幼馴染・小舟潮の訃報を聞き、和歌山市『日都ヶ島』へ2年ぶりに帰郷した網代慎平。葬儀に参列した慎平は、親友の菱形窓から「潮には他殺の可能性がある」と打ち明けられる。さらには潮の妹・澪までも潮は殺されたと訴える。日都ヶ島には、自分と同じ姿の「影」を見たものは死ぬという伝承があった。生前、澪は潮の「影」を見たという――。

澪の「影」に頭を撃ち抜かれたはずの慎平だったが、意識が戻ると日都ヶ島へ向かうフェリーの中にいた。その後も「撃たれる前と同じ」出来事が繰り返される。一人思案する慎平は、島の駐在・凸村が澪に包丁で刺し殺される現場を目撃。さらには殺された凸村から、凸村の『影』が生成される様を目の当たりにする。眼前で起こる出来事にショックを受ける慎平の前には、包丁を持つ澪の姿が――。

「影」の澪に刺された慎平はまたも7月22日を繰り返す。「影」の真相を探るため、潮の葬儀翌日に一家失踪した小早川家を訪ねる慎平は、潮の事故のきっかけとなった少女・小早川しおりの「影」と遭遇するのだった。一命をとりとめた慎平だったが、手詰まりになり全てを窓に打ち明けることに。日は変わり7月24日、日都ヶ島夏祭り。束の間の穏やかな時間を過ごす慎平だったが――。

夏祭りの夜、慎平の前に現れた潮の「影」。他の「影」とは異なり、まるで生前の潮本人のように振る舞う彼女に混乱しながらも、もう二度と会えないはずの潮との会話に慎平は喜びを隠せない。「影」を警戒する澪や窓に見つからないように慎平は潮を隠すが、妹たちに会いたいと不満げな潮。その後、窓たちに合流する為ヒルコ様に向かう慎平の前に「影」の澪が再び姿を現す。

慎平の危機を救ったのは、フェリーで同乗した女性だった。彼女は慎平が敬愛する作家・南雲竜之介を名乗り、「網代慎平」を助けに来たという。さらに彼女は、「影」についての数多の知識を持ち合わせていた。一方、夏祭りの会場内では「影」による大虐殺が行われていた。慎平は助けに向かうも、次々と殺される友人たち。やがて「影」は島中の人々を飲み込んでいき――。

四度目の7月22日。慎平とフェリーで出会い、彼に「南雲竜之介」の名を語った女性・南方ひづる。彼女もまた日都ヶ島を故郷としており、携帯電話に残された謎のメッセージを解明するため、14年ぶりに帰郷していた。「影」そして「ハイネ」の存在を知るひづるは、猟師の根津と合流し、島民の多くが「影」と入れ替わっている事を知るのだった。

慎平がまとめたループの記録を読み、彼の身に起こっていることが事実であると判断したひづる。かつて彼女は慎平の話を信じる根拠となる経験をしていた。「影」に姿を知られるリスクを冒さないよう多くを語らないひづるだが、慎平に力を貸すという。小早川一家の「影」を倒すため、小早川家に向かう慎平、ひづる、根津。三人はしおりの「影」の捕獲に成功するが――。

一周目で現れた澪の「影」を倒すべく、ひづると根津が見守るなか小舟家へと戻った慎平。しかし、まだ「いるはずのない」潮が現れる。潮は、慎平と同様24日の夏祭りからループしてきていた。突然の出来事に驚く慎平は状況を整理しようとするが、突如予定外に澪の「影」の襲撃に遭う。潮の助けで絶命を免れた慎平だが、代わりに潮が腕を切り裂かれてしまう。

潮の遺した携帯電話に残された一つの動画ファイルには、潮と潮の「影」が二人一緒に写っていた。出会ってから動画を残すに至るまでの出来事を語り始める二人の潮。自身を“本物”だと疑わない潮の「影」に戸惑う潮だが、やがて協力して「影」の真相を探るようになる。動画をみて全ての記憶と力を取り戻した潮は、慎平たちに自身が死ぬ間際の追体験をさせようと試みる。

潮の死の真相を知った慎平。潮と潮の「影」が残した動画から、「影」に関する手がかりがタカノス山にあると考える。そこには、窓の実家である菱形医院の旧病棟があった。旧病棟へたどり着いた三人は、院内に鎮座するヒルコ像と、さらにその奥に地下壕へと続く隠し扉が現れる。奥へ進もうとする一行だが、隠し扉には鍵がかかっていた。

影に囲まれた慎平、潮、窓。しかし、「影」が狙うのは潮ただ一人だった。その頃澪は、凸村とともにしおりの「影」を目撃、その足取りを追っていた。慎平の居場所としてマンホールの下を指すしおりの「影」。澪たちはしおりの「影」を追う。さらにその姿を、ひづる（竜之介）と根津が目撃していた。なんとか窮地を乗り越えた慎平たちの前に現れたのは、意外な人物だった――。

これまで、「食餌」と称しヒルコ様に死んだ人を与えてきたと語る窓の妹・朱鷺子。ヒルコ様とは、夏祭りの日、日都ヶ島神社に現れた大きな「影」・シデが「オカアサン」と呼んだ着物の少女・ハイネのことだった。朱鷺子は影を操り、慎平たちの計画を阻もうとする。そんな中、シデが現れて、澪を人質にとる。シデは慎平を生かしながら夏祭りの日を迎えることを目論んでいた。