重度の中二病中学生・市川京太郎には殺したい女がいる。クラスメイトの美少女・山田杏奈だ。市川は山田の美しい死体姿を妄想し、自己嫌悪を繰り返す毎日を送っていた。ある日、市川にとっての聖域・図書室に行くと、なぜか大口でおにぎりを頬張る山田の姿が。思いもよらない出来事に動揺を隠せない市川。さらに山田は授業の資料を作り出すも、切るものが見当たらない様子。またしても予想外の行動に出る山田に市川は……。

数少ない居場所である図書室に、市川はまたしても山田の侵入を許してしまう。しかも今日の山田は“練って美味しい”アノお菓子を持ち込んでいた。ウキウキ顔で袋を開ける姿に、市川の心のツッコミが止まらない！また蒸し暑いある日の図書室では、暑がりの山田が市川の扇子で顔を仰いでいた。扇子からいい匂いがするからと、市川にも嗅がせようと手招く。市川がおずおずと扇子に顔を近づけると、そこには衝撃的な光景が。

モデルをしている山田は、同級生男子の注目の的。思春期まっさかりの足立翔は、友達の神崎健太・太田力と共に「女子にエッチなことを聞く」ゲス・オブ・ゲスゲームをおっぱじめていた。山田やその親友・小林ちひろ達女子に、声をかけようとする足立。山田にそんなことを聞くなと、市川も冷や汗をかきっぱなし。さらに足立は市川に、山田へメモを渡してほしいという。メモの中身は下世話な内容に違いない。どうする市川――!?

山田への気持ちに気づいた市川。今まで以上に彼女の姿を目で追っていると、同じように山田のことを気にしているクラスメイト・金生谷倫が目に留まる。彼女は山田の鼻にバスケットボールをぶつけた張本人。気まずくて、まだ謝ることができずにいたようだ。山田の友達・吉田芹那と共に、山田と金生谷の様子を見守るが……。そして放課後、市川が新品の自転車で帰宅していると再び山田と遭遇。しかも、「乗せてって？」と頼まれて――!?

職業見学に向けてクラスではグループづくりの真っ最中。市川は足立に誘われるも、人数の問題を建前に山田ら女子と合流しようということに。運よく山田と同じグループになれるかと喜ぶ市川だったが、関根主導で女子による男子の容赦ないドラフト会議が始まる……。さらに放課後、市川は図書室で山田と原さんが楽しそうに話しているところに遭遇。萌えマンガ的な空気が醸し出されるも、話題は恋バナ。会話が気になって仕方ない！

職業見学の帰り道、市川と山田は電車に乗り遅れてグループからはぐれてしまう。みんなに声をかけなかった自分のせいだと思わず泣いてしまう山田。そんな山田に市川がとった行動は……。そんなドキドキの職業見学から数日後、市川は掲示板の前で深刻な顔をした山田を見つける。視線の先には「図書室で飲食禁止」の張り紙が。お菓子を食べられないなら山田が図書室に来る理由もない。つまり……2人の時間も終わりってこと!?

イベント行事も案外悪くないと感じ始めていた市川。今日は体育の持久走。並んで走る市川と山田だったが、山田は体操着を前後逆に着ていることに気づき、その場で腕を抜いて服の前後を入れ替え始める！思わず目が離せずにいる市川。一方で山田も、市川のゆれる前髪から覗く右目を初めて見たと笑いかけきて……。その後、教室に戻るも山田は間違って市川のジャージを着ていた！市川はこの事実を一刻も早く伝えようとするが――!?

地獄の三者面談の日がやってきた。母親と一緒にいるのが照れくさい市川は陰から様子を伺うが、そこで山田と母親が話しているところを目撃する！気が気でない市川をよそに、2人の会話は弾んで……。また雨の日の放課後、山田の忘れ物を届けに行った市川が雨に濡れたせいで熱を出してしまう。ひさしぶりに学校を休みひとりで家にいると、突然チャイムの音が。門の外に見えたのは山田の姿で……!?

山田に突如、「LINEやってる？」と尋ねられた市川。“友達がいなくてもLINEくらいやるだろ！”と心のツッコミをいれながら、ついつれない態度を取ってしまう。そして教室では、山田の友達・関根萌子が、彼ピ欲しさからクラスの男子全員とLINEを交換しようと言い出す。名案とばかりに山田は、さっそく市川に声をかけようとするも、関根はそれを遮る。しかも関根が市川とLINEを交換して楽しげな様子。そんなふたりに山田は――!?

マンガの続きを山田から借りることになった市川。待ち合わせ場所はクリスマスイブの渋谷。いつにも増してかわいい山田は、少し照れながらも市川を繁華街に連れ出す。オシャレなカフェに入るものの、慣れない空間に気後れした市川は、小さなやらかしをいくつも重ねてひとり落ち込んでしまうのだった。その後、山田の服選びの買い物に付き合い、試着室の前で彼女を待っていると、よりによって市川の姉・香菜が来店してきて――!?

年の瀬のファミレスに、深刻な顔で黙り込む市川がいた。腕には包帯。隣には関根、そして「ナンパイ」こと南条ハルヤの姿が……。時間は４日前に遡る。市川は家族で秋田の実家に帰省していた。山田とLINEをするようになった彼は、雪景色の写真を彼女に送ると約束する。ところがよい写真を撮ることに夢中になってしまい、足を滑らせ腕を骨折してしまう。夜、そのことをLINEで伝えると、すぐに山田から“ビデオ通話”の着信があって……。

新年を迎え、一緒に初詣へ行こうと約束した市川と山田。市川は家族で参拝した後に会うつもりでいたが、約束の時間のだいぶ前から待っていた山田を見つけて驚く。山田が市川の家族に挨拶すると、そのままみんなで参拝することに。さらに山田のことが知りたい香菜は、山田を市川家に誘う。愛弟と山田の関係に可能性を感じた彼女は、恋のキューピッドよろしく、卒業アルバムを開きながら弟の小学生時代を語って聞かせるのだった。