忍者の末裔である伊賀崎天晴(いがさき　たかはる)は、4年ぶりに実家の忍術道場に帰ってきた。そこで出会う、足軽に似た奇妙な化物たち。/天晴はアカニンジャーへと変化(へんげ)する!/そこへ現れる妹、風花(ふうか)と、父の旋風(つむじ)。/天晴のいとこ達も呼び寄せているという。一堂に会するいとこ達。イギリス帰りの八雲(やくも)、最年少の凪(なぎ)、大学生の霞(かすみ)。/旋風は語る。444年前に倒した戦国最恐最悪の武将、牙鬼幻月(きばおにげんげつ)が、妖怪となって復活するという予言があるというのだが……。/いよいよここに手裏剣戦隊誕生、………か?

牙鬼幻月(きばおにげんげつ)との戦いで死んだと思われていた爺ちゃんが生きていた!驚く天晴たちを、祖父、好天(よしたか)は、新・忍術道場へと連れて行く。/爺ちゃんが修業してくれるのか、と意気込む天晴だったが、好天は、どろろんと消えてしまう。後に残されているのは、五トン忍シュリケン。早速、修業を始める5人だったが……。

凪(キニンジャー)は参考書で忍術を勉強していた。これまでもそうやって様々な資格を取得してきたらしい。ガマガマ銃の関知で、出動するニンニンジャーたち。現れたのは妖怪カシャ!カシャリラカシャリラ　止めてみな!「傾向と対策はバッチリ!」と意気込んで向かうキニンジャーだったが・・・。やがて戦う彼らの前に、あきらかに雰囲気の違う敵が現れる。その名は、牙鬼家一番槍　蛾眉雷蔵(がびらいぞう)!

今日も修業に励むニンニンジャーたち。チームプレーの訓練だったが、天晴が暴走して、だいなし。一人だけ別修業となってしまう。「俺の何がいけないってのかなあ……?」考えても答えはすぐには出ない。祖父からの伝言、「忍タリティを高めよ!されば封印の手裏剣はお前たちの力となる!」も気になるところであるが……。

妖怪が出現!駆けつけた先にいたのは、妖怪ウンガイキョウ。ユーモラスな顔をした妖怪は、子供たちに風船を配っているだけで、特に悪いことはしていない。どうしたものか…。そこへ遅れて駆けつける霞。大学の講義中で遅れたという。忍者との両立に苦労しているのでは、と心配した八雲は……。

忍術中間試験!燃える天晴、クールにふるまう八雲、はたしてその結果は?一方、アカニンジャーとの勝負をすっぽかされた蛾眉は、再戦の場を整えるよう、妖怪テングに指示した。テングは策略として、シロニンジャーを連れて行ってしまった!助けようと急ぐ天晴の前に十六夜が現れる。祖父、好天もその場に来て……。いよいよ対峙する、十六夜 VS ラストニンジャ!

強敵、蛾眉に歯が立たなかった八雲たち。なお一層、修業に身が入る。一方、忍術が使えない無力さを実感した父、旋風(つむじ)は、さらに強くなれるよう、皆の先生を連れてきたという。その先生とは……カクレンジャーにハリケンジャー!?そんな中、生まれる最強妖怪ネコマタ。何やら、先輩方とも因縁がありそうで…?

風花と凪は春になって、高校生活が始まった。前の道場から引っ越してきたので、転入生となる。さっそく風花には友達ができ、家に遊びにきたいといわれるが、忍者であることは知られたくない。そんなことをしたら学校中の話題になってしまうに決まっている。ましてや、忍者しか頭にないお兄ちゃんに会わせたくない・・・。一方、道場に妖怪の目撃情報が入り、出動した天晴たちは、再びネコマタに遭遇する。なぜ倒したはずのネコがまた?

八雲の母、加藤春風が来日した。世界的ファッションデザイナーで、日本のショーに参加するためだった。道場では、皆でネコマタの行動を分析していた。過去でも、道場でも「終わりの手裏剣」といったものを探していたようだ。父、旋風は、昔、家で見た事がある……と、話していて、テレビのニュースに目が止まる。なんとまさにその手裏剣がファッションショーのドレスのアクセサリーとして、春風が使用していた。5人による「終わりの手裏剣奪還作戦」が始まる――!

お爺ちゃんが何者かに襲われた!騒然となる伊賀崎家道場。今にも飛び出そうとする天晴に、父、ツムジは、復讐のために忍者の力を使うべきではない、と諭す。皆で、その刺客をおびき出す作戦をとることにした。爺ちゃんの姿に変装して、公園で待ち伏せる。そこに現れたのは、ギターを背負ったテンガロンハットの男で……。

スターニンジャー、キンジは道場に住み込み、天晴たちの身の回りの世話を始めた。同時に刺客でもあるわけで、皆もペースを乱される始末。一方、蛾眉は、「赤いの」との再戦の舞台を整えるよう、十六夜に命じた。それが出来れば、牙鬼復活に専念するというのだ。誕生した妖怪は、エンラエンラ。同時にガシャドクロも登場し、アカとアオはオトモ忍を召喚する。だか、何故かシノビマルは急にUターンしてどこかに消えてしまう……。シノビマルに何が??

コクピットで倒れてしまったアカニンジャ―。まさか、タカ兄が蛾眉雷蔵に負けてしまうとは……。ショックを受ける八雲たち。「心してかかれ」祖父、好天の指令に緊張が走る。すぐには戦えない天晴の代わりに、皆は今、出来ることをやるだけだった。そんな様子をみていたスターニンジャー、キンジは……。