレーニングすることに。シェーレは自らが暗殺稼業に身をやつすことになった理由を明かす。まだ帝具を持たないタツミはザンクから奪取した帝具を装着するが、拒絶反応が出て断念。しかし帝具のすさまじい力と反動の大きさを知る。その頃、帝国最強の女将軍は北の異民族の制圧に向かっていた。

帝都に蔓延する薬物の密売組織撲滅に向けて動き出したナイトレイド。タツミとレオーネは夜の色町へ。二人はそこで繰り広げられる惨状に怒りをあらわにする。一方、組織の大元締めであるチブルを追っていたシェーレとマインはその道中、ただならぬ気配を感じた。そこに、二人を待ち構えていた帝都警備隊のセリューが、奇襲を仕掛けてきて…。

帝都に到着したエスデス将軍は皇帝へ、ナイトレイド殲滅を誓う。彼女の活躍に褒美を与えたいという皇帝だが、エスデスからは意外な回答が。一方、シェーレを失い落ち込んでいたタツミだったが、アカメが気丈に振舞っていたことがわかり、いっそう訓練に打ち込む。そんな中、ナイトレイドの名を騙った、善良な文官の連続殺人事件が発生する。

タツミとブラートの前に立ちふさがる三獣士。その中にはかつてブラートの上官であったリヴァの姿が。ブラートVS.リヴァ、タツミVS.ニャウの一騎打ちになる。帝具を持たないタツミはニャウのスピードに翻弄される。水使いのリヴァは海上での戦いを有利に進めつつ、ブラートに、自分がなぜエスデスに仕えることになったかを語り始めた。

三獣士との戦闘で倒れたブラードから帝具・インクルシオを受け継いだタツミは、これまで以上に強くなることを誓う。訓練に励むタツミに対し、目の敵にしていたマインの心境にも変化が……。かたや、帝国のエスデス将軍は三獣士の敗北を受け、兵力を増強すべく、帝具使いだけを集めた特殊警察イェーガーズを結成した。

都民武芸試合で優勝したタツミを連れ去ったエスデス。その理由はなんと一目ぼれだった。そしてエスデスの恋人候補としてイェーガーズの補欠としてとらわれる。山賊のアジトを急襲するイェーガーズの戦いをエスデスと共に見つめたタツミは、メンバーの圧倒的な強さに息をのむ。、同時に、脱出してアジトに戻る機会を探ろうとするが…。

タツミの足取りを追って、ナイトレイドのアジトを発見したDr.スタイリッシュ。奇襲する大量の強化兵とナイトレイドはすぐに交戦状態に。シェーレの帝具・エクスタスを装着したカクサンに怒り燃えるタツミはマインと共闘して立ち向かう。アジト内で壮絶な戦いが繰り広げられる中、空からやってきたのは…。

Dr.スタイリッシュの急襲を受けたナイトレイドは、拠点を捨て山中へと身を隠す。新メンバーを迎えて、修行にいそしみながらも、つかの間の和やかな時間を過ごしていた。新しく加わったチェルシーにからかわれっぱなしのマインは、「ひとあわふかせたい」とタツミとラバックに懇願。インクルシオを使って姿を隠し、入浴中のチェルシーに近付くタツミだったが……。