時は、はるか未来。人類の文明は、その絶頂期を迎え、ワープ航法による広大な宇宙への進出も可能な時代に突入していた。だが、地球は、天然資源の枯渇、人口増大、環境汚染などのため、滅亡寸前の状態だった。その対策のため、地球から2万光年離れた人工惑星アクタラシアに幼年育英都市を設け、生まれてくる子供に社会の清浄化に役立つ純潔な成人にするための特殊な教育を施す。14才の"目覚めの日"を迎えた子供は、成人検査を受け、合格した者だけが、地球へ送られて健全な市民として生活することができた。だが、その成人検査は管理社会の異分子である"ミュウ"を生み出した。彼らは超能力を持つ新人類である。監督機関であるユニヴァーサル・コントロールは、ミュウへの過酷な弾圧を加えるが、それに抗して、迫害を逃れたミュウたちはアタラクシアの地下に潜んだ。彼らの願いは、人類にその存在を認められ、地球へと帰ることだった。そんな中、ミュウの長であるソルジャー・ブルーは、自らの寿命を悟り、新たなる後継者を求めていた。そして、いま目覚めの日を迎えようとしていたジョミー・マーキス・シンこそ、その運命を担った者だった。ミュウと人類の運命の日は、刻一刻と近づいてゆく…。果たして、ジョミーはミュウたちの運命を変えることができるのだろうか。