宇宙世紀0079。ジオン公国の独立戦争で劣勢に陥った連邦軍は新鋭モビルスーツの開発と運用テストを"サイド7"で行っていた。それを察知したジオン公国軍のシャア・アズナブル少佐は偵察を差し向ける。その中の一人が軍功を焦り砲撃を開始。戦火に巻きこまれたアムロ・レイは、モビルスーツ"ガンダム"に乗りこむ!

避難民たちを受け入れた軍艦ホワイトベースでは、大半の正規軍人たちが死傷し、生き残った少年少女たちが協力してコロニー脱出の準備を進めていた。一方のシャア少佐は、連邦側モビルスーツの機密を求めて自らサイド7内部へ潜入していた。その姿を見とがめられた少女セイラ・マスに妹の面影を見たシャアは驚愕するが…。

新型モビルスーツの機密入手をあきらめないシャア少佐は、パプア補給艦から増援物資を受け取ろうとしていた。だが、ホワイトベースの士官候補生ブライト・ノアは、その瞬間こそが反撃のチャンスだと判断し、ガンダムとコア・ファイターを出撃。素人とは思えぬ的確な操縦で、アムロは奇襲攻撃を成功へと導いていく。

ルナツー内へ到着したホワイトベース。だが、ブライトやアムロたちを待っていたのは、ワッケイン司令による厳罰措置であった。連邦軍の最重要機密に触れた少年たちは牢獄へと幽閉され、ガンダムや他の新兵器も封印されてしまう。一方、シャア少佐は部下とノーマルスーツでルナツーへ潜入する作戦を決行しようとしていた。

ホワイトベースは南米の連邦軍本部ジャブローを目指すべく、地球への大気圏突入を敢行しようとしていた。そんなホワイトベースに、シャア少佐が攻撃を仕掛けてきた。戦闘は長引き、敵味方ともに帰還不能なポイントへと追いこんでいく…。ついに溶解して空中分解を遂げるザク。ガンダムも同じ運命をたどるのか?

大気圏を突破したホワイトベースにザビ家の末子ガルマ・ザビが指揮するガウ攻撃空母と戦闘機ドップの編隊が襲いかかってきた。さらに地上からは戦車マゼラアタックが砲撃を仕掛けてくる。アムロをガンタンクからガンダムに乗り換えさせたブライトは、この巧妙な敵包囲網からの突破を図ろうと考えるが…。

ホワイトベースは、コア・ファイターを弾道軌道に乗せて射出し、敵陣を飛び越すことで連邦軍本部との直接連絡をつけようとしていた。そんな中、避難民が暴動を起こすが、自分のやるべきことをするためにアムロは格納庫へ向かう。猛スピードで射出されたコア・ファイターを察知したシャアは、コムサイで迎撃に出るが…。

避難民の一部が、地上に降りたいと願い出た。それを理由に、ブライトはジオン公国軍へ休戦を申し出る。避難民を乗せたガンペリーは、密かにアムロのガンダムを地上へと降ろす。続いてカイのガンキャノンが地上へ降下し、敵を引きつける。湖の背後からガンダムが挟撃するという、ブライトの巧妙な作戦がスタートした。

ささいなすれ違いが積み重なり、ついに戦闘を拒絶してしまうアムロ。ブライトは任務を拒否するアムロに活を入れようとするが、アムロを逆上させる結果を招き、激しい口論となってしまう。だが、ブライトの捨てゼリフのシャアという名前に反応したアムロは出撃を決意し、ガンダムを使って驚くべき戦法を見せるのだった!

ニューヤーク市の前市長エッシェンバッハの娘イセリナとの恋をはぐくむガルマの姿を、シャアは冷ややかな目で見つめる。そんな中、市内にホワイトベースが潜伏したと報告を受け、ガウ攻撃空母で出撃するガルマ。友のためにとザクによる地上攻撃を申し出るシャアだったが、その裏には彼の恐るべき陰謀が隠されていた!

ガルマの復讐を誓うイセリナは、ホワイトベース追撃に同道した。ガンダムとガンキャノンがガウの翼に飛び乗って攻撃を開始するが、シャアのルッグン偵察機による爆撃でホワイトベースは推力を失ってしまう。その最中、ガンダムの姿を見たイセリナは、ガルマの死への怨みをこめてガウをガンダムにぶつけようとするが…。

ジオン公国でガルマの国葬が大々的に行われようとするのと同時に、猛将ランバ・ラルがホワイトベース討伐の任を帯びて戦艦ザンジバルで降下してきた。ザンジバルの追撃を振り切ることができなかったブライトは、ひどい虚脱状態のアムロをガンダムで出撃させる。そんな状態のアムロの前に凶悪な影が立ちはだかる。