近未来日本首都、ネオサイタマ。超高層ネオン街の中、ひときわ高くそびえ立つマルノウチ・スゴイタカイビル。邪悪なニンジャ組織「ソウカイ・シンジケート」の抗争に巻き込まれ瀕死の重傷を逐ったフジキド・ケンジのもとに、事件の目撃者を始末すべく、血に餓えたニンジャたちが迫る。だがその時、邪悪なニンジャソウルが突如憑依し、フジキドを死の淵より呼び戻した! 「ドーモ、ニンジャスレイヤーです……!」スシ! カラテ! ニンジャ! 情け容赦ない死闘! ニンジャスレイヤーの復讐の戦いがいま幕を開ける……!

妻子の復讐のため、ソウカイヤのニンジャを殺し続けるニンジャスレイヤー。次なる敵は「カトン・ジツ」を操るニンジャ、アーソン。さらに上空からはオムラ社の差し向けた武装マグロ・ツェッペリンが迫り、レーザーと追尾ミサイルの波状攻撃が彼を襲う。ピンチに陥るニンジャスレイヤー、果たして勝負のゆくえは……!?

キョート共和国から転校してきた女子高生、ヤモト・コキ。一見すると平凡な女子高生だが、彼女にはアーチ級ニンジャソウル「シ・ニンジャ」の力が宿っていた。彼女はいかにしてその力を得たのか? そのカギを握るのはアフロヘアーの男子転校生、ショーゴー・マグチにあった。謎めいたジツによりヤンクを始末するショーゴー……彼もまたニンジャソウル憑依者だったのだ!

ニンジャソウルの力を隠しながら、普通の女子高生として平穏に生きようとするヤモト。だが親友のアサリとともにカラオケにやってきた彼女のもとに、ソウカイ・シンジケートの手先となったショーゴーことスーサイド、そして兄貴分のソニックブームが現れた! シ・ニンジャの力を解放し、オリガミ・ミサイルで抵抗するヤモト! ソニックブームの情け容赦ないソニック・カラテが、彼女を襲う!

シガキ・サイゼン。彼にはプロの墨絵師になるという夢があった。だがある日、勤め先のトーフ工場のトーフプレス機で右腕を失ってから、彼の人生は大きく狂いはじめる。失意の中でスシを食べていた彼は、ひょんなことからサカイエサン・トーフ社の工場襲撃に参加することに。だがそれはソウカイヤの陰謀であった! 一方、ソウカイヤの秘密を追うニンジャスレイヤーもトーフ工場を目指し……!

目障りなドラゴン・ドージョーの本拠地を発見し放火すべく、ソウカイ・シンジケートからヒュージシュリケンとアースクエイクが出撃した。ドージョーにはかつてニンジャスレイヤーを破滅から救ったドラゴン=センセイと孫娘ユカノがいるのだ。民間人に対して情け容赦ない拷問を加えながら、ドラゴン・ドージョーに迫るソウカイ・シンジケートの刺客! この卑劣な企みを阻止すべく追跡を開始したニンジャスレイヤーだったが……! 急げ! ニンジャスレイヤー! 急げ!

有能なるハッカーにしてフリージャーナリスト、ナンシー・リー。そのバストは豊満である。相棒ホゼによるナビゲートを受けながら彼女が向かった先は、フルタマ地区。ここに、ヤンバナ・サシミ事件のカギを握る人物、タラギ・ウェイが潜伏しているはず。だがタラギは既に、何者かの手で殺されていた。タラギが残したダイイング・メッセージ「タヌキ」の謎とは!? そして残忍なるソウカイニンジャ、「コッカトリス」に襲われたナンシーの運命やいかに!?

相棒ホゼを殺されたナンシーは、憎きソウカイ・シンジケートや暗黒メガコーポの陰謀を暴くべく、再び危険な潜入作戦にのぞむ。ヨロシサン製薬のオカキ工場を突き止めたナンシーは、「タケウチ」の解毒剤を探し求めていたニンジャスレイヤーに協力を持ちかけ、合流を果たしたのだ。二人が工場の奥で見つけたものは、恐るべきクローンヤクザの生産施設だった! さらに「フォレスト・サワタリ」率いる異形のバイオニンジャたちが、彼らの前に立ちはだかる!

未だナンシーに対して不信感を抱くニンジャスレイヤーだったが、「タケウチ」の解毒剤をヨロシサン製薬から奪取するには、彼女のサイバー攻撃が不可欠と知り、ネットワーク上で極秘ミーティングを行う。生体LAN端子を持つナンシーは、超人的なタイプ速度を誇り、ハッカーたちの間で「コトダマ空間」と呼ばれる電脳IRC空間を自在に飛翔できるのだ。だがそこへ、ソウカイ・シンジケートの電脳セキュリティ担当ニンジャ、ダイダロスが襲い掛かる! 「ファイアーウォールなど、私の前ではショウジ戸も同然……!」 アブナイ!

対ニンジャ生物兵器「タケウチ・ウィルス」の解毒剤を求め、ヨロシサン製薬のユタンポ・プラントに侵入したニンジャスレイヤーとナンシー。彼らの前に立ちふさがったのは、四本の腕を持つバイオニンジャのノトーリアス、そして再び現れたフォレスト・サワタリであった。さらに、電脳IRC空間内ではナンシー・リーが再びダイダロスによる襲撃を受け、ピンチへと陥る! 急げ! ニンジャスレイヤー! 急げ! 今はKICKあるのみ!

ドラゴン・ゲンドーソー。ドラゴン・ドージョーのかつてのマスターにしてローシ・ニンジャの異名を持つ男。だが彼はいま、タケウチ・ウィルスによって死と隣り合わせの状態にあった。彼の元へたどり着いたニンジャスレイヤーは、ヨロシサン製薬から入手したアンプルを渡す。解毒剤の入ったチャを飲み干した瞬間、爆音が響き渡る! 外へ飛び出したニンジャスレイヤーの前にソウカイヤの刺客ダークニンジャが現れ、妖刀ベッピンを抜き放つ。妖刀ベッピンを見たニンジャスレイヤーの脳裏に、あの夜のジゴクめいた光景が甦る。ダークニンジャこそが、マルノウチ抗争の中で愛しき妻子を殺めた男だったのだ! フジキドの怒りが燃え上がる! ……ニンジャ、殺すべし!

ニンジャスレイヤーとの死闘の末、妖刀ベッピンを砕かれ敗北したダークニンジャ。彼は日焼けサロンビル内に隠された非合法プライベート・プレイスで生命維持装置に繋がれ、眠りについていた。そこへソウカイヤ内のニンジャ二人が忍びこみ、彼の地位と命を狙ってショウジ戸を開く。サツバツ! 果たして何者の差し金か!? これを無慈悲なカラテで抹殺したダークニンジャは、己に刺客を差し向けたソウカイヤ内の裏切者を探し出し始末するため屋形船へと向かい、これを焼き落とすのであった。