天ノ川学園に通う高校生・歌星賢吾は登校中に女子高生からラブレターを受け取るが、読まずに捨てる。そこに通りがかったリーゼント&短ランのバッドボーイ、それをすごい剣幕で叱りつける。バッドボーイの名は如月弦太朗。2年B組の転校生だった。弦太朗は、学校の生徒全員と友達になると宣言。まず、気にいらない賢吾と友達になると言うが、「俺と君が友人になる確率はゼロだ」と言い放つ賢吾。この二人の出会いが、宇宙の力で戦う仮面ライダー「フォーゼ」を生む。運命のスイッチは押された!

フォーゼになって強敵オリオン・ゾディアーツを倒した弦太朗。だが、賢吾はそれを「無様な失敗」と責める。/ゾディアーツはスイッチで人間が変身した怪物。倒すにはその人間が持つスイッチをオフするしかない。弦太朗は本体の人間(スイッチャー)を取り逃した、というのだ。/その本体を見つけ出して賢吾に自分を認めさせてやる、そしたらダチだ、と息巻く弦太朗。だが賢吾は言う。「君には無理だ」/スイッチャーは天ノ川学園の生徒の中にいるのか?弦太朗は、賢吾とダチになれるのか?

生徒の投票によって天ノ川学園高校で一番の女子生徒を決める「クイーンフェス」。今年もその季節がやってきた。現クイーンで今年も連覇確実とされているのが、3年の風城美羽だ。お高くとまった美羽の態度にカチンときた弦太朗は、"女王蜂"美羽と賭けをする。/クイーンになれなかったら弦太朗と友達になるが、そうでなければ弦太朗に転校しろと命令する美羽。/弦太朗は対立候補を擁立しようと、美少女をスカウトしようとするが、学園には奇妙な噂が……/有力候補の女生徒たちが襲われているというのだ。「見えない怪物」に!

美羽がファンからのプレゼントを捨てる映像が流され、騒然とするクイーンフェス会場。生徒たちのブーイングが響く。現クイーンの突然の急落に、弦太朗もさすがに心配するが、美羽は同情されるのが一番嫌いだ。「そんな目で見ないでよ」/一方、その思惑と本音を剥きだしにしていくカメレオン・ゾディアーツの正体。カメレオンの狙いが美羽だと確信した賢吾は手を打つ。そして、クイーンフェス最終選考・スピーチの日が近づく。ボーリング場でやけくそに投球しまくる美羽の前に、弦太朗が現れた。"学園の生徒全員と友達になる男"がとる行動は!?

月面基地ラビットハッチでは賢吾が、早くも部長気どりの美羽に軽くウンザリしつつ、アストロスイッチを調整していた。10番、エレキスイッチ。賢吾は、その普通じゃないポテンシャルに期待する。/学園では、弦太朗がチャラーい1年生・JK(ジェイク)に自分主催のパーティーに来ないかと、誘われる。だが、学校の全員と友達になる男をもってしても、JKは「お前と友達になるのは一番最後でいいや」という存在。うさんくささ全開なのだ。それでもなんとかして、弦太朗をパーティーに参加させようと焦るJK。何か裏があるのか。/その頃、フェンシング部の練習場では一人の男子生徒がスコーピオンにスイッチを渡されていた。「あのお調子者、絶対に許さない……」スイッチを押してゾディアーツになる少年。彼の復讐のターゲットは!?

期待の10番・エレキスイッチを一向に使わないフォーゼを不審に思う賢吾。だが弦太朗は、賢吾の父の形見でもあるアストロスイッチをなくしてしまったとは言えず、JKに一緒に探してもらうことにする。弦太朗からエレキスイッチを盗んだのが、そのJK自身だということも知らずに……/一方、JKを狙う新田ことユニコーン・ゾディアーツは、一角獣形態からフェンシング風の剣士形態に進化した。それを観察するスコーピオン。そして赤い目の男……/そして復讐に燃える新田は、またしてもJKと弦太朗の前に姿を現した。「JK、お前が俺を利用したことは絶対に許さない!」

弦太朗、賢吾、ユウキが出ることになった日曜特別補習。それは別名・地獄補習と呼ばれ、超問題児しか呼ばれないというものだった。他の参加者は、謎のゴス娘・野座間友子。まあそれは何となくわかるとして、あともう一人がまさかのアメフト部キャプテン・大文字隼!なぜ優等生の隼が問題児補習に?/「そうかそうか、お前もこっち側の人間か」隼とダチになろうとする弦太朗。だが、「不良」が大嫌いだという教師・佐竹による地獄補習は甘いものではなく…/その上、ゾディアーツが学校の外で現れた!!

隼によるライダー部活動の妨害。困惑する弦太朗たち。/弦太朗「なんであんなに俺たちを目の敵にしてやがんだ!」/その隼は父親に電話する。/隼「いつも父さんの望む自分になれるよう考えています」/補習を抜け出した弦太朗や隼には、グラウンド整備のペナルティ。/佐竹先生「大文字、もうおまえも灰色だ。白くない以上黒と同じだ」/そしてゾディアーツは、ハウンド「おい、俺をもっと強くしろ!」/スコーピオン「人間を捨てる覚悟があるか?」/ラビットハッチでは、JKと美羽が、/美羽「パワーダイザーがちゃんと使えれば……」//これが、次回の『仮面ライダーフォーゼ』!

朝から青春全開な弦太朗とユウキ。そのキラキラぶりを冷笑する変な少女・野座間友子。友子には、奇妙な仲間たちがいた。律子、ゆり、雅美。友子同様、「ゴス」な少女たちだ。/ゴス。/賢吾曰く、それは、他人を拒絶するオカルト趣味のはぐれ者…地獄とか悪魔が大好きな黒い女たち…/友子に「同じ変わり者の匂いがする」と言われたユウキは、魔女の密会に誘われる。それについていった弦太朗。なんと、魔法の力を目の当たりにする!「本物の魔女だったのか?」

強敵アルター・ゾディアーツの高熱火炎攻撃に苦戦するフォーゼ。アルターの炎はファイヤーステイツの耐熱能力すら上回るのか!?魔女の噂に恐怖する学園の生徒たち。やがて支配者のように校内を闊歩する律子とその仲間。律子の計画する「最高の儀式」とは?/一方スイッチを手にした友子は、ゾディアーツになれば魔女の力と同じ能力を得ることが出来る、と妄信する。「さよならするの、この星に」……その意味は一体?/弦太朗は、友子のゾディアーツ化を止められるのか!?

友子も加入して、楽しく和気あいあいとしたライダー部。今日もラビットハッチで騒がしくし過ぎて、スイッチ調整中の賢吾に怒られる。だが、賢吾も弦太朗に「俺は仮面ライダー部じゃない」「友達でもない」などと言っているが、今の状況は満更でもないようだ。/一方、ユウキは悩んでいた。ユウキに気がある天文部の牧瀬弘樹が、ストーカーまがいのアプローチをしてくるのだ。大量の手紙やプレゼントを返して「こういうのやめて」と言うユウキだが、粘っこい目つきの牧瀬は不気味。そんな中、事件は起こる。ラビットハッチに繋がるロッカーが無くなったのだ!!ハッチには賢吾がひとり残されていた。「なんとか探しだしてくれ」ライダー部、必死のロッカー捜索が始まるが…

ようやく探しあてたロッカーは、壊れて燃えてしまった。それは賢吾が月から帰れなくなったことを意味する。打つ手はもう無い。/弦太朗はピクシス・ゾディアーツこと牧瀬の不気味な発言が気になっていた。「まだまだ僕の輝く星座はたくさんいるんだ」ピクシスは何か恐ろしいことを企んでいる。それを止められるのは仮面ライダー部しかいない!/自分の救助より事件解決を優先するかのような弦太朗に対し、賢吾は見捨てられたと癇癪を起こす。通信で当たり散らす賢吾。ユウキはつらい。賢吾を救う為にユウキがとった最後の手段。それは……