シアトルで少女の遺体が発見された。現場に向かったホールダーは切断に近い程に首を切られた無残な遺体を目撃する。相棒のカールは事件を担当することを嫌がるが、ホールダーは何か引っかかるものを感じる。かつての相棒リンデンは刑事を辞めてフェリー乗り場で働いていた。そこへ突然現れたホールダーはリンデンが担当した過去の殺人事件について尋ねる。一方街では、ストリートチルドレンたちが寝場所を探してさまよっていた。

ホールダーが忘れていった事件ファイルを見たリンデンは、以前、自身が解決した事件と類似点のあるこの事件が気になってしまう。その犯人はまもなく死刑執行を迎えようとしているが、リンデンはずっと彼が犯人だという確信を持てずにいたのだ。えん罪の可能性感じたリンデンは昔の相棒を訪ねる。ホールダーたちは今回の被害少女アシュリーの捜査を行うが収穫が得られずにいた。そんな折、被害者と似た境遇の少女が行方不明になる。

母親を父親のスワードに殺された少年エイドリアンが再び描いた絵の森に向かい、そこで大勢の遺体を発見したリンデン。殺されていたのは全員10代の少女で、この事件を見届けたいリンデンは捜査に加わるために刑事に復職する。一方、殺されたアシュリーの聞き込みに回っていたホールダーは、ゴールディーという男の家に行方不明の少女が監禁されているとの情報を得る。男の家に踏み込むと、そこには大量の児童ポルノ映像があった。

ゴールディーの部屋から押収したポルノビデオにキャリーが映っていた。失踪の直前に撮影されたもので、リンデンたちはビデオの中で彼女に語りかける声の主の特定を急ぐ。ブレットの証言から撮影現場と思われるモーテルを捜索したところ、撮影の形跡が残る隠し部屋を発見。しかしモーテルのオーナーは何も語ろうとせず、ビデオ出演者で生きている人物を特定し接触するも収穫はない。そんな中、容疑者のゴールディーが動き出す。

少女たちのポルノビデオを撮影していたのは、キャリーの母親の交際相手ジョー・ミルズと判明した。リンデンたちは、キャリーの行方と共に連続殺人の容疑者としてミルズを追う。そんな中、血まみれで逃げる少女とあとを追う男の目撃情報が入る。一方、リンデンが一連の殺人事件との関連を疑う、妻殺しのスワードの死刑執行が2週間後に決定。スワードの息子エイドリアンの里親が面会に来て、彼が父親に会いたがっていると告げる。

リンデンとホールダーは保護した少女アンジーに事情聴取する。犯人の目だけは見たと告白した彼女だがミルズを含む男たちの写真を見て、この中に犯人はいないと断言する。ホールダーはミルズが犯人ではないのかと思い始めるが捜査方針は変わらず捜索が続いていた。一方でエイドリアンの里親の話によって、彼が母親の殺害時に自室で寝ていたというこれまでの考えが覆される。新たな可能性を感じたリンデンは殺害現場で調べ直す。

殺人鬼から逃げたアンジーが灯台の家に出入りしていたことが判明しマイク牧師を尋ねたリンデンたち。壁一面に貼られた少女たちの写真を見てホールダーは牧師への疑いと嫌悪感を強くする。キャリーの母親ダネットも娘の消息を尋ねに灯台の家を訪れる。牧師はキャリーは来ていないと答えるが、施設を出たあとダネットは何者かから「彼の話はウソ」というメモを渡される。そのメモを託されたリンデンたちが情報提供者を捜しに出ると…

マイク牧師の人質になったリンデンは、彼の指示どおりに車を走らせながら目を盗んで無線をオンにし仲間に居場所が分かるような会話をしようと試みる。その頃、ホールダーはブレットから、牧師がリリックを少女たちの遺体発見現場である森に連れ去ったという情報を得る。彼女を信じるホールダーの説得で、駅や電車を捜索していた警察の半分が森の捜索に回るが何も出てこない。そんな中、ホールダーがリンデンの無線音に気づく。

スワードに"息子に会わせるから無実を証明してくれ"と頼まれたリンデン。彼の言葉を信じ唯一の目撃者であるエイドリアンから話を聞くが、スワードの死刑執行は24時間後に迫っていた。そんな中、連続殺人の容疑者でリンデンがトリーシャ殺害の真犯人とにらむミルズがダネットの家に現れる。ミルズはキャンプ用品を奪って逃走。昔、キャンプをした場所が書かれた地図があるという、ダネットの貸し倉庫にホールダーと共に向かう。

スワードの死刑執行まであと12時間。エイドリアンの目撃証言が父親を助けるためのウソだとわかったあとも無実を信じるリンデンは死刑延期を目指して奔走する。着々と死刑の手順が進行する中、リンデンはスワードに面会しミルズの戦利品である指輪を見せると彼はその中の1つを亡き妻のものだと特定。それを無罪の証拠とするため裏付けを取ろうとする。そんな中、面会に訪れていたエイドリアンが新たな事実をリンデンに告げる。

少女連続殺人でミルズが起訴されることになった。事件に関わっていた人々は、それぞれの思いを胸に新たに歩き始める。リンデンとホールダーも、心を許せる相手と安らぎの時間を持っていた。そんな中、燃やされた車の中から焼死体が発見された。焼け焦げた遺体は女性であることはわかったものの、歯がすべて抜かれており身元の判明に繋がるものはない。しかし薬指が切断されていたことからリンデンたちはある仮説にたどりつく。

エイドリアンの危険を察したリンデンたちは彼の里親の家に行く。学校から戻った形跡はあるものの本人の姿はなく警察は何者かに連れ去られたとして捜索を開始する。一連の少女殺害事件の犯人はミルズではないと結論づけたリンデンは、様々な事柄から真犯人はホールダーの元相棒レディックに違いないとスキナーに告げる。レディックの件をスキナーに任せエイドリアン捜索に戻ると、突然、ホールダーが内務調査課に連れていかれる。