謎の怪獣・スカルゴモラが街を襲った日、住む場所を失った青年・朝倉リクは、善良な相棒宇宙人・ペガと共に、天文台の地下に眠る秘密基地へと誘われる。リクは基地のコンピューター・レムから、基地の所有者になったことを告げられ、いつの日か渡されることを約束されていたというアイテム・ジードライザーとウルトラカプセルを託される。人々を救うために、リクはウルトラマンジードに変身することを決意する!

ウルトラマンジードとなって戦いながらも世間からの否定的な意見を聞いたリクは二度とフュージョンライズしないと宣言。そんな矢先、知り合いの子・エリが宇宙人ダダに攫われる事件が発生!　突如目の前に現れた謎の女性・鳥羽ライハによると、エリには宇宙人が狙う謎のエネルギー・リトルスターが宿っているという。さらに倒したはずのスカルゴモラもエリを狙うように出現。危機を前にし、リクが出した答えとは!?

ウルトラマンゼロが新たな任務を帯びて地球に飛来。地球に漂う異変を察したゼロは、少年を救おうとして命を落とした地球人・伊賀栗レイトの勇敢な行動を目撃し、一体化を果たす。その頃、リクたちは不思議な力を発揮する少年を捉えた動画を目にする。この少年もリトルスターを宿しているなら、怪獣に狙われてしまう!?　リクたちは少年探しを始めるが、目の前にダークロプスゼロが現れて…

リクとライハがお金を出し合って買った自転車が盗まれた!　盗んだ女性を追うリクだが、女性は手から光の刃を出してリクを牽制する。偶然にも幼馴染の愛崎モアと遭遇したリクは、追跡の応援を彼女に頼み込む。どうやらモアも事情があって、その女性を追っているらしい。やがて、怪獣エレキングが姿を現し、リクはフュージョンライズしてエレキングに立ち向かう。女性の正体、そしてモアの事情とは一体!?

どんな傷もたちまち治す謎の“ヒーリング芸人”新井タカシ。その能力がリトルスターによるものではないかとタカシと接触するリクたち。ところが、それはタカシがひそかに匿っていた宇宙生物モコのものだった。/モコのリトルスターを狙い、怪獣アーストロンが現れる。ピンチのモコを守ろうとタカシが走る!　タカシたちを救うべく戦うウルトラマンジードに、新たな力が宿る!?　衝撃の戦士・アクロスマッシャー、華麗に登場!!

強敵・サンダーキラーに苦戦し、ウルトラマンゼロに窮地を救われるジード。最後まで自分だけで戦えたのに、と意地を張るリクは、戦う決意をみせるレイトに対し、「お気楽なサラリーマンにウルトラマンは無理」と言い放ってしまう。その言葉に憤慨したレイトとリクは言い争いに発展。/「それなら、二人とも入れ替わって生活してみれば?」　ライハの言葉をきっかけに、2人は奇妙な入れ替わり生活を送ることとなるが…。

“大いなる計画”の障害となるウルトラマンゼロを抹殺すべく、ついに伏井出ケイが動き出す。自らの講演会を利用して、集まった大勢のファンを人質に取ると、講演会に招いていたレイト=ゼロの前にギャラクトロンを召喚し、ある条件を突きつける!　危機的状況を打破しようと戦いに臨んだウルトラマンジードもギャラクトロンを相手に大苦戦。卑劣なケイの策略に、ゼロは真っ向から立向う!

人質を、そしてレイトを救うため、ギャラクトロンを前にして、ウルトラマンゼロは力尽きて消える…。/まんまと伏井出ケイの謀略にはまり、敗退を喫したことに悔しがるリク。レイトは“本物の”戦いに恐怖を覚え、リクたちに背を向けて出ていく。レイトの心情を察したリクは、再び活動し始めたギャラクトロンに対し、たとえ独りでも戦い抜くと誓ってフュージョンライズ。果たしてレイトはどんな決断を下すのか!?

レイトの娘、マユがリトルスターを発症する。リクたちはマユを守るため星雲荘に保護するが、その矢先、怪獣タイラントが出現。さらにスカルゴモラが光瀬山麓に現れたという知らせが入る。その言葉を聞き、迷わず光瀬山麓へと向かうライハにはある確信があった。過去の因縁の相手が必ず姿を現すはずだと。果たしてライハの過去の因縁とは!?　そして、怒りに燃えて戦いを挑む彼女の運命は!?

突如地球に怪獣ザンドリアスが飛来。その目的を探るため、AIBは相手の心を読む能力を持つゾベタイ星人のサトコを招く。しかし、サトコは地球人の彼氏探しに夢中で、お目付役のモアもタジタジ…。地球人たちの発言が本心と異なることを知り、「地球人はウソつきだらけ!」と憤慨するサトコに対し、モアは相手への思いやりから必要となるウソもあるのだと説明するが…。

AIBの決死の作戦が成功し、伏井出ケイと、その背後にいる黒幕とのコンタクトが明らかになる。自分への包囲網を感じたケイは、全ての事態を収拾し決着をつけるために、遂にリクとの直接対決を選ぶ。/ライハたちの動きを封じ、問答無用でリクとの対話を始めるケイ。その中で、リクは自分の出生の真実、そして父・ベリアルの恐るべき悪魔の計画を知らされる…!

出生の真相を聞き、さらにケイがフュージョンライズしたペダニウムゼットンにも敗れ、自らの存在意義を見失ってしまうリク。そんなリクに、朝倉錘という人物から手紙が届く。リクは錘と会い、リクという名前を付けたのは自分だと聞かされる。そこに、おそるべきベリアル融合獣ペダニウムゼットンが出現!　錘の言葉によって見失いかけていたものを取り戻したリクは、ついに新たな力に覚醒する!!