前シーズン最終話で脱獄したシリアルキラー13人は、逃亡者特捜班からBAUに出向してきたルーク・アルヴェスの活躍で8人が逮捕された。残りは5人。ロッシはルークの腕を見込み、正式にBAUに異動するよう勧める。そんなある日、「クリムゾン・キング」ことダニエル・カレンというシリアルキラーと同じ手口の事件が発生。被害者ブライアンは手かせで両手を縛られ、腹には「BAU」の文字が刻まれていた……。

とある深夜。放火事件を解決し、右手に包帯を巻いて帰宅したJJをウィルが迎える。風邪をひいてせき込む次男のマイケルに激しく動揺するJJ。話を聞くと、カリフォルニア州で発生した事件では、14歳の少女と11歳の少年が相次いでさらわれ、ベッドに鎖で縛り付けられ焼き殺されたのだという。2年前にサンディエゴで起きた放火殺人と同一犯と判断されたが、手掛かりはゼロ。そして新たに16歳の少女がさらわれ……。

ホッチが特別な任務でしばらくBAUを離れることになり、プレンティスがロンドンから助っ人に来る。そこに、フロリダ州でドラム缶にコンクリート詰めされた女性遺体が相次いで発見される事件が発生する。被害者はいずれも息子を持つ30代のシングルマザー。遺体にはロボトミーの施術痕があることも判明した。さらに3人目の被害者が見つかると、遺族の目撃証言からコンクリートに着目したBAUは現場を張り込む……。

アルツハイマー病を患う母親が画期的な治験を受けられることになり、リードは大喜び。そんな折、地元のバージニア州のアパラチア山道でバラバラに切断された人体が相次いで見つかる事件が発生する。確認された遺体は5人分。死後1年半近くたったものから1週間までと幅があり、犯行の間隔は徐々に狭まっているらしい。BAUと警察は雑貨店でドッグフードの缶詰を盗んだホームレスを容疑者として追っていく……。

ある夜、女子高校生アマンダがパーティーから帰宅すると父母と弟が撃ち殺されていた。治安のいい住宅街で起きた事件だが、幸せそうな家族の陰の部分が明らかになっていく。アマンダの父親は薬物依存、母親は不倫中だったのだ。容疑者としてその不倫相手が浮上するがプロファイリング結果に合わない。そんな折、アマンダと同じ高校に通うマシューの家族が殺された。ガルシアがアマンダとマシューのフェイスブックを調べると……。

ある朝、BAUに悲しい知らせが届く。ホッチ不在の理由が実は特別任務ではなく、「ひっかき男」ことピーター・ルイスから身を守るため証人保護プログラムが適用されたというのだ。果たしてホッチの取った行動とは……。そんな中、少年3人の失踪事件が発生する。その町では33年前にも同世代の双子が失踪していた。BAUは、この2つの事件になんらかの関連性があるものとして捜査を始めることに……。

ルイスの弟ガブリエルは、イェール大から学費免除で入学許可が出るほどの秀才だったがこれを蹴り、怪しげなもうけ話に乗って破産寸前になるなどのトラブルを引き起こしていた。救いの手を差し伸べていたルイスも愛想を尽かし、姉弟は疎遠に。そんな2人を心配した父アルバートが家族関係を修復しようと、ワシントンDCのカフェで会う計画を立てる。しかし、そこに現われたのは、自分がガブリエルだと主張する見知らぬ男だった。

ワシントン州ヤキマで売春婦の拉致事件が発生。発見現場に向かったJJとルークが周辺を捜索すると、2桁に及ぶ被害者が見つかり、どの被害者にも麻布と有刺鉄線が巻かれていたため宗教的な犯行を連想する。一方BAUは、5年前に殺された女性への危害が過剰だったため、彼女の知人による犯行とにらむ。その女性の勤めていた飼料店の顧客記録から、ある親子が浮上し、その父親がカルト宗教の元メンバーであることが分かり……。

シリアルキラーのトミー・イエーツは、未発見の被害者の遺体の場所を毎年ひとり、自分を逮捕したロッシの誕生日に教えることを条件に死刑を免れ服役していた。ピーター・ルイスの仕組んだ脱獄事件で外に出たイエーツは、ロッシに電話をかけて現役復帰を宣言し、これから殺す予定の人物とその埋める場所を告げた。ロッシはイエーツの手口に微妙な変化が生じたことから、健康状態に問題があるのではないかと考え……。

ウォーカーは、サンディエゴの高級住宅街で起きている連続強盗殺人事件について、友人から相談を受けていた。事件は裕福な家庭が強盗に押し入られ、部屋を荒らされた上、殺されるというもので、2組の被害家庭は裕福であることと居住地域が近いこと以外に共通点はない。BAUは犯行状況を分析し、ギャング集団の仕業であろうと推理する。そのリーダーはしらふだが、その他のメンバーはドラッグやアルコールで酩酊状態にあり……。

検視官のグレイソンは、自殺したらしき遺体の腕に付いた印に目を留める。それは以前、自殺として処理した遺体に付いていたものと酷似していたため、グレイソンは警察に連絡し、BAUが捜査をすることに。周囲の人の話によると、2人は自殺の予兆もなく、ボランティア活動に熱心だったことが判明。犯人に自殺を強要された疑いが強まる中、新たな被害者が出てしまう。彼もまたボランティア活動に携わっていたことが分かり……。

カリフォルニア州のパームスプリングスで、腕・足・首を切断された胴体だけの遺体が連続して発見される。被害者の身元は運よく判明し、聞き込みの結果、2人とも離婚や離別の悲しみから酒浸りだったことが分かる。そうこうするうちに、ゲイ・タウンのど真ん中で胴体が相次いで発見されたため、犯人はゲイ・コミュニティーと関わりのある人物だと推測。被害者の行動を追ううち、あるゲイのカップルが捜査線上に浮上してきて……。