52枚のカードに封印されたアンデッドの封印を何者かが解き、現代に甦らせてしまった。殺戮を繰り返す彼らを封印するため、人類基盤史研究所は「変身ベルト」を開発し、橘は仮面ライダーギャレン、剣崎は仮面ライダーブレイドとしてアンデッドと戦うよう義務付けられる。

剣崎の叫びも虚しく、戦いを静観し、背を向けて去るギャレン(=橘)。組織ボードはアンデッドによって壊滅させられた。深い絶望から立ち直れない剣崎。その頃、新たなアンデッドが出現。少女・天音が危険にさらされていることを聞いた始は顔色を変えた…。

剣崎(=ブレイド)たちの前に現れたバーチャル映像の烏丸。栞がコンタクトを取ろうとアクセスを試みるが、うまくいかない。一方、橘は自分の身体を襲う痛みに悩まされていた。それは、ライダーに変身することと関係があるのか?そして、カリス(=始)の過去も明らかに?

始の部屋に降る銀の粉…、それはアンデッドからカリスへの挑戦状なのか?始は一人、行動を開始する。橘(=ギャレン)の不調はライダーシステムの不備によるものだと聞いた剣崎(=ブレイド)は、不安と恐怖に苛まれる。一方、栞は橘の言葉が気にかかっていた。「烏丸たちが封印を解いた…」烏丸たちって…まさか?栞の胸をある不安がよぎる。

やはり敵なのか?謎に包まれたライダー、カリス。その正体は始で、遥香と天音と一緒に住んでいるのだが、真意はわからない。一方、橘(=ギャレン)は日々限界に近づいていく己の身体に怯え、誰に対しても心を閉ざしていた。

始=カリス?との疑惑を持ったまま、ブレイドはギャレンを止めるため立ち向かう。自暴自棄のギャレンはそんなブレイドに対し、攻撃の手をゆるめない。戦い続けることだけが、破滅から逃れる唯一の方法と信じているからだ。そんなころ、カリスに呼びかけた謎の男が新たな動きを始める。剣崎、橘に迫る第三の脅威の正体は?

謎の男たちに攫われた剣崎。伊坂の攻撃を何とか逃れた橘は、栞たちと連絡を取り、一緒に行方を探し始める。伊坂たちはブレイドを使って、ある実験を始めようとしていた。その実験の場に始(=カリス)を連れて行く伊坂。始の目の前で繰り広げられる光景とは…?

ダメージを受けている橘を連れ、剣崎と烏丸はかろうじて脱出する。白井家に集合する剣崎、橘、栞、烏丸…。第2の謎の組織に囚われていたという烏丸。伊坂の正体に話が及んだとき、剣崎は…。

始の正体はアンデッドなのか!?怒りのまま、戦いを挑む剣崎(=ブレイド)。そこに栞から連絡が入る。「アンデッドが現れたわ!街中よ、急いで!」そこは橘が小夜子といる場所だった。一度は戦いを捨てた橘だが、襲われる人々を前に決意する。「変身!」

伊坂の手に落ちた橘(=ギャレン)。剣崎たちは必死で行方を探す。伊坂は何を企むのか?その処置により、橘は恐怖心を克服したように見えるのだが…。始は出会った少年・仁(じん)に、人間の感情について尋ねる。もちろんまだ自分の正体について、仁は何も知らないのだが…。

「ブレイドを倒せ!今のお前には、その力がある!」伊坂の言葉に操られるかのように、ギャレンはブレイドに攻撃を仕掛ける。信じられない思いの剣崎と栞。橘の身を案じる小夜子も剣崎たちと合流する…。一方、疑問を持ちながらも、ストリートミュージシャンの仁と居続ける始。だが、そこへアンデッドが現れ…。

始と仁に近づく、新たなアンデッドの影。ひと時の安らぎを見つけた始だったが、カリスである宿命はそれを許さないのか?最後のカテゴリAが現れた。伊坂の命じるまま、それを追う橘。同じくカテゴリAを追うことでしか、橘を止めるすべのない剣崎。その身を案じながら、変化の原因である植物の分析を進める小夜子。交錯するそれぞれの思いは橘に届くのか?