ジャーナリストを目指す城戸真司は、ある行方不明事件の取材中に黒いカードケースを手に入れた。調査を進めるうちに突然襲い掛かる異形のモンスター。その時、カードデッキが光りだし、真司は鏡の世界に取り込まれてしまう・・・。

ミラーワールドからかろうじて脱出した真司はそれ以来、“龍”の影につけ狙われていた。彼を助けた神崎優衣は、真司に“封印”のカードを渡した。これでモンスターを封印すれば、これまでどおりの暮らしをつづけることができると・・・。

「お前が龍騎か」。“仮面ライダー龍騎”となった真司のもとに現われた奇妙な男は、行方不明になった優衣の兄・神崎士郎だった。カードデッキ、そして“仮面ライダー”をつくり出した男。士郎は「ライダーを倒すんだ」と、謎めいた言葉を残す…。

少女を襲うダークウィング。蓮はモンスターを強化しようとするあまり、ダークウイングに人間を襲わせているのか? 真司は蓮の行動を疑うが、優衣は真司の言葉に耳を貸そうとしなかった。そして真司はひとり、蓮との対決に挑んでいく…。

「アンティーク」というキーワードを手がかりに行方不明事件を追う令子。そして、龍騎の前に姿を現わしいた第3のライダー、仮面ライダーシザース。蓮は失踪中のアンティークショップ店長・加賀をシザースの正体とにらむが、戦いしか考えない蓮に真司は、シザースとの対話を求める…。

アンティークショップの壁に埋められていた店長・加賀の死体。蓮が追ってきた手がかりは断ち切れた。そして、優衣に忍びよるシザースの影。仮面ライダー同士は共存しえない。互いに戦わなければならない。それが自らが仮面ライダーの恐るべき宿命だった・・・。

花鶏のオーナーでもある優衣の叔母・沙奈子が長い旅行から帰ってきた。とにかく蓮が気に入らない沙奈子は蓮と衝突する。一方、取材の過程で真司が出会った一人の男、弁護士・北岡秀一。やがて北岡ともども、真司は怪しい男たちに追われるハメに…。

真司が気に入った沙奈子は同居を勧めるが、蓮は真司が優衣に接近するのが我慢ならない。一方、金色のザリガニに続いて毛の生えたカエルが発見される。事件の背後に工場の排水問題を察知した令子。だが、彼女の前に立ちはだかったのは北岡秀一だった。

OREジャーナルを支える天才システム担当、島田奈々子が誘拐された! 身代金を運ぶように指示された真司は、山奥のあばら家を訪ねる。犯人らしき男に襲われ、必死に抵抗するところへ窓ガラスからモンスターが現われ……。

ナイトVSゾルダの激戦の果て、傷ついた蓮に嘲弄を浴びせる北岡。さらに北岡は弁護士としての立場を利用して、真司を罠に陥れようとする。それを読んだ蓮たちは北岡を解任しようとするが…。一方、吾郎は彼だけに心を開く少女・ゆかりから恐るべき真相を聞く。

圧倒的な破壊力を見せつけたゾルダのファイナルベント。その余波を受けたナイト=蓮は、その衝撃で記憶が混乱、脳裏をよぎる女性の影に突き動かされ自分の過去を探し求める。一方、「ライダーたちの戦い」を止めることを決意した優衣は兄のいた大学に向かうが…。

どれほど悔やんでも、時は巻き戻せない。一度起こってしまったことは、二度と取り返しがつかない。 /夏。約束。清明院大学。実験。401号室。 /この世に「青い鳥」はいない。いるわけがない。分かっているはずなのに。 耳に、もう一度その羽ばたきが聞こえてくる。