ヒマラヤ。ムンバイで起きたテロ現場の３Ｄイメージ（サイバーレンダリング）に入り込むサイバー軍エージェント、ガブリエル。だが銃を持ったインド兵士に囲まれ・・・。

アフガニスタンのアメリカ海兵隊基地で自爆テロ事件が発生。多数の兵士と視察中の上院議員が死亡する。だが犯人ザファルが爆弾らしきものを持っていた形跡は一切なかった。

ＣＩＡからサイバー軍へ応援要請が入る。ＣＩＡ技術分析官ケイト・アンダーソンが重要機密の入ったハードディスクを持ち出して姿を消したという。一方ガブリエルは・・・。

アメリカ人ジャーナリスト２名がスパイの嫌疑をかけられ拘束された。ガブリエルとライリーは、元大統領フィネガンに護衛官として随行し、密かに救出作戦を実行することに。

ブラッドショー上院議員の娘マッケンジーが、友人と共に誘拐され、その映像が送りつけられるという事件が起こる。犯人はメキシコの麻薬カルテルのボス、ヘクターで・・・。

テキサス州オースティン付近で謎のウイルスが蔓延し、集団感染が確認された。最初に感染した２２人が参加していたオースティンでの音楽祭が第一波と特定されたが・・・。

ピッツバーグで人工知能の科学者クリス・ドノヴァン博士が体内から大出血して死亡。全国で人工知能の科学者が同じような死に方をしており、サイバー軍は調査を始める。

ボリビアで、反政府派指導者３人が相次いで暗殺される事件が発生。ガブリエルとライリーは同じ反政府派で次期大統領候補ハビエル・レオンの護衛任務につくことになった。

今日はサイバー軍に国務総省のセキュリティー監査がやって来て軍のシステムをチェックする日。ライリーはセキュリティー監査員のコリングスワースから食事に誘われ・・・。

元マフィアの手下で現害虫駆除業者のヴィンセントが元チェチェンの化学者のジャノという男に射殺される。ヴィンセントは神経毒の原料となる化学物質をジャノに渡していた。

何者かが送電網にワームを送り、ロサンゼルスが停電になる。ネルソンは、天才ハッカーのコルテスの仕業だと確信。ロサンゼルスからワームを送っていたことが分かり・・・。

ホテルの一室で元中央軍の諜報員ハッチャーとＦＢＩの副長官ジョセフが密会をしていた。ハッチャーが証拠を取り出して、捜査依頼をした直後、何者かが部屋に侵入し・・・。