九州を旅する真理のもとに、父親から謎のツールが送られてきた。彼女はその謎を解くべく、東京に向かう。一方、東京では木場勇治が死から甦った。だがそれは、オルフェノクとしての人生の始まりだったのだ。東京に向かう途中でオルフェノクに襲われた真理は、偶然居合せた乾巧を仮面ライダーファイズに変身させる。

ファイズに変身した巧だが、ベルトにもオルフェノクにも興味を示さない。関心があるのは盗まれたバックのことだけなのだ。そんな巧に突っかかる真理。一方、東京では、怪物の姿に変貌した勇治がオルフェノクとしての自分の運命を知る。恋人を殺害したのが彼とも知らず、勇治に接近しようとする千恵だったが……。

勇治の前に現れたスマートレディは、「王の眠りは深い」と社長からのメッセージを伝える。一方、一緒に旅を続けることになった巧と真理の前に、底抜けに人のいい青年・啓太郎が現れる。その頃、東京では遠縁の家に預けられた1人の少女・結花が家族にも学友にもいじめられる毎日を過ごしていた……。

雪の中、歩道橋で転落した結花はオルフェノクとして覚醒した。一方、九州では、巧と真理に啓太郎が加わり、3人で旅を続けることに。啓太郎は結花に東京へ向かう旨をメールすると、結花から「早く会いたい」というメールが届く。一方、ベルトを追う赤井と緑川には、スマートレディからベルトの在り処を告げる電話が入った。

東京に到着した巧たちは真理の父に会うためスマートブレイン社に向かうが、アポが無いために会うことができない。一方、スマートブレイン社に迎えられた勇治と結花は、スマートレディから戸田という男を紹介される。戸田は2人に人間対オルフェノクの戦いについて教えるが、少々手荒な戸田の教育に勇治たちは衝撃を受ける。

目の前で灰となった戸田の姿に、オルフェノクの運命を知った勇治と結花。一方、海堂直也は自分の体の変調に最初は戸惑うが、オルフェノクの力で今まで自分をバカにしてきた連中を懲らしめにいく。真理と巧は再びスマートブレイン社に乗り込もうとするが、結花と啓太郎は互いがメル友とは知らずに偶然の出会いを果たす。

それぞれの夢への第一歩を踏み出し始めた真理と啓太郎。真理は勤務予定の美容院へ向かい、啓太郎はクリーニング店の客の相談に乗ろうとする。しかし巧は、そんな彼らの夢を理解することができないでいた。直也を追った結花は、とある音楽学校を訪れる。そして巧もまた、啓太郎に連れられて音楽学校へと……。

美容師を夢見る真理、ギタリストを夢見る和彦。一方、オルフェノクになってラッキーと叫び、人間に復讐を誓ったはずの直也は、なお自分の夢を捨てきれずにいる。そんな直也の気持ちを見抜く結花。勇治もまた、直也のことが案じられてならない。直也の夢を奪ったのは誰なのか。人間としての自分を取り戻すことができるのか。

オルフェノクとなりながらも、人間の心を失いたくない勇治は、その力で人間を守ろうと考える。しかし、直也はそんな勇治に反発し飛び出していく。一方、真理の携帯にスマートブレイン社から、社長が至急会いたいという連絡が入る。緊張の色を隠しきれない真理だが、巧とともにスマートブレインへと乗り込んでいく。

スマートブレインの新社長・村上からファイズギアを与えられた直也の任務は「落ちこぼれのオルフェノクを始末すること」。その中には、人間を守ろうとする勇治も入っている。結花は2人が心配でならない。一方、真理の携帯にメールが届く。送られてきたのは同窓会の写真。それは、真理をめぐる大きな謎の幕開けでもあった。

直也は勇治の剣に倒れ、ファイズギアは巧の手に戻った。ベルトを奪取するべく、次なる手を打つ村上。彼が出動を要請したのはスマートブレインの中枢を握る「ラッキー・クローバー」の3人だった。一方、真理のもとに同級生・犬飼から第2のベルトの写真が届く。真相を追って指定された場所へ急ぐ真理だったが……。

突然現れた謎のライダーは、クロコダイルオルフェノクの猛攻に追い詰められていたファイズを救った。謎を追う真理は、スマートブレインの前社長が作った「流星塾」の出身者の塾生たちと会う。謎のライダーの名は「カイザ」。ベルトは父から送られてきたもので、すでに2人の塾生がカイザギアに適応できず命を落していた。