ニューヨーク。並外れて整った容姿と、卓越した戦闘力を持つ少年・アッシュ・リンクスは、17歳にしてストリート・ギャングをまとめ上げていた。ある夜、アッシュは自身の手下によって銃撃された男からある住所とともに「バナナフィッシュ」という言葉を伝えられる。それは廃人同然の兄・グリフィンがしばしば口にする言葉だった。時を同じくして、カメラマンのアシスタントとしてやってきた日本人の少年・奥村英二と出会う。

オーサーの仲間に連れ去られてしまったスキップと英二。2人を助けに向かったアッシュは、オーサーと手を組んだゴルツィネの部下・マービンに捕まってしまう。アッシュの機転で逃げ出そうとする3人。さらにショーター達も現れ、乱闘が始まる。逃げるマービンを追うアッシュだったが、部屋に入ると意外な光景を目にすることに──。

刑務所に送られることになってしまったアッシュ。同室になったジャーナリストのマックスは、刑事・チャーリーからアッシュの面倒を見るよう依頼されていた。しかし、若く容姿のいいアッシュはゴルツィネの息がかかった囚人・ガーベイに襲われてしまう。運ばれた医務室でマックスが「バナナフィッシュ」について調べていたことを知り・・・。

アッシュから頼まれてメレディスの医院を訪れた英二の前に現れたのはオーサー達だった。しかし、医院の奥の部屋から出てきたグリフィンを見たエイブラハムが途端に混乱し、グリフィンを撃ってしまう。英二はグリフィンがエイブラハムのことを「バナナフィッシュ」と呼んでいたことから、彼のことではないかと推測するが、伊部に日本に帰国するよう告げられてしまう。

ジェンキンズの計らいにより、保釈されることになったアッシュ。グリフィンが死んだことを知ったアッシュは1人でゴルツィネの元へ向かおうとする。しかし、英二はグリフィンが殺されたのは自分のせいだと言い張り、アッシュに無理矢理ついていくことに。

グリフィンが「バナナフィッシュ」の資料や写真を残しているのではないかと考えたアッシュ達は、アッシュの故郷であるケープ・コッドへ向かった。アッシュの家に着くも、父・ジムには冷たくあしらわれてしまう。アッシュを追い出そうとするジムに、英二とマックスが理由を問い詰めると・・・。

ゴルツィネの追手から逃れ「ウエストウッド42－102」の住所を頼りに、ロスアンジェルスに向かうアッシュ達。マックスの元妻・ジェシカと息子・マイケルが住む家に立ち寄った後、謎の住所の屋敷を訪れるが、屋敷内から叫び声が!

何者かに襲われてしまったジェシカとマイケル。アッシュとマックスは2人を助けに向かい、英二、ショーター、伊部はアッシュ達の帰りを待っていた。しかし、月龍の企みによって英二は連れさられてしまう。異変に気付いたアッシュは屋敷に戻るが――。

ゴルツィネ邸に連れて来られた英二とショーターだったが、ショーターはゴルツィネの手下に拘束されてしまう。一方、アッシュ達もゴルツィネ邸に向かっていた。そして、ゴルツィネ邸の実験室ではエイブラハムが何やら実験の準備をしていて・・・。

ショーターの死にショックを受けるアッシュ。外ではアッシュとショーターを助けるため、シンとアレックス達が作戦を立てていた。そんな中、ゴルツィネはオーサーを連れて出かけてしまう。それを見た月龍は何かに気付き行動に出る。

ゴルツィネ邸から逃走したアッシュ達。屋敷を燃やされ、アッシュに逃げられたゴルツィネは怒りを露わにする。アジトに戻ってきたアッシュは英二との穏やかな時間を過ごしながらも、次の行動に出るのだった。

ウーキーを皮切りに次々とアッシュの手によって部下が倒され、追い詰められていくオーサー。アッシュは部下たちにオーサーに手を貸しているグループをマンハッタンから追い出すように指示を出す一方で、英二を日本に帰す準備をしていた。