夜の街を駆け抜ける蔵原走。走を自転車で追う一人の男。男の名は清瀬灰二。追いつくなり灰二が走に問いかける。「なあ、走るの好きか!」走は灰二に導かれ、竹青荘という学生寮へ辿り着く。奇妙な住人たちとの邂逅。有無を言わせぬ灰二の言動。突然の展開に戸惑うばかりの走。灰二の魂胆を知るものはそこにはいない。同じ夜、住人総出で走の歓迎会が開かれる。そこで灰二の口から、壮大で無謀な、ある目論みが告げられる。それを聞いた走の反応は…。

「竹青荘のみんなで箱根駅伝出場を目指す。」灰二の無謀な提案に強く反発する走。住人たちも陸上は全くの素人。誰も灰二の言葉を真に受けようとはしない。各々の大学生活を続けようとする住人たち。だがそこに灰二の影が迫り来る。灰二の不可解な圧に脅かされ、敢えなく半数が灰二の手に堕ちてしまう。一人、竹青荘から去ろうとした走は、街でニコチャン先輩と遭遇。一方、竹青荘では原因不明の風呂の故障が発生、全員で“地獄の”銭湯行きが決定して…。

灰二との熱湯対決を引き分けで終えた走は、反発しながらも、住人たちとの早朝ジョギングに参加する。そこには、彼らを諦めさせるという走なりの狙いがあった。翌朝、数名の住人がジョギングをボイコットする。予想通りの変化を冷ややかに受け流し、一人で駆け出していく走。そんな走の前に、制服姿の少女が駆けてくる。彼女の名は勝田葉菜子。葉菜子の屈託のない言動に戸惑う走と住人たち。そのそばに、静かに微笑む灰二の姿があって…。

「久しぶり…。」そう言って不敵に笑う榊浩介。走と榊は旧知の仲。思いがけない再会に動揺を隠せない走。走の胸の内には、高校時代に味わった、才能が故の深い孤独が渦巻いていた。影を振り切るように駆けていく走。その目の間に、“もう一人の走”が現れる。それは、灰二に出会う前の自暴自棄な自分だった。忌々しげに過去を見つめる走。やがて、自分に絶望しそうになったその時、優しく声をかける者が現れる。それは王子とその仲間たちで…。

東体大の榊に挑発されたことで、結果的に距離を縮めた走と竹青荘の住人たち。皆が決意も新たに盛り上がる中、キングが慣れないスーツ姿で帰って来る。一方、走は、早くも記録会への出場を目論む灰二に異を唱える。素人同然の住人たちに過酷な現実を突きつけてどうするのか。そう訴える走に、灰二が問い返す。走の疑問は晴れぬまま、灰二が本格的な練習を始めようとする。しかし、キングが就活を理由に参加を拒否して…。

エスカレートする灰二の要求に強く反発するキング。就活でも思うような成果は出ず、気遣ってくれる神童にも返って心を閉ざしてしまう。ついには単独行動を取り始めるキング。他の住人たちも、強引なバイト禁止令には戸惑いを隠せずにいた。一方、走も、灰二への疑念を晴らすため、ニコチャンの元を訪れるが、確たる答えは見つけられずにいた。そんな中、神童があるアイデアを思いつき、住人たちに提案するのだが…。

初めての記録会。東体大を訪れた竹青荘の住人たちの前に、走の因縁の相手、榊浩介が現れる。執拗に走を挑発する榊。二人を止めようとする灰二。そこに、王者六道大学の絶対的エース、藤岡一真が割って入る。誰もがその風格に気圧される中、なぜか灰二だけが平然と藤岡と言葉を交わす。一方、現実を知らない住人たちのマイペースな言動に苛立ちを募らせる走。スタート直前、灰二に苦言を呈した走は、藤岡の背中を鋭く見据えて…。

記録会で惨敗を喫した竹青荘の住人たち。愚痴をこぼし、自らの力不足を慰める仲間の姿に、走が感情を爆発させる。そんな走をなだめるうちに、ニコチャンが、心の底に燻らせている陸上への想いを吐露する。走は、とことんまで追い込むべきだと進言する。翌朝、走とニコチャンは、灰二の指導を離れ、独断でトレーニングを行う。一方、王子は、練習で奪われてしまった漫画鑑賞の時間を取り戻すため、とある器具の調達を目論んでいて…。

王子に、次回の記録会の成績次第ではメンバーから抜けるよう提案する走。あの発言に効力はないと言う灰二に対し、王子は、僕でも記録は出せるのか?と直言する。さらに灰二にはもう一つの気がかりが。それは、用意した食事が一人分余っていること。灰二は、弁当を携え、食事を抜いた犯人の前に現れる。焦る走とは裏腹に、練習の成果が見え始めてムードを良くする竹青荘の住人たち。そんな彼らに、灰二が意外な指示を与えて…。

突然の灰二の昏倒。住人たちは灰二に支えられてきたことを痛感し、ニコチャンは、走と王子に和解を持ちかける。しかし、意固地な二人は溝を埋めることができない。翌日、神童が代理キャプテンの選出を提案する。年長たちがことごとく断った結果、走が代理を引き受けることになる。王子をどうにかしたい一心で、口うるさくついて回る走。その態度に反発を強める王子。そして、食事の用意もままならない住人たちに、救いの手を差し伸べる者が…。

双子とムサが公認記録を獲得し、希望を掴んだかに見えた竹青荘の住人たち。しかしそこには、一ヶ月近く記録を出せず、焦り始めた神童とユキの姿もあった。灰二が二人を諭そうと語りかけるが、言葉だけでは彼らを救えそうにない。住人たちの行く手を阻むように、重たい雨が降り続く。それでも練習と学業の手を抜かない神童に、住人たちも心配を募らせ始める。一方、走と灰二は、陸上の専門誌に、王者・藤岡一真の姿を見つけて…。

寛政大学の公認記録獲得を目指す戦いが本格的に始まる。すでに記録を持っているムサ、ジョータ、ジョージが葉菜子とともにレースを見守る中、走が先頭集団に混ざり、強豪留学生たちと渡り合う。一方、伸び悩んでいた神童とユキも、それぞれの特性を活かし、したたかに目標タイムを狙う。ラスト一周、走の脳裏をよぎる灰二の言葉。「走るの好きか!」。その瞬間なにかが開き、走は驚異的なタイムを叩き出す。レース後、そんな走に一人の記者が歩み寄り…。