5年生になって自分だけが違うクラス、おまけにハナちゃんにも会えないことで寂しくなってしまうどれみ。でも女王様から突然呼び出しがかかり、再び魔女見習いにしてもらえたので大喜び。魔女になるには、6人の魔女を納得させるお菓子を作らなくてはならないと告げられる。お菓子作りの経験がないため困ってしまうどれみたちだが、そこで女王様が呼び寄せたのは、アメリカでパティシェをしていた魔女見習い・飛鳥ももこだった…!

どれみのクラスに転校してきたももこ。玉木は彼女が男子に人気があるのが気にいらず、耳のピアスは校則違反だと言い出した。関先生に注意されても抵抗し、ついにももこは泣き出してしまう。心配するどれみだが話す英語がさっぱりわからないので、みんなでももこの家に行き、事情を聞くことにする。ももこがアメリカに渡ったばかりの頃、友達がいない彼女に優しくしてくれたマジョモンロー。そしてピアスはその形見だというのだ。

どれみがピアスの説明をしてくれたおかげで、お許しが出たももこ。そしてMAHO堂でお菓子作りに励むどれみたち。でも、ももこは初心者のはづきとおんぷをきつく注意したため、2人を不機嫌にさせてしまった。悩んだももこは夜、あいこに相談し「ちゃんと謝ればすぐに許してくれる」と慰めてもらった後、魔法を使ってはづき達の様子を見に行く。元気な姿を見て安心したももこは、今度は玉木の家に立ち寄り彼女が独り悩む姿を見る…。

2日後にスイートハウスのオープンを控え、大忙しのどれみたち。妖精たちも全員お菓子作りを手伝い、失敗を重ねながらも特製クッキーを用意する。そして迎えた開店当日、おんぷ目当てのお客が押し寄せお店は大繁盛!でも、自分の作ったクッキーだけが売れ残ってしまい、どれみは大ショック…。そしてクラスのみんなと関先生も来てくれたが、関先生はお菓子を食べてくれない。最近太った事を気にして、ダイエットしてるみたいだが…。

自分だけが別のクラスになったために、他のメンバーを加えた新SOSトリオを結成されて落ち込む杉山。そんな彼の前になんと優等生の小倉くんがコンビを組みたいと言ってきた!さっそく練習するが、お互い遠慮してしまいなかなか息が合わない。見かねたどれみはおジャ魔女たちの前でお笑いを披露させるが、ももこ以外は白けるばかり。あせりを感じた杉山は、小倉くんに「お前はお笑いに向かない」と心ないことを言ってしまう…。

お客さんの赤ちゃんを見てハナちゃんを思い出してしまったどれみ。魔女界の規則で育ての親が勝手に会うことはできず寂しさは募るばかり。そんな時、パティシエ試験が行われるという通知が!試験官でありハナちゃんの魔女幼稚園の園長:マジョミラーが満足するお菓子を作れなければ試験は落第、しかも課題は『200年前に食べたスコーン』だという。難問の前に緊張するどれみたちは、パティシエ試験をクリアすることができるのか?

ハナちゃんの姿が消えた?!デラから話を聞いたどれみたちは魔女界へ大急ぎ。必死にハナちゃんを探すが見つからない…。なんとおんぷの映画を見たいオヤジーデが、人間界へ一緒に連れ出していたのだ!一人でMAHO堂に残っていたももこは、オヤジーデからハナちゃんを預かり仲良く遊んでいたが、目を離したスキにハナちゃんが転んでしまった。全然泣き止まないハナちゃんは、どれみを呼ぶためにとんでもない魔法を使ってしまう!

別々のクラスになったものの、またもあの信子が新作「無国籍戦士あいこ」を発表!驚いたことに今回は漫画で、なんと主人公はあいこ、そして最近信子と仲良くなったみほが信子のシナリオを元に漫画に仕上げたのだ。魔法で漫画の中へ入ったどれみたちは、悪の秘密結社にさらわれたり、巨大ロボに乗ったり巨大ロボになったりとハチャメチャなストーリーでも大活躍!だがその途中で、みほのあいこに対する悲しい本心を知ってしまい…。

はづきの家に遊びに行ったももこは、部屋の鳩笛が欲しくなり「譲って欲しい」と頼む。でもその鳩笛は、はづきの大切な宝物。苦しまぎれに「貸してあげる」と言ったが、ももこには通じず、鳩笛をもらったお礼を言われる所を矢田に見られてしまった。その鳩笛は幼い頃、まさるからもらった大事な思い出の品だったのだ。はづきと矢田との溝は深くなる一方。責任を感じたももこは仲直りさせようとするが、逆に矢田を怒らせてしまい…

明日は身体測定、いつも元気ななおみが浮かない顔をしている。背が高くて身体の発育のいい彼女は、みんなからの羨望の的。だが実は、彼女はそれで悩んでいたのだ。小竹たちに胸のことでからかわれたなおみをフォローしようとするどれみ。しかし、それが逆効果になりなおみは泣いて教室を飛び出してしまった。みんなで慰めるもコンプレックスが治るはずもなく、次の日彼女は胸の大きさを隠すため、ものすごい厚着をしてきてしまい…

はづき達のいる2組は、優しい西沢先生の担任。でもどこか頼りないため、クラスをうまくまとめられず2組は学級崩壊寸前、ついに西沢先生はみんなの前で泣きだしてしまった。関先生は激しく落ち込んだ西沢先生を慰めようと、MAHO堂に連れてくる。大好きな苺を使ったケーキ、そしてみんなの励ましにより、先生に明るさが戻り、2組も落ち着きを取り戻すが、熱血教師のビデオを見た西沢先生は、今度は元気になりすぎてしまい…。

サッカー部の新コーチになった元キャプテンの五十嵐先輩。先輩の指導に期待していた小竹だけど、内容は地味な基礎トレばかり、しかも自分がレギュラーから外され、補欠のコージがレギュラーに抜擢されてしまう。納得いかない小竹は先輩と対立し、勝負するが全く歯が立たずコージとも気まずくなる。差し入れを作ったどれみにも冷たく接して怒らせてばかり。そんな時、コージから「自分のサッカーに対する想いが強くなった」と聞き…。