黒崎一護（くろさき　いちご）・15歳。ユーレイの見える高校生。特異な能力ゆえに心霊現象のトラブルに巻きこまれる毎日を送る一護は、最近自分の霊力がさらに強くなっていることを感じていた。ある日、街中で幽霊の女の子を襲って化け物が暴れているところに遭遇する一護。化け物の姿は一護以外見えていない。女の子をかばって逃がそうとする一護。襲いかかってくる化け物。その時、黒装束の少女が現れ、刀をかまえて化け物に立ち向かっていった。

死神化した一護がホロウを撃退した翌朝、一護の家族は昨夜の事件をまったく覚えていなかった。不思議に思いながら登校する一護は、学校で転校生としてやってきた昨夜の死神・朽木（くちき）ルキアと再会する。死神の能力の大半を一護に奪われたルキアは、自らの能力が戻るまで死神代行として戦うことを一護に迫る。しかし、ルキアの命令を拒否する一護。その頃、一護のクラスメイト・井上織姫（いのうえ　おりひめ）のもとに不穏な影が忍び寄ろうとしていた。

ホロウとは尸魂界（ソウル・ソサエティ）へと導かれなかった人間の魂が墜ちたもの。ホロウに墜ちた魂は、亡くした心を埋めるために生前もっとも愛した肉親の魂を求める。織姫の兄が墜ちたホロウが狙うのは、当然妹・織姫の魂だった。急いで織姫の家を目指す一護。しかし、すでにホロウは織姫の家に現れていた。無理やり肉体から魂を抜かれてしまう織姫。一緒にいたクラスメイトのたつきも組み伏せられる。果たして一護は間に合うのか？

一護のクラスメイトのチャド（佐渡泰虎／さど　やすとら）が『呪いのインコ』を学校に持ってきた。インコに霊的な気配を感じ、魂葬（こんそう）を行うことを決める一護。文句を言いながらも自ら死神の仕事をこなしはじめる一護に感心するルキア。その日の夕方、ケガをしたチャドが黒崎医院に運び込まれる。チャドの体についた傷から強烈なホロウの気配を感じる一護とルキア。チャドがホロウに狙われている？そして翌朝、チャドの姿が病室から消えた。

『呪いのインコ』に取り憑いていたホロウ・シュリーカーと戦うルキアとチャド。力が戻っていないルキアとホロウを見ることが出来ないチャドは連携しながらなんとかホロウと互角に戦う。しかしこれまでに何人もの死神を撃退してきたシュリーカーは何重にも罠をはっていた。そのころ一護は、インコの少年の魂の凄惨な記憶にショックを受けて倒れた一護の妹・夏梨（かりん）を家に送っていてルキア達の危機に気付いていなかった。

死神としての活動に必要な物資を仕入れるため、浦原商店を訪れるルキア。店長の浦原喜助（うらはら　きすけ）は飄々としてつかみどころのない人物であるが、この店には浦原が尸魂界から買いつけた不思議な品物が売られていた。ちょうどルキアが前から注文していた義魂丸（ぎこんがん）というアイテムも入荷したところだという。それは死神と化した一護が抜けた後の一護の体に仮の魂を入れて動かす為のアイテムだった。さっそく使ってみる一護だったが…。

改造魂魄（モッドソウル）に体をのっとられた一護は、ルキアと共にその行方を追う。近所の小学校に現れた改造魂魄を見つけた一護だったが、その能力で強化された足技に苦戦をしいられて取り逃がしてしまう。さらに戦闘の最中にルキアの伝令神機（でんれいしんき）にソウルソサエティからホロウ出現の連絡が入るが、電池切れで正確な位置が分からない。一方逃げだした改造魂魄は、ホロウが小学生を襲おうとしている気配に気がついていた。

6月17日は一護の母・真咲（まさき）の命日。その日は何を差し置いても墓参りに行く黒崎家。一護は死神代行も休むつもりでいたが、霊園には先回りしたルキアが待っていた。「おふくろは死んだのではなく殺された」と聞かされたルキアは、霊力の強い一護を狙ったホロウが真咲を殺したのではないかと話す。それは一護の触れられたくない傷だった。強がって走り去る一護。そこへ、現世の滞在日数を過ぎても戻らないルキアを連れ戻す為に西堂（さいどう）という死神が姿を現す。

一護達の前に姿を現したグランドフィッシャー。疑似餌を使って霊力の強い魂を持つ人間を襲い続ける最悪のホロウ。一護はその疑似餌を見て愕然とする。それは６年前、母の死の際に一護の前に現れた少女の姿をしていたのだ。「どういうことだよ…。テメエ、まさか！」怒りにまかせてグランドフィッシャーに斬りかかる一護。しかし、冷静さを欠いた攻撃は簡単にかわされて逆にピンチに陥る。さらに一護を助けようとしたルキアも吹っ飛ばされてしまう。

カリスマ霊媒師・ドン観音寺（かんおんじ）が悪霊を退治する人気テレビ番組「ぶらり霊場突撃の旅！」のロケが空座町（からくらちょう）にやってくる。しかし心霊番組が大嫌いな一護は、織姫や啓吾がどんなに騒いでも興味を示さない。ところが一心（いっしん）と遊子（ゆず）に付き合わされてロケ見物に出かけることになってしまう。周囲のバカ騒ぎにうんざりする一護は、ロケ現場でホロウに墜ちかけている地縛霊を見つける。さらに観音寺がその地縛霊に余計な刺激を与えてしまい…。

一護の仲間たちともすっかりとけこんでいるルキア。なんのかんのありながらも毎日死神の仕事を遂行する一護。今日も指令にしたがってホロウ退治に出かける２人だったが、指示のあった場所にはホロウの姿はなかった。その場にいた霊の話から確かにホロウが現れたということは確認できたのだが…。仕方なく残っていた霊の魂葬をする一護たち。その２人を物陰からじっと見つめる影があった。

死神を憎む最後の滅却師（クインシー）・石田雨竜（いしだ　うりゅう）が、一護に勝負を持ちかけてくる。それは、『撒き餌を使ってホロウを街におびき寄せ、どちらがより多くのホロウを倒せるか』という最悪の方法だった。拒否する一護の意向を無視して勝負を開始する石田。空座町に次々とホロウが集まってくる。ホロウは霊力の高い人間から襲う習性がある。家族の身を案じて走り出す一護。しかし、ホロウに狙われているのは夏梨たちだけではなかった。