オーシャニック航空815便が乱気流に巻き込まれ、無人島に墜落した。生存者のひとりである医師のジャックは、トランシーバーを見つけ、救援を求めようとする。そして落ち着きを取り戻した頃、ジャングルから謎のうめき声が聞こえ、生存者たちは不安な日々を過ごすことになる。

元共和国軍通信士官だったサイードは、破損したトランシーバーを修理し、無線をとらえられるポイントを探しに山頂に登る。そこで彼らは謎のフランス語のSOS信号を受信する。16年間も送信続けられているこの信号により、彼ら以外の遭難者の影が浮き上がってきた。

意識を取り戻した保安官はうわ言のように「彼女は危険な女だ」と繰り返す。そしてジャックに見せた逮捕写真に写っていたのは・・・。一方マイケルは、息子が自分ではなく、謎多き男、ロックになついているのを快く思っていなかった。

機体に残された遺体をめぐって、国籍も宗教も異なる彼らは戸惑いながら苦渋の決断で処理を進めていく。一方、底を尽きてきた食料を探しにロックは狩りを提案する。だが、ロックにはまだ生存者には明かしていない、驚くべき秘密があった。

ジャックの前に人影がちらつき始め、現実と幻影の間で困惑する。再び目の前に現れた影を追い、ジャックはジャングルの中に入っていく。そして明かされるジャックの過去。一方、飲料水が残り僅かになる中、妊婦のクレアが倒れてしまう。

突然韓国人男性ジンが、マイケルに襲い掛かる。だが英語が通じないため、理由が分からない。そして妻のサンはある事実を隠していた。その頃、ジャックはケイトたち数人を水が流れ出る洞窟へと案内していた。そこで彼らが見つけたものは?

ビーチを離れ、安全な洞窟への移住を決めた生存者たち。そんな中、人気バンドの元メンバー、チャーリーはドラッグの禁断症状と必死に闘っていた。一方、サイードは三角測量で謎の遭難信号の発信源を特定しようとする。だがその頃、洞窟にいるジャックに災難が降りかかる!

妹シャノンの喘息の吸入薬を捜すため、疑わしいソーヤーの荷物をあさるブーン。いつも悪人ぶっているソーヤーだが、彼には悲しい過去があった。一方、サイードはジャングルで自分を襲ったのはロックではないかと疑い、信用できずにいた。

ソーヤーを拷問したことを反省し、彼らの元を去るサイードは海からジャングルへと伸びるワイヤを発見。それを辿っていくうちに、罠にかかり意識を失ってしまった。そして女の声に目覚めたサイード。彼は縛り付けられ身動きが取れなくなっていた。果たしてこの女性は何者なのか?

クレアがお腹の中にいる赤ん坊が危険にさらされているという悪夢にうなされる。そしてついに何者かに襲われてしまう。だが目撃者もなく、お腹に傷のあともない。犯人捜索に当たったハーリーは、生存者リストを作成し、乗客の聞き込み調査を始める。そしてそこには元々の乗客名簿にない名前が・・・。

洞窟から姿を消したクレアとチャーリーの身を案じたジャックらが慌てて後を追いかける。そして一番疑わしいイーサンとジャングルで出くわし揉みあいになる。一方、ロックとブーンは生存者たちの運命を変える「あるもの」を発見する。

偶然滝を見つけ、その中で泳いでいたソーヤーとケイトは、水中で機体の残骸とアタッシュケースを見つけた。そのアタッシュケースをソーヤーから必死に取り戻そうと異常な執念を燃やすケイト。果してその理由は?一方サイードは、シャノンに頼んだルソーから持ち帰った書類の翻訳を聞き、驚くべき事実を知る。