幼馴染の杠に、長年片想いし続けている高校生の大樹。親友の千空にからかわれつつも、ついに杠への想いを告げようとしたその時、突如、空がまばゆい光で覆われ、世界中の人類が一瞬にして全て”石化”してしまう謎の現象が起こる……!!それから約3700年後――。文明が全て消えたストーンワールドで、石化から解放された大樹。かつての親友・千空と再会を果たし、2人はゼロから文明を作り出すことを誓う!

ある日、世界中の人類が一瞬にして全て石化してしまう謎の現象が起こる……!それから約3700年後の世界で目覚めた千空と大樹は、文明が全て消えたストーンワールドで何度も実験を繰り返し、遂に石化を解く”復活液”を完成させた。まずは、幼馴染の杠を復活させようと試みる2人だが、思わぬ非常事態に見舞われてしまい、かつて霊長類最強の高校生といわれた男・獅子王司を復活させる!

完成させた復活液で、霊長類最強の男・獅子王司の石化を解いた、千空と大樹。しかし、司は「純粋な若者だけを復活させて、人類を浄化する」という過激な思想を千空に語り、石化した大人を破壊し始める。危険を感じた千空は、幼馴染の杠を復活させ、今すぐこの場から離れる、もしくは3人で司の破壊を止めようと考える。そんな中、戻ってきた司は、自らの殺気を隠す様子もなく、千空たちに迫る……!!

司の元を離れ、箱根までやって来た千空たち。最強の武力を持つ司に対抗する為、”火薬”を手に入れたい千空は、箱根で必要な素材を集め、急いで火薬作りを開始する。そんな中、千空たちは、遠くで狼煙が上がっているのを発見する!このストーンワールドに自分たち以外の人間がいる事を確信した千空は、司に見つかるリスクを負いながらも合図を送るが……。

箱根の森で、遠くに狼煙を発見した千空たち。しかし、狼煙の相手と出会う前に、追いかけて来た司に見つかってしまう。杠を人質に取られた千空は、復活液のレシピを教え、「科学を捨てる」という司の取引を受け入れる事が出来ずに殺されてしまう。親友の死に、怒りと悲しみを隠せない大樹と杠だが、「共に闘う」という千空との約束を胸に、司へと挑む!

人類が石化して数千年後のある日。たった一人で石化から目覚めた千空は、文明が全て消えた世界でサバイバル生活をスタートさせる。最低限度の衣食住を確保し、体力ゲージの限界を迎えていた千空は、体力バカの親友・大樹の石像を見つけ出し、復活させようと試みる。そして現在――。司に殺された千空を抱えた大樹と杠も、千空との約束を信じ、蘇生を試みるのだった。

大樹たちと別れ、謎の少女・コハクと出会った千空は、コハクたちが暮らす村へと案内される。このストーンワールドで、沢山の人間が生活する光景を目撃し、驚く千空。そこへ、突如、門番の金狼・銀狼が立ちはだかる!大量のマンパワーが欲しい千空は、村人たちを仲間に引き入れようと企むが、事態を嗅ぎつけた自称・妖術使いの男、クロムも登場し、科学vs妖術の対決となってしまう!

コハクの姉で村の巫女・ルリが、病に侵されている事を知った千空は、コハクとクロムに、科学の万能薬”サルファ剤”を作ると宣言!村の少女・スイカも協力し、早速、サルファ剤に辿り着く為の、壮大なロードマップを歩み始める!ところが、千空たちは、ロードマップの一歩目”製鉄”で早々に壁にぶち当たってしまい、科学のグルメでマンパワーを集めようと企む。

ルリの病を治す為、万能薬・サルファ剤作りをスタートさせた千空たち。まずは製鉄に必要なマンパワーを集める為、科学のグルメ”ねこじゃらしラーメン”を作り出し、村人たちの胃袋を掴む事に成功する。そんな中、千空たちの前にペラッペラの怪しい男・あさぎりゲンが現れる!司帝国のスパイであるゲンを警戒しつつ、サルファ剤作りを進める千空は、村に”発電所”を作ると言い出して……。

サルファ剤作りを進める千空たちの前に、突如現れた司帝国のスパイ・あさぎりゲン。ペラッペラの薄いトークで、本性が見えないゲンの動向を気にしつつも、千空たちは鉄を作り、遂に電気までも手に入れた。そんな中、村でゲンが何者かに襲撃されるという事件が起きる!千空たちが犯人を見つけようとする中、ゲンは姿を消してしまい……。

司に「千空は死んでいた」と嘘の報告をし、千空とコーラで同盟を結んだゲン。一方コハクたちも、ルリを救う為、村の御前試合に出場し、マグマから優勝を奪うことを計画する。そんな中、サルファ剤作りのロードマップを進める千空は、目が悪いスイカの為に、”メガネ”を作ると約束し、村の職人・カセキを引き入れ、”ガラス”作りに挑戦する!

職人のカセキを仲間に引き入れ、科学王国にラボを作った千空。サルファ剤作りの最難関素材”硫酸”をゲットする為、銀狼たちと一緒に森の奥地に視察へと繰り出す。しかし、自然界で危険度MAXの硫酸採集で、毒ガスの怖さを目の当たりにした銀狼は、恐怖でビビりまくってしまう。千空とクロムは手作りのガスマスクを用意し、危険と不安が残る中、命懸けの硫酸採集に挑む!