木之本 桜(さくら)は、元気がとりえのふつうの小学4年生。さくらはある日、家の地下で光りかがやく本を見つける。その本には「クロウカード」というふしぎなカードが封印(ふういん)されていた。さくらは、ふとした拍子で封印をとき、カードはバラバラに飛んでいってしまう。さいごにあらわれたのは、「封印の獣」ケルベロス(ケロちゃん)だった。

ある日、さくらが学校に行くと、校庭のまんなかに机やイスが山積みにされていた。犯人はいったい、だれ? もしかしたら、クロウカードのしわざなのか? たしかめるために、さくらはケロちゃんやともだちの知世といっしょに夜の学校へ…。そこで見たものは!?

社会科見学で水族館へ出かけたさくらは、ふしぎな水の事故が起きるのを見る。どうやらまた、クロウカードのしわざらしい。ケロちゃんが「"水"をつかまえるのはむずかしい」というのが気になりつつも、あこがれの雪兎さんからデートにさそわれ、よろこぶさくらだったが…。

日曜日、留守番をしていたさくらは、家の中をそうじしていて2枚のクロウカードを見つける。カードを地下室においたまま、お父さんのわすれ物をとどけに外に出かけ、帰ってきたさくらが見たのは、部屋いっぱいに伸びた木の枝だった!!

友枝小学校の通学路に、ぬいぐるみのお店ができた。やさしい店長とかわいいぬいぐるみたちを見て、さくらたちは大喜び! でも、このお店のぬいぐるみたち、どこかがおかしい!? 店長の話では、売ったぬいぐるみがみんなお店にもどってきてしまうのだという…。

学校のうらの森に幽霊(ゆうれい)が出るらしい。友達と見にいったさくらは、本当に幽霊のような女の人を見てしまう。クロウカードのしわざかどうかをたしかめるため、夜の森にもういちど見にいったさくらだったが、そこに現れたのは、死んだはずのお母さんだった!?

美術館で、さくらは絵を傷つけようとしている男の子に出会う。彼は「お父さんの描いた絵が勝手に描き変えられた。だから直そうとした」と言う…。ひょっとしてクロウカードのしわざなのか? たしかめるため、さくらは夜の美術館にしのびこむ…。

さくらのクラスに、香港から李小狼(リ・シャオラン)という男の子が転校してきた。こちらをずっとにらみつける小狼に、さくらはタジタジ。さらに彼はさくらがクロウカードを持っているのを知っていて、カードをうばおうとする。なぞの転校生の正体は、いったい!?

小狼に「カードあつめは無理だ」と言われ、落ちこむさくら。心配した知世と利佳は、さくらを買い物にさそう。すてきな小物がならぶお店で3人はそれぞれ気に入ったブローチを買うが、さっそくつけてみた利佳のようすが何だかおかしい。とつぜん、さくらにおそいかかってきた!

今日は友枝小学校の運動会。あこがれの雪兎が応援に来てくれて、はりきるさくら。お昼になり、さくらははじめて知世のお母さんに会うが、どうやら知世のお母さんとさくらのお父さんは知り合いらしい。こわい顔でお父さんを見ている知世のお母さんに、さくらは困ってしまうが…。

「困ったことがあるので家に来てほしい」と、知世にたのまれたさくら。ケロちゃんといっしょに行ってみたさくらは、大きくてりっぱな家にびっくり。知世と、知世のお母さんの大切なものを入れてある箱が、とつぜん開かなくなったらしい。ケロちゃんは、箱の中からクロウカードの気配がすると言う…。

音楽の時間、笛のテストで失敗してしまったさくら。ところが次の日学校に行ってみると、また同じ笛のテストがあるという。同じ一日をくりかえしているようだが、そのことに気づいているのはさくらと小狼だけらしい。やはり、クロウカードのしわざなのか?