リディル王国における魔術師の頂点・七賢人がひとり〈沈黙(ちんもく)の魔女(まじょ)〉モニカ・エヴァレット。極度の人見知りである彼女は、山奥の小屋でひっそりと暮らしていた。そこへ七賢人の同僚である〈結界(けっかい)の魔術師(まじゅつし)〉ルイス・ミラーが訪れた。突然の来訪に戸惑うモニカに、ルイスはひとつの依頼をする。それは貴族の集う全寮制の名門校・セレンディア学園に通う第二王子フェリクス・アーク・リディルを秘密裏に護衛するというものだった。モニカは必死になって拒否するが……。

極秘任務を引き受けてしまったモニカは、セレンディア学園へ転入する。彼女の任務は第二王子フェリクスを本人にも気づかれず、秘密裏に護衛すること。フェリクスは同校の生徒会長を務めているが、極度の人見知りのモニカは生徒会室に近づくことはおろか、クラスでの自己紹介すらまともにできない。生徒たちに溶け込むことができず、中庭に行き、一人で昼食をとろうとすると生徒会書記のエリオット・ハワードが現れ、モニカが第二王子を狙う刺客ではないかと詰問する。

裏庭にいたフェリクスを狙って、何者かが校舎の上階から植木鉢を落とすという事件が起きた。共犯者だと疑われたモニカは汚名を晴らすため、犯人を捜すことになる。モニカは、校舎の４階のバルコニーから植木鉢が落とされたのではないかと推理し、４階の音楽室へと向かった。しかし、その途中、貴族の女生徒たちのいざこざに巻き込まれたはずみで、階段から突き落とされてしまう。そんなモニカの前に、生徒会副会長のシリル・アシュリーが現れる。

ルイスからの知らせを届けに来ていた使い魔のリンが、セレンディア学園の男子寮で魔力の異変が起きていることに気づく。男子寮の裏手の森へ向かうと、魔力の暴走に苦しむシリルの姿があった。自らまでも凍りつかせながら、周囲をじわじわと氷で包んでいく。モニカはシリルの魔力が暴走してしまった理由を見抜き、この暴走を引き起こした犯人がいると気付く。生徒会に隠された秘密が暴かれる――。

休日、モニカは任務から解き放たれ、近くのクレーメの街へネロといっしょにお出かけすることに。ところがクレーメの街に地竜が現れる。モニカは地竜に応戦する魔術師の少年をひそかに助け、事なきを得て騒がしい休日を終える。翌日、セレンディア学園に新たな教師が就任する。その教師は――かつてのモニカを知るマクレガンだった。選択授業を選ばなくてはならないモニカは、フェリクスの提案によりマクレガンの教える基礎魔術学の授業を見学しに行く羽目に。そこで、地竜と戦っていた魔術師の少年グレン・ダドリーと再会して……。

セレンディア学園は紳士・淑女を育てる名門校。女生徒には、社交ダンスやお茶会といった必修科目が用意されている。モニカは長年の山小屋ひきこもり生活がたたり、社交ダンスは再試験を受けることに。頭を悩ませるモニカに追い打ちをかけるかのごとく、お茶会が行われることも発表される。そのお茶会のグループには、友人のラナ・コレット、ケイシー・グローヴの他、歩く図書館と言われる才女クローディアがいた。はたしてお茶会と社交ダンスの再試験の行方は？

社交ダンスの再試験が終わり、校舎裏でグレンたちとともにバーベキューを行うモニカ。フェリクスもくわわり、楽しいパーティとなったが、その様子をじっと見つめる人物が……。怪しい視線を感じながら学園生活をおくるモニカだったが、そんなときに伯爵令嬢カロライン・シモンズからお茶会に誘われる。生徒会役員の体面もあり、断り切れないモニカはお茶会に参加するが……そこで口を付けたお茶に違和感を覚え…

一週間ぶりに学園に登校したモニカ。ラナやケイシーは学生食堂でモニカの復帰をお祝いする。クローディアも加わって、食事は盛り上がる。みんなの話題はまもなく開催される学園祭。ケイシーは自分の刺した刺繍をチャリティバザーに出すという。刺繍の出来に目を輝かせるモニカ。そんな彼女にケイシーは今度、刺繍を作ってあげると約束する。その日の放課後、学園祭の資材搬入が行われることになり、モニカはシリルとともに倉庫へ向かう。舞台美術担当者の代理としてケイシーが同行し、倉庫へ向かうが……。

螺炎による第二王子暗殺事件は〈沈黙の魔女〉モニカによって未然に防がれた。自身が学園に設置した防御結界が壊されたことで〈結界の魔術師〉ルイスが学園にやってくる。ルイスは暗殺事件の犯人を連行しようとするのだが、モニカはそれを止める。王族の暗殺未遂となれば極刑は免れない。モニカはルイスに交渉を試みる。一方、第二王子フェリクスは、今回の暗殺事件の阻止に〈沈黙の魔女〉が助力していたことに気づき…

魔術師の頂点・七賢人がひとり〈沈黙の魔女〉モニカ・エヴァレット。 /極度の人見知りであがり症の彼女は、使い魔の黒猫と山奥に引きこもっていた。 /そんな彼女に貴族の集う名門校・セレンディア学園に潜入し、 /第二王子を護衛する極秘任務が与えられる。学園に潜入した彼女を待ち構えていたのは… /モニカの潜入任務の記録を今再び振り返る。

乗馬とチェスを選択授業に選んだモニカ。彼女は三大名門校によるチェスの交流試合の代表選手に選ばれてしまう。戸惑うモニカだったが、フェリクス達、生徒会メンバーのサポートも受け、チェスの特訓に打ち込むことに。しかし、対戦校の一つはかつてモニカが通っていた学び舎である魔術師養成機関ミネルヴァであることを知り、とある思い出が呼び起こされる。/それは、モニカがミネルヴァで魔術師になるための勉強をしていたときにできたたった一人の友人の思い出だった。

セレンディア学園、ミネルヴァ、院の三校による交流戦が始まった。第一戦に圧勝したモニカは、対戦相手のロベルトから婚約を申し込まれ、周囲の注目を集めてしまう。あわててその場から去るモニカ。そこに現れたのはバーニー・ジョーンズ。モニカが七賢人になったことにより、決別することとなったかつての友人だった。バーニーは変装していたモニカの正体を暴き、厳しく詰め寄ってくる。一方、チェス大会の裏でも不審な人物が動きを見せていた。