西暦2000年。日本アルプス・九郎ヶ岳で謎の古代墳墓が発見された。ある夜、発掘現場で異常が発生。不安を察知した冒険家の五代雄介は発掘現場で不思議なベルトを目撃した。そして、調査団が残したビデオには驚くべき事実が録画されていた・・・。

長野市内では翼を持った謎の存在が人々を襲撃するという怪事件が頻発していた。未確認生命体の行方を追う長野県警の一条刑事は、事件現場に向かう途中で雄介と再会し、ベルトの力で雄介が白い戦士に変身していたことを知る・・・。

一条刑事は、本部長から未確認生命体の射殺命令を通達された。自分の命を救ってくれた白いクウガ=未確認生命体第2号と赤いクウガ=未確認生命体第4号は射殺の対象から除外すべき、と主張する一条だが・・・。そのころ東京に不気味な奴らが集結していた。

未確認生命体第4号=クウガと第5号=ヒョウ種怪人ズ・メビオ・ダが東京に出現、警官隊の一斉射撃を受けて両者とも姿を消したと聞いた一条は、雄介の安否を気遣う。長野県警の代表として東京へ向かった一条は、クウガに変身しないよう雄介を説得するが・・・。

未確認生命体第5号を倒した雄介は、古代文字に更なる秘密を探るべく桜子に解読を依頼する。一方、一条は友人の医師に雄介の身体の調査を依頼。その結果、雄介の身体は他の未確認生命体と同じような特徴を持っていることが判明する・・・。

未確認生命体第6号との闘いの中、身体が赤から青に変化したクウガ。しかし、変化によってジャンプ力は増したもののパンチ力が衰えてしまった。闘いで重傷を負った雄介だったが、駆けつけた桜子の心配をよそに病院を抜け出してしまう。

一連の未確認生命体事件が発生して3ヶ月。一条のもとへ遺跡の発掘現場で未確認生命体第0号に殺された夏目教授の夫人・倫子と娘の実加が訪ねてきた。一方、街では何かに頭頂部から身体を貫かれるという事件が次々と発生していた。

ハチ種怪人メ・バチス・バとの戦いの中、青い身体から緑の身体に変身したクウガは怒濤のように押し寄せる周囲の音と映像に困惑。バランスを崩し、怪人と対峙していた高所から墜落してしまった。雄介は椿医師の検診を受け、あと2時間は変身できないと告げられる。

雄介と桜子はクウガの未知の変身形態を解明するため、碑文の解読を進めていた。ポレポレのおやっさんがスクラップしたクウガの記事を目にしたみのりは、雄介が闘うことに心を痛めなくなったのではと不安を感じる。その頃、未確認生命体第21号が出現した。

メ・ギイガ・ギと戦ったクウガは、柔らかい身体に攻撃を吸収され、反撃を受けてしまう。雄介は、碑文に書かれていた剣を持つという未知の形態のクウガならば怪人に勝てるかもしれないと考え、一条と共に剣道の訓練を始めるが・・・。

2000年3月25日。ある約束を果たすため、母校の小学校へと向かう雄介の前に未確認生命体第22号サイ種怪人ズ・ザイン・ダが出現。雄介は、桜子に約束の相手へのメッセージを託すと、ズ・ザイン・ダに立ち向かっていった。雄介が交わした約束とは・・・。

未確認生命体第22号の猛攻を受け、大ピンチに陥るクウガ。その頃、桜子は13年前に雄介が再会の約束を交わした神崎昭二と出会い、再会場所の学校へ向かっていた。第22号の前に苦戦する雄介は、果たして恩師との約束を果たすことができるのか・・・。