「火の国」にある「木ノ葉隠れの里」は、忍者たちが住む隠れ里と呼ばれる場所。忍者学校(アカデミー)の落ちこぼれ・うずまきナルトは、今日もイタズラばかり。そして、またしても卒業試験に落第してしまう。そんなある日、初代火影が残した「封印の書」が盗まれるという事件が発生した。その犯人はナルトだったが……。

なんとか忍者学校を卒業することのできたナルトは忍者登録書を提出しに行ったとき、三代目火影の孫・木ノ葉丸と出会う。木ノ葉丸のことを「火影の孫」として特別扱いしなかったナルトを木ノ葉丸はすぐに「親分」と呼びはじめ、勝手に後をついてまわるようになる。木ノ葉丸は、今すぐにでも火影になってみんなに認められたいと考えていたが……。

まだ見習いだが、「下忍(げにん)」として晴れて忍者となったナルトは、「三人一組(スリーマンセル)」の班を組むことに。ナルトと同じ班になったのは、春野サクラとうちはサスケ。ナルトはサクラにゾッコンだったが、肝心のサクラはサスケに夢中だ。しかもサスケはナルトとちがい、見た目だけでなく実力もピカイチのエリート。おもしろくないナルトは、サスケにひとあわふかせようと、ある陰謀を企む。

ナルトたちを指導する担当上忍(じょうにん)・はたけカカシがやって来た。どこかのん気なカカシは、最初の日から大遅刻をし、しかもナルトが仕掛けたイタズラに簡単にひっかかってしまうほどのトロくささ。ところがそのカカシが、いきなり厳しい試練をナルトたちに言いわたした。それは、三人のうち一人しか合格できないといわれている「サバイバル演習」だった。

カカシによって与えられた試練に苦戦するナルトたち。上忍であるカカシの真の実力の前に、天と地ほどの差を感じ、なす術がない三人。このままでは全員アカデミーに逆もどりになってしまう。焦り始めるナルトたちだったが、実はカカシはこの試練の中で、ある重要なことを三人に教えようとしていた……。

本格的に忍者の任務を受け持つことになったナルトたち。しかしその任務はといえば、迷子のネコを探すなど退屈な仕事ばかりだった。次第に不満がたまるナルトは、ついに三代目火影に猛抗議。ヘソを曲げたナルトに少々困惑気味の火影だが、ナルトのやる気を感じとり、より難易度の高い任務を与えることにする。 それは、「タズナ」という人物を祖国の「波の国」まで護衛する任務で……。

波の国にたどり着いたナルトたちは、この国が「ガトー」という悪徳商人に支配されていることを知る。そんな中で現れた刺客「桃地再不斬(ももちざぶざ)」。思わぬ強敵出現に興奮するナルトだが、そんなナルトにカカシは、「とうていお前のかなう相手ではない」と告げる。いつもと様子のちがうカカシに、ナルトたちはただならぬものを感じ……。

再不斬の「水牢(すいろう)の術」に閉じこめられてしまったカカシ。もはやタズナを守るのはナルトたち三人のみになってしまった。しかもナルトとサスケの攻撃もまったく通用しない。圧倒的な力の差にがく然とするナルトだが、「二度と逃げない」という左手の誓いを思い出し踏みとどまる。そんなナルトの脳裏に起死回生の作戦が閃く!

ナルトの機転により、水牢が破られ自由になったカカシがふたたび再不斬に立ち向かう。「写輪眼(しゃりんがん)」によって再不斬の術「水遁大瀑布(すいとんだいばくふ)」を一瞬にしてコピーし、再不斬に叩きつけた。ひん死の重傷を負った再不斬にカカシがトドメを刺そうとしたその時、どこからともなく飛んできた千本(せんぼん)が再不斬をつらぬいた……。

ようやくタズナの家に着いたナルトたち。再不斬を倒した安心感からナルトたちには余裕ができていたが、カカシにはひとつの疑問があった。本来の追い忍ならば抹殺した相手をその場であとかたもなく消去するはずなのに、なぜあの仮面の少年は再不斬の遺体を持ち帰ったのか? そして、みちびき出された答えは……。

タズナと街に出かけたサクラは、海運を牛耳るガトーにこの国が支配されていることを知る。だからこそタズナは海をこえる橋を建設することに命を懸けているのだ。一方ナルトとサスケは、チャクラを使った木登りの修業に励んでいた。ボロボロになって帰ってきたふたりに、タズナの孫・イナリの態度は冷ややかで……。

チャクラコントロールの修業を続けるナルトは、謎の少年と出会う。「大切なものを守るためにはどこまでも強くなれる」と語る少年。それは、ナルトが抱いていたものと同じ気持ちだった。どこかで共感しあうふたり。だがそれ以上のことは語らず、少年はどこかへ消えていった。少年は何者なのか? ナルトに近づいた理由は?