強大なる力を秘めるという「賢者の石」を求めて、旅を続けるエルリック兄弟。兄のエドワードは、弱冠15歳ながら史上最年少で国家錬金術師の資格を得た、天才錬金術師。弟のアルフォンスは、見た目は屈強な鎧姿だが、心優しい14歳の少年である。東部辺境の町、リオールにやってきた二人は、そこで太陽神レトの代理人を名乗る、コーネロ教主の「奇跡の御業」を目撃するが…。

『賢者の石』をめぐり、コーネロ教主とリオールの教会・秘密地下室で対決するエルリック兄弟。だがそこに、教主の危機を聞きつけたレト教の信者たちが乱入してくる。街中に逃れた二人だが、信心深いリオールの町人たちに見つかり、包囲されてしまう。「奇跡の御業」によって動き出したレト神像によって、アルは破壊され、エドは捕らえられ、コーネロの前に引きずりだされてしまう。

旅の途中立ち寄った街角の古本屋で、錬金術の入門書をみつけるエドとアル。昔、それを使って勉強していたときの頃のことを思い出す。それはまだ二人が幼い時、故郷リゼンブール村で暮らしていた頃のことだった。彼らは、お母さんの喜んだ顔がみたい、その一心で、競って錬金術にのめりこんでいった…。

国家錬金術師になるために、生まれ故郷のリゼンブールから旅立ったエルリック兄弟は、途中、マジハールという錬金術師の風評を聞き、彼の住む村を訪れる。だがその村では、死者が甦り人々を次々に襲うという、不吉な噂が流れていた。

国家錬金術師になるためセントラルに向うエドとアル。間もなく到着するとマスタング中佐に報告の電話を入れた所、突然!次の列車に乗れと命じられ、どうにか乗り込んだ2人。なんと、その列車には家族と旅行中のハクロ将軍が乗っていた…。

エドとアルは「国家錬金術師試験」にむけて、マスタングの紹介で生体錬成の第一人者である「綴命の錬金術師ショウ・タッカー」の家で過ごすことになった。タッカーの娘のニーナ、愛犬のアレキサンダーの励ましを受け、日々勉学に没頭する二人。そして当日、試験に挑むエドとアルだが…。

エドは難関の「国家錬金術師試験」に12歳にして合格し、最年少記録を塗り替えた。マスタングより国家錬金術師の証である、銀時計を受け取るエド。それは様々な特権を得ると同時に軍の一員になることを意味していた。タッカー家では、お祝いパーティーが開かれ、はしゃぐニーナやアレキサンダー。そんな中、タッカーは迫りくる査定の日に苦しみ、追い詰められていく…。

エドは、ニーナを救う事が出来なかった後悔と自分の無力さを噛み締めていた。そんなエドにマスタング中佐は、タッカーの残した研究の分析を命じる。冷徹ともいえる命令に反発し、エドは一人で、ニーナ殺害犯の捜査をはじめる。

自分の小ささ、無力さを感じつつも、自分達の目的に向かっていくため、『軍の狗』国家錬金術師になることを決意したエド。そんな中、エドは、マスタング中佐から、国家錬金術師としての初任務の伝令を受けることになる。

マスタング大佐へ報告に向かう途中、水の都・アクロイアで途中下車するエドとアル。アクロイアは観光名所として有名な街だが、最近サイレーンという正体不明の怪盗が出没しているという。手掛かりと言えば一つだけ、錬金術を使うこと。エドとアルは、街の刑事から捜査協力の依頼を受けることになったが…。

『賢者の石』の噂を聞いて、金の産地・ゼノタイムにやって来たエドとアル。かつて栄華を誇った町はいつしか寂れ、町の人々はマグワールが研究している『賢者の石』に最後の望みを託していた。エドとアルはそこで偽のエルリック兄弟の存在を知る。

エルリック兄弟の名を語り,賢者の石の研究を続けていたラッセルとフレッチャー。ラッセルは、マグワールから赤い水から賢者の石を精製するために、ある方法の実行を命じられる。しかしどうしても実行することの出来ない彼らは、地下牢に捕らえられてしまう。