5人の精鋭部隊・轟轟戦隊ボウケンジャーの今回のミッションは、海底神殿に隠された「ゴードムの心臓」と呼ばれる未知のエネルギーシステムの確保。ボウケンレッドは、ブラックとイエローに探索を命じる。海底神殿の中、仕掛けられた恐ろしいトラップを乗り越えて、二人はプレシャスを手にすることができるのか?

プレシャスを奪還したボウケンジャーだが、ゴードム文明の末裔・大神官ガジャを謎の恐竜にさらわれてしまった。 真墨と蒼太は、「ジャリュウ一族」の仕業だと睨み出撃する。一方、さくらは新人隊員の菜月を不安視するが暁は「面白いだろ」ととりあってくれない。5人の前に現れるのは?そして菜月の正体は?

諸葛亮孔明が残したという三本の武器、「三國覇剣」というプレシャスの情報を掴んだ蒼太は、さくらと真墨と共に確認に向かう。しかし、既にダークシャドウが一本を手に入れており、ダークシャドウ・風のシズカに、まんまと二本目を奪われてしまう。残る一本は、三国史マニアのIT社長・山谷が持っているが・・・

大雨、快晴、突風、雷と天候が急変する現象が発生する。プレシャス=マッドネス・ウェザーが何者かによって操作されたのだ。 出撃したボウケンジャーの前に現れたのはジャリュウ一族! そしてその長・リュウオーン! 世界中を熱帯に変え、生態系を破壊しようとするジャリュウ一族のたくらみを防ぐ事ができるのか?

幻の超巨大戦車「ビオパンツァー」の設計図が隠された宝石=帝国の真珠が日本に持ち込まれた。そして、その背後にはネガティブ「ダークシャドウ」が・・・ボウケンジャーは、帝国の真珠がダークシャドウの手に渡らぬよう、取引場所に向かう。 激突するボウケンジャーと、風のシズカ&タクミガミ!

古代中央政府に反逆を起こした武将の首が祀られたという伝説が残る地・縊峪で、突如、行方不明者が相次ぐことに── サージェスはプレシャスが発動したと考え、ボウケンジャーに指令する。霧たちこめる峪の奥、プレシャスを目指して進む5人… のはずが、ふと気付くと菜月の姿が見えない。縊峪の呪いなのか?

リュウオーンの命令で互いに戦わせられ、最後に生き残ったジャリュウは、新たな力を得、邪悪竜・ドライケンに変化し、その能力をボウケンジャーに見せつけ、悠々と去っていく。 残されたボウケンジャー、暁の脳裏には最近読んだ小説の一節が浮かぶ。暁は手掛かりを求めて、小説家・香川慈門のもとにむかうのだが…

ゴーゴーマリンは海底で未知の金属・オリハルコンを発見したが、同じくプレシャスを狙うゴードム文明・大神官ガジャとの激しい戦いが始まってしまう。なんとかプレシャスを確保したボウケンジャーだったが、ガジャは無気味な言葉を残す「ヴリル…」と。 一方、牧野先生はオリハルコン確保にに大喜びだが・・・

江戸時代に国禁を犯して貿易を続けた冒険商人・唐物屋波右衛門が残した珍品のひとつ「波右衛門の人形」を、サージェスは長年の交渉を経て、ついに譲り受けることになった。 ミスターボイスの指令で人形を受取りにいったボウケンジャーだが、そこにはすでに、サージェスを名乗るひとりの女性が…

ボウケンジャーは1組の人形のうち、ダークシャドウの妨害により片方の人形しか譲り受けられなかった。しかし、波右衛門の人形はプレシャスではなかった。一方の人形をダークシャドウに強奪を依頼したのはゴードム文明・大神官ガジャ。今度はジャリュウ一族と共闘し、ボウケンジャーから人形を奪い取ろうと計るのだが…

大邪竜ザルドとギラドの強力タッグ攻撃によってダイボウケンは完敗し、ダイボウケンは大邪竜2体の手によって連れ去られてしまった。 一方、波右衛門の人形に隠されていた地図を見てから、様子がおかしかった暁は、ダイボウケンから脱出せず、ひとり、活動停止したコクピットの中に残るが・・・

13世紀、ハーメルンで子供たちを連れ去った男が吹いていた笛、プレシャス=ハーメルンの笛を巡り、ボウケンジャーとダークシャドウは激突するが、さくらの機転により、なんとか笛を回収した。しかし、菜月は仲間よりも笛を優先したかのようなさくらの行動に不安を抱き、さくらに真意を訊くのだが…