億千年を越え、かつて恐竜たちを絶滅させたデーボス軍が動き出した。人々を襲うゾーリ魔に、一人の青年が立ち向かう。彼の名は、桐生ダイゴ。世界中を旅し、“キング”と呼ばれている男だ。人々を守るため戦うダイゴの姿を見ていた賢神トリンは、ダイゴに銃を渡す。そこに獣電竜・ガブティラが現れゾーリ魔を一掃。ガブティラはダイゴを気に入ったようだ。

ついに5人そろったキョウリュウジャー。ダイゴは、お互いを知りあうために5人で修業をしようと提案するが、4人に断られる。翌日、妹・優子(木下あゆ美)と姪・理香(綱本菜々美)と博物館を訪れたノブハルは、執事のジェントル(島津健太郎)と博物館に来ていたアミィとともに、木で恐竜のオブジェを作っているダイゴに遭遇する。

アミィの働くファミレスで、いつものようにクリームソーダを注文するソウジ。そこに、ソウジの父・源流(春田純一)が乗り込み、強引にソウジを連れて帰ってしまう。ソウジは、戦国の時代から続く必殺剣の家系“立風館”の跡継ぎ。しかし、源流は、最近のソウジの剣は凶暴な獣のように荒々しくなり、このままでは跡継ぎとしてふさわしくないと考えていた。

ある日、イアンは宝石店を襲うマントの怪人に遭遇。イアンには、怪人のマントに見覚えがあった。怪人の正体は、デーボモンスター“デーボ・ドロンボス”。レッドたちも駆けつけ応戦するが、マントで全て攻撃をかわされ、レッドがドロンボスに捕えられてしまう。レッドは自分にかまわず撃てと言うが、ブラックは引き金が引けず、ドロンボスを逃してしまう。

ダイゴたちは、特殊な力を持つガーディアンズの獣電池をテストすることに。ところが、マイペースのイアンと、真面目なソウジはぶつかってばかり。そんな中、おいしいケーキを作るデーボモンスター“デーボ・バティシエ”が出現。キャンデリラの指揮の元、喜びの感情を集めていた。ところが、ケーキを食べた人々が虫歯になり、苦しみ始める。

暴れ出したアンキドンの体内には、太古から恐竜たちを苦しめた、病気を操るデーボモンスター“デーボ・ウイルスン”がいた。ウイルスンは中世の時代にも一度復活し、ラミレスとアンキドンによって粉々に粉砕された。しかし、その破片がアンキドンの体内にとりついて、五百年以上の時をかけて増殖していたのだ。なんとか倒さなければ、抵抗を続けているアンキドンが力尽きてしまう。

ガブティラと戦った島に旅のバッグを忘れてきたことに気付いたダイゴは、取りにいくことに。一方、イアンたちの前には、デーボモンスター“デーボ・ヤキゴンテ”が出現。しかし、ヤキゴンテは逃げてばかりで捕えることができない。そんな中、キョウリュウジャーの前に、人を怒らせることばかりをいうキョウリュウジャーが出現。

ノブハルは、家族サービスで理香と優子と遊園地へ。優子は“パパ・ママ・キッズ割引”で入場しようとするが、正直すぎるノブハルは「ズルはダメだ!」と譲らない。そんなノブハルに、優子は、理香にとってはノブハルがパパなのだと告げる。理香の父親・賢一が亡くなって4年。それからずっと、ノブハルは理香の父親代わりとして2人を見守ってきたのだから。

デーボス軍に奪われ、操られている獣電竜プテラゴードン。トリンは、プテラゴードンと、その相棒の戦士・キョウリュウゴールドについて、ダイゴたちに話し始める。ゴールドは、卑劣な手段によりカオスとドゴルドに消され、未だにスピリットすら見つからない。そして、暗黒のダメージを受けたプテラゴードンは、トリンによりガブティラの守る島奥深くに封印されていたのだという。

デーボス軍の幹部・ドゴルドの正体は、戦国時代に活躍したキョウリュウゴールド、空蝉丸だった。再び空蝉丸を乗っ取ったドゴルドは、空蝉丸最大の必殺剣“雷電残光”を放つ。あまりの威力に圧倒されたキョウリュウジャーは、一旦退散し、作戦を練ることに。ダイゴは、空蝉丸の必殺剣に対抗する策を、イアンとノブハルはプテラゴードンを止める方法を考える。

ダイゴが主君にふさわしいか見極めるまでは手は握れないと言い、立ち去った空蝉丸。ダイゴは、空蝉丸を探して真意を確かめることに。そんな中、ダイゴたちは、アイドルのライブのチラシを発見。その正体はキャンデリラで、デーボモンスター“デーボ・ホネヌッキー”を使って、異性を骨抜きにしようとしていたのだ。

キョウリュウジャーは、ダイゴが特訓した少年・剛を応援するため、子供の日・すもう大会へ。しかし、奮闘空しく剛は負けてしまう。空蝉丸も陰から様子を見ていたが、アミィの指示により、ダイゴたちにツンツンした態度を取り、イアンたちをイラつかせる。そんな中、鯉のぼりのデーボモンスター“デーボ・タンゴセック”が出現。強くなりたいと願う剛を連れ去ろうとする。